深圳市人民政府口岸办公室是深圳市人民政府的工作部门；是主管全市口岸日常运作协调、管理、监督及处理口岸涉外相关业务工作的市政府直属机构；负责陆路口岸、特区管理线检查站物业的管理，确保国有资产合理使用。

主要职能

(一)贯彻执行国家、省、市有关口岸工作的法律、法规和政策；起草相关地方性法规、规章，拟订有关发展规划和政策，经批准后组织实施。

(二)承办一、二类口岸开放或关闭的报批工作并组织落实。

(三)承担口岸“大通关”协调服务工作，配合推进口岸查验方式和监管模式改革。

(四)负责协调落实往来深港澳之间的客运船舶、直通巴士和国际航班临时加班的口岸通关事项。

(五)承担协调维护口岸公共秩序和安全的责任，配合有关部门开展口岸反恐和应急工作。

(六)负责陆路口岸、特区管理线检查站物业的监管，确保国有资产合理使用。

(七)根据市政府的授权，组织实施深港口岸合作。

(八)承办市政府和上级部门交办的其他事项。

内设机构

秘书处

负责文电、会务、机要、档案、督办等机关日常运转工作。承担信息、保密、信访、政务公开、新闻宣传、接待等工作。承担财务、口岸管养经费专项审计等工作。负责党群工作。承担干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训、外事、离退休人员服务等工作。承办上级交办的其他任务。

政策法规处

组织起草口岸地方性政策法规，并监督指导落实。承担国家粤港澳大湾区、口岸重大战略和发展规划、口岸营商环境等政策的研究分析工作，组织开展创新口岸查验模式、通关数据分析等相关课题研究。承担规范性文件和重大行政决策事项的合法性审查工作。承担改革性文件的起草工作。承办上级交办的其他任务。

口岸通关管理处

承担陆路口岸（含广深港高铁西九龙站口岸）的现场监管及口岸区域内设施养护等日常管理工作。承担海港口岸、空港口岸的日常协调工作。协调查验单位在陆海单轨铁路各口岸开展查验工作。牵头安全生产工作，协助开展口岸反恐、应急、维稳、打私和扫黄打非等工作。协调深港直通巴士、来往深港澳之间客运船舶和国际航班临时加班的通关工作。牵头组织对新建或扩建泊位的口岸查验监管设施验收的准备工作。承担口岸关闭的报批工作。组织开展口岸文明共建活动。组织协调前海蛇口自贸片区口岸事宜。承办上级交办的其他任务。

规划建设处

承担口岸规划建设有关工作。研究口岸整体布局规划。组织协调全市陆路口岸设施建设和改造计划，参与口岸建设的协调管理、设施设备改造等工作。承担一、二类口岸开放的报批工作，组织开展口岸查验单位定编、增编的审查报批工作。组织申报口岸政府投资项目计划和重大项目计划。承办上级交办的其他任务。

数字口岸处

牵头开展口岸数字化（智慧口岸）工作，负责口岸数字化的总体规划研究、需求分析、系统建设及后期运维等工作。承担机关办公信息化、网络安全等相关工作。协调口岸信息数据的开放和共享。协调服务口岸查验单位数字化建设工作。承办上级交办的其他任务。

口岸资产监管处

承担口岸国有资产管理工作，组织开展口岸国有资产的清查、建档、审核、移交、接收、配置、使用、监督检查、运行维护、节能减排和安全生产等工作，完善口岸资产手续。拟定口岸管养方案，定期开展口岸管养绩效考核工作。承担原特区管理线检查站管理维护工作。负责口岸非税收入管理。承担内部审计工作。承办上级交办的其他任务。