运粮河，系人工河。朱元璋为从东郊运粮至城内军用，特开此河，故名。此河是玄武区与江宁区的界河，从区界东南端向西流经区境约1910米，河北堤是区内历年防洪重点地段。1999年，将堤岸加宽、加高，堤、路两用。

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2015年11月23日，秦淮东河工程启动仪式正式启动，秦淮东河工程是时隔36年后秦淮河流域开挖的第二条泄洪通道，将大大缓解南京市主城和仙林、东山地区的防洪压力，并形成环绕南京主城的清水廊道。秦淮东河工程计划分两期实施。一期工程先行贯通运粮河~新开河~九乡河线路，线路长31.8公里(含隧洞2.6公里)。一期工程建成后，将实现秦淮河经运粮河至九乡河入长江的河道联通线路，可分泄洪水约150立方米/秒，初步缓解秦淮河流域、南京主城和东山、仙林副城的防洪排涝压力，治理河段的水生态环境也将得到有效改善；二期工程实施中心河开挖7.8公里，七乡河拓挖14.4公里(含隧洞2.0公里)。完成后，秦淮东河工程可发挥全部效益。记者了解到，整个工程计划分两期实施，十年完成，工程建成后将有效缓解南京市主城和仙林、东山副城防洪压力，秦淮河流域达到50年一遇的总体防洪能力。