更新时间：2023-10-30 15:42
南京水利科学研究院（简称南京水科院，Nanjing Hydraulic Research Institute）成立于1935年，是中国最早成立的综合性水利科学研究机构。原名中央水工试验所，主要从事水利、交通、能源等领域的基础理论、应用基础研究和高新技术开发。南京水科院是中国国家级社会公益类非营利性科研机构，受水利部、交通运输部和国家能源局领导。
截至2017年1月，南京水利科学研究院拥有1300余名科研人员，其中高级以上职称人员670多人。研究院设有水文水资源研究所、水工水力學研究所、海洋资源利用研究中心等研究机构，以及南京瑞迪建设科技有限公司等研发机构。南京水利科学研究院建有水文水资源与水利工程科学国家重點实验室和国家级国际聯合研究中心，以及水利、交通、能源行業9个部級重点實驗室、技术研发中心、工程技术研究中心。
自1978年全国科技大会以来，南京水科院获得了国家和省部级科技进步奖共595项，其中国家级奖励77项。该研究院出版了420多部专著，获得国家发明和实用新型专利435项。截至2017年1月，南京水利科学研究院是国家首批相关學科博士、硕士学位授予权单位，拥有水利工程一級學科博士点及12个學科硕士点，以及水利工程博士后流动站。南京水科院已培养博士、硕士研究生及博士后600余人。
（1935年--2006年）
南京水科学研究院始建于1935年，原名“中央水工试验所”，是中国最早成立的水利科学研究机构。1942年更名为“中央水利实验处”，1950年更名为“南京水利实验处”，1956年更名为“南京水利科学研究所”，1984年更名为“水利电力部交通部南京水利科学研究院”。1994年更名为“水利部交通部电力工业部南京水利科学研究院”，2009年更名为“水利部交通运输部国家能源局南京水利科学研究院”。
1934年全国经济委员会统一全国水利行政后，鉴于水利事业必须统筹规划，所有水利工程计划必须加以研究并试验改进，在各河流域旧设水利机关外，设置中央水利研究实验机关，为规划治理与工程实施提供科学依据。由全国经济委员会组织中央水工试验所筹备委员会，并于1935年1月在南京选址清凉山麓成立中央水工试验所，直属全国经济委员会。
经过70年的发展，南京水利科学研究院已建设成为面向国内外的综合性水利科学研究机构，兼有应用、基础和开发研究，承担水利、水电、水运工程和其它有关工程中方向性、关键性和综合性的科学试验研究任务，以及理论和管理方面的研究，并兼作水利部大坝安全管理中心和基本建设工程质量检测中心。
1984年8月该院进行科技管理体制改革试点以来，特别自2000年新一轮科技管理体制改革以来，在部和兄弟单位的支持下，科研实力显著增强、基础设施条件大幅改善。在此期间建成占地26.7万平方米（400亩）的铁心桥试验基地，有力地支撑了科研工作的快速发展。2005年底，全院共有在职职工711人，离退休职工639人。科技人员中，有中科院士2人。在职人员中硕士以上学历的227人。该院是1981年国家首批批准的具有博士、硕士学位授予权单位，现有6个二级博士学科点和9个硕士学科点，已培养研究生247多人，设有“水利工程”博士后流动站。全院总占地36.67万平方米（550亩），房屋建筑面积14.51万平方米，有大型试验厅室40余座。固定资产（原值）2.15亿元。院下设6个研究所、4个独立法人公司及设计院、信息中心、水科学培训中心，水利部大坝安全管理中心、水利部基本建设质量检测中心、水利部计量检定中心设在该院。中国海洋工程学会、中国水利学会岩土工程专业委员会、中国水力发电工程学会高坝通航专业委员会也挂靠在该院。
从1984年到2005年，共提出科研成果报告5559篇，在国内外公开刊物发表和参加国外学术交流的文章3572篇，公开出版专著253部，获专利28项。自1978年全国科技大会以来，科研成果获国家、省部级以上科技进步奖371项，其中国家级奖励43项。全院已发展到30个专业方向，每年承担科研任务800多项，在国内外公开刊物上发表的科研论文多数年份位于全国科研院所前50名以内。该院定期公开出版《水利水运工程学报》、《岩土工程学报》、《海洋工程》、《中国海洋工程》（英文版）四个学术刊物。该院加强精神文明建设，坚持两个文明一起抓，1991年被国家科协授予“金牛奖”；1994年经国家计委批准，该院为“水利、水电、水运甲级工程咨询单位”（同时授予的江苏省仅2家）。自1993年首次被评为“江苏省文明单位”、1999年首批被评为“全国水利系统文明单位”以来，连续保持省、部文明单位荣誉称号；1997年被水利部授予“全国水利先进单位”；先后被评为“江苏省先进基层党组织”、江苏省“‘九五’产学研联合先进集体”、“全国水利科技工作先进集体”，2005年被评为“全国技术市场先进集体”、被中央文明委评为“全国精神文明建设工作先进集体”。
一、中央水工试验所和中央水利实验处时期（1934年—1950年5月）
1934年春：全国经济委员会成立了“中央水工试验所筹备委员会”，积极负责中央水工试验所的筹建工作。
1938年1月：全国经济委员会水利部分，划归经济部接管，中央水工试验所同年3月改由经济部领导。
1941年9月：行政院水利委员会成立，经济部原辖水利机关，包括中央水工试验所，都改变了棣属关系。
1942年1月：由于业务范围扩充，中央水工试验所改名为“中央水利实验处”。
1947年5月1日：国民政府水利部成立，中实处改由水利部领导。
1949年4月23日：南京解放，5月中旬，中实处由南京市军事管制委员会水利部接管，并积极筹备恢复工作。
（一）各业务机构工作
解放前的中央水利实验处，不仅是一个具体业务部门，而且是全国水利科学研究中心和管理机构。 据1948年6月编印的《中央水利实验处概况》中记载，当时的组织机构，除行政管理部门有顾问室、技术室、秘书室、实验组、测绘学组、会计室、人事室和统计室外，所属各业务机构，计有南京水工试验所、北平水工试验所、武功水工试验室、成都水工试验室、河工实验区、土工试验室、水文研究所、水工仪器工厂、整理水利文献室、第281和282测量队、水利航空测量队以及领导各省水文总站及其所属站网等。
由于各机构的建立、成长、发展和变化的情况不一，现分别简介如下。
1、南京水工试验所
1935年：全国经济委员会设置的中央水工试验所，就是南京水工试验所。1935年2月6日借中央大学隙地建临时水工试验室，12月建成。1936年1月第一次由中国自行开展了杨庄活动坝和长江马当水道等水工和河工模型试验。同时选择清凉山基地，筹建水工试验大厅和办公房屋。
1937年底：因抗日战争西迁重庆市。
1938年1月：与中央大学合作，在重庆郊区盘溪镇，建立盘溪水工试验室，从事水利工程模型试验研究，并供中大水工教学实习之用。
1939年：与中央工业专科学校合作，在重庆沙坪坝区石门划地15亩，设立石门水工试验室。除进行水工模型试验和研究工作外，还担任指导交通大学、重庆大学和中央工业专科学校的水工实习。
1946年：抗日胜利后，中央水利实验处迁回南京，盘溪水工试验室结束，石门水工试验室移交中央工业专科学校。同时恢复设置南京水工试验所，重建清凉山水工试验大厅，并在中央大学内修复已为日寇毁坏的临时水工试验室，以适应水工试验的急需。
1948年3月：清凉山水工试验大厅落成，成为当时东亚地区规模最大的试验厅，并逐步开展了水工试验和研究工作。
2、北平水工试验所
1940年4月：中央水工试验所与国立西南联合大学（由抗日影响而内迁的清华大学、北京大学和南开大学组成）的清华大学合作，创设昆明水工试验室，专为开发中国西南地区水力发电和灌溉工程进行试验，同时开展有关专题研究，并供联大水工实习之用。
1946年：抗日胜利后，清华大学迁返北平市，昆明水工试验室结束。
1947年：继续与清华大学合作，设置北平水工试验所，主要围绕中原地区北方河流，进行试验和研究，并供清华大学的水工实习。
3、武功水工试验室
1940年11月：中央水工试验所与西北农林科技大学合作，在武功县设立武功水工试验室。主要进行中国西北地区灌溉工程水力学和渠系泥沙等试验研究，并供农学院实习之用。
1949年：解放后，武功水工试验室与中央水利实验处脱离关系，但继续开展工作，以后逐步演变为现在的西北水利科学研究所，由水利电力部和陕西省共同领导。
4、成都水工试验室
1941年3月：中央水工试验所为开展四川省农田水利和其他水利工程的试验研究，在举世闻名的都江堰水利工程附近，设置灌县水工试验室。
1945年1月：应四川大学之请，将该试验室移设成都，改名为成都水工试验室，除举办试验研究工作外，兼供川大实习之用。
1949年：该室与中央水利实验处脱离关系。
5、河工实验区
1943年：中央水利实验处考虑到1938年黄河花园口决口后，灾害所及，使豫东、皖北和苏北等地面临陆沉之虞，为探讨今后堵口复堤和河道治理提供科学依据，在重庆盘溪水工试验室进行了专题研究试验。
1944年：又于四川长寿举办黄河堵口大型模型试验。
1946年：派员前往花园口决堤察勘堵口工程、勘测河流，并从事黄河流域地质水文及经济等资料和兴建拦洪水库等研究，作为将来规划治本的依据。解放时撤销。
6、土工试验室
1940年6月：中央水工试验所鉴于国外通过土工试验，可以解决工程建设中诸多土力学方面的问题。对水利工程而言，土工试验工作尤为重要。决定在重庆盘溪设置了土工试验室，它成为中国第一个开展土工科学研究的机构。唯以事属创举，又值抗战期间交通阻隔，所需仪器无法向国外采购，故开办初期，首先参考国外资料，致力于各种仪器的设计与制造，经年余努力，方告成功。
1942年春：于重庆石门，拓地营造土工试验室，5月份，开始了土壤的物理和化学性质等试验和研究，并指导中央大学等校学生实习。
1946年：土工试验室迁返南京，继续进行各项试验和研究工作。
7、水工仪器工厂
1940年：中央水工试验所为解决当时后方急需应用的水工和水文仪器，于重庆上清寺筹设了水工仪器制造实验工厂，同时接受各机关损坏仪器的修理和校正。
1942年2月：为避免空袭损害，复于重庆江北寸滩，扩建新厂，充实设备。
1946年：工厂迁回南京，先购买富士铁工所作为临时厂址，又于清凉山建设新厂，1947年8月，新建厂房落成，同时添置各种加工设备，开展水工和水文仪器的设计加工工作。
8、水文研究所
1938年冬：中央水工试验所为统筹西南各省水文测验，于金沙江、嘉陵江、乌江、沅江市等流域，先后布设水文测站。
1941年起：又先后统辖川，康、云、贵、陕、甘、豫、鲁、皖、浙、闽、湘、热、察、沪、台等省市水文总站、水文站、水位站等。
1946年：随中央水利实验处由重庆迁返南京。
1948年1月：中央水利实验处水文总站改组为水文研究所。除领导有关站网业务外，同时开展水文和气象资料的整编工作。
9、水利航空测量队
1936年：全国经济委员会拨巨款购置航测飞机一架及蔡司公司航测仪、纠正仪、多倍投影制图仪等，与陆地测量总局合作，建置水利航空测量队与控制测量队。首先测量黄河干支流等河道图。后因抗日军兴，工作被迫停顿。
1941年春：商得前陆地测量总局（后改称国防部测量局）同意，于桂林恢复水利航空测量队，从事有关内业工作。
1944年：因湘桂战争影响，迁至四川北。
1946年8月：迁返南京，为适应水利建设需要，扩大了内部组织，增添了设备器材，积极推进内外业的工作，除黄河流域测量外，还航测汉江下游武汉附近及南京市区等航测图。
1949年：南京解放及航测队解散。
10、整理水利文献室
1935年：全国经济委员会着手收集清朝嘉庆以后至清末的水利文献，编篡《再续行水金鉴》，并选刊水利珍本丛书等。
1938年：中央水工试验所奉命继续整理水利文献，并校补增订正、续行水金鉴。同时摘抄民国以来水利文卷资料，以备编辑民国行水金鉴。
1946年：迁返南京，继续从事以上的工作，并广泛收集中外水利专著和有关黄河资料，从事编辑刊印交流。
（二）人员
解放前的中央水利实验处，由于下属部门很多，其中不少部门又与其他单位共同领导，如北平市、武功、成都市等试验所室和各省水文总站等。据1948年8月编印的《水利部中央水利实验处暨附属机关职员录》记录，有关职员情况如下：（1）、中央水利实验处（管理部门）35人（包括处长1人，技正技佐13人，行政管理人员20人）。（2）、南京水工试验所25人。（3）、北平水工试验所16人。（4）、成都水工试验室9人。（5）、武功水工试验室6人。（6）、河工实验区11人。（7）、土工试验室11人。（8）、水工仪器工厂18人。（9）、水文研究所48人。（10）、水利航空测量队90人。（11）、整理水利文献室5人。（12）、第281和第282测量队共8人。（13）、各有关省水文总站共497人。全处及附属部门共779人。
二、南京水利实验处时期（1950年5月—1956年12月）
1950年5月，“中央水利实验处”改名为“中央人民政府水利部南京水利实验处”。由水利部领导，并委托华东军政委员会水利部代管（水秘字20号）。下设秘书室、水工试验室、土工试验室、水文研究室、研究室、文献室和水文仪器厂等部门（见1950年中央人民政府南京水利实验处组织机构）。实有职工167人.
1953年3月，华东军政委员会水利部撤销，南京水利实验处由中央水利部直接领导（《通知自一九五三年南京水利实验处归中央直接领导》中央人民政府水利部劳计字第37553号）。
（一）华东军政委员会水利部代管时段（1950年5月—1953年3月） 1951年3月，研究室撤销，人员分别划归水工室及文献室。同年，成立了中共南京水利实验处支部，属中共南京市一级机关党委领导。 1952年，水文研究所撤并到中央水利部水文局，另筹设材料试验组。
（二）中央水利部直接领导时段（1953年3月---1956年12月）
1953年5月11日，经中共南京市政府分党委批准，组成南京水利实验处支部。12月，由上级批准成立党组。同年，下属水工仪器厂从南京水利实验处分出，由中央水利部直接领导，改名为南京水工仪器厂。
1954年经中共南京市政府分党委同意，恢复党支部的领导职能。在秘书室下增设技术档案室。
1956年，按照中央水利部的指示，南京水利实验处派出95人，筹建北京水利科学研究所。
三、南京水利科学研究所时期（1956年12月—1984年1月）
1956年12月，南京水利实验处更名为“南京水利科学研究所”（《关于你处改为“水利部南京水利科学研究所”的通知》中华人民共和国水利部（56）水教研傅字第1178号）。
（一） 更名南京水利科学研究所后至文革前夕时段（1956年12月—1966年）
1956年12月，原水工、土工两试验室改为研究室，又将原水工试验室的潮浪和泥沙两个组人员抽出，成立了河港研究室。
1957年2月，根据国务院科学规划委员会关于全国水利科学研究机构的合并问题指示精神，南京水利科学研究所由水利部和交通部共同领导。原属交通部水运科学研究院筹备处港工及航道研究室并入该所。并于4月1日起，改名为“水利部、交通部南京水利科学研究所”（《中华人民共和国水利部决定你所改由水利部及交通部共同领导由》（57）水教研冯字第094号）。内设机构在原有办公室、水工研究室、河港研究室、及土工研究室的基础上，增设结构材料研究室。成立了所第一届学术委员会。其发展方向为：密切结合水利部和交通部的业务，进行以河流的水工建筑，港湾及航道的水工建筑，河流及港湾的整治等有关的基本理论及生产实际问题为重点的各项试验研究工作，使成为全国在这方面的研究中心。1957年5月，经水利部批准，成立了“钱塘江河口研究站，由南京水利科学研究所和浙江省水利厅共同领导”。（见1957年南京水利科学研究所组织机构）。
1958年，水利部与电力工业部合并为水利电力部，南科所改由水利电力部和交通部共同领导。1958年2月，国务院农七齐字23号文，同意成立“钱塘江河口研究委员会”，明确研究工作交由南京水利科学研究所负责。1958年，交通部组织“天津港回淤研究领导小组”，负责该港回淤研究的技术领导工作。同年，该所成立技术室。
1962年3月，水电部决定钱塘江河口研究站自1962年起由浙江省水利厅单独领导（（62）水电技字第45号），南京水利科学研究所在技术上进行指导和协调。同年，该所成立学术秘书室。
1966年，即文化大革命前，实行党总支部领导下的所长负责制。内设机构有：政治处（包括人保科等）、办公室（包括供应科、财务科、行管科）、水工研究所、河港研究所、土工研究所、材料结构研究所、学术秘书室、技术情报室、仪器组和仪器工厂。此外，还设有所务委员会和学术委员会。同年，由该所负责筹建的水电部交通部西南水利水运科学研究所基本建成，同时抽调该所60人前往开展研究工作。(文化大革命前组织机构见1965年南京水利科学研究所组织机构)
（二）文革开始至所改院时段（1966年—1984年1月）
1966－1967年，原有组织机构特别是行政管理部门被打乱。
1968年，经江苏省革命委员会批准，成立了南京水利科学研究所革命委员会（《关于成立南京水利科学研究所革命委员会的批复》苏革政（68）241号），下设政工组、生产组、后勤组。三个组的建制一直延续到1978年。
1972年7月，经江苏省革委会批准，组成党的核心小组（《关于南京水科所党的核心小组组成的通知》（苏革科核（72）第8号））。
1973年8月，经江苏省革委会批准，建立中共南京水利科学研究所委员会。（《关于建立中共南京水利科学研究所委员会批复》苏革科核[1973]第44号）
1979年－1983年，实行党委领导下的所长负责制。内设机构有：政治处（包括人事科、组织宣传科、保卫科）、办公室（包括秘书科、财务科、总务科、房产管理科）、水工研究室、河港研究室、土工研究室、材料结构研究室、业务处、技术情报室、器材科、基建科和仪器工厂。
1979年2月，水利电力部分为水利部和电力工业部，南科所由水利部和交通部共同领导。同年6月，水利部明确南京水利科学研究所为地师级单位（《关于明确南京水科所为地师级单位的通知》（79）水劳字第17号）。
1980年恢复了所室两级学术委员会活动。成立了所的学位评定委员会和技术职称评定委员会。
1982年2月，水利部与电力工业部合并为水利电力部，南京水利科学研究所恢复水利电力部和交通部共同领导（《关于更改部直属单位名称的通知》（82）水电劳字第12号）。
四、南京水利科学研究院时期（1984年1月—2006年12月）
1984年1 月，经水利电力部批准，并征得国家科委同意，改名为“水利电力部、交通部南京水利科学研究院”（《转发关于“同意水利电力部、交通部南京水利科学研究所”改名为“水利电力部、交通部南京水利科学研究院的批复的通知”》（84）水电劳字第10号）、（《同意“水利电力部、交通部南京科学水利研究所改名为水利电力部、交通部南京科学水利研究院”的批复》（84）国科发041呈）。1994年1月，明确南京水利科学研究院由水利部交通部共同领导（《关于明确部分共管单位归属问题的通知》水人劳[1994]27号）。1994年9月，更名为“水利部、交通部、电力工业部南京水利科学研究院”（《关于水利部、交通部南京水利科学研究院更名的批复》人劳组[1994]61号）。
1984年1月，所改院后机构体制有了较大变动，干部也作了全面调整，实行党委领导下的院长负责制。内设机构有：党委办公室、院长办公室、科研管理处、人事教育处、行政处、科研条件处、基建处、铁心桥基地办公室、水工研究所、河港研究所、土工研究所、材料结构研究所；原技术情报室改为技术情报研究室；此外，院所两级学术委员会、院学位评定委员会、院技术职称评定委员会等未作变动。1984年8月，水利电力部和交通部批准南京水利科学研究院为科研体制改革试点单位，实行院长负责制。院属各机构均未变动。1984年11月，原党委会撤销，成立了党组、机关党委(《关于南京水利科学研究院成立党组的通知》（84）水电党字第161号)。同年院决定成立南京水利科学研究院勘测设计院，由水利电力部水利水电规划设计院颁发勘测设计证书，明确其业务范围（《关于颁发勘察设计证书的通知》（84）水规综字第34号）。当年实有职工为859人。
1985年3月，原属科研处的计算应用中心，改名为计算中心，直属院长领导。
1987年12月，水利部电力部明确南京水利科学研究院为水利电力部大坝安全监测中心，承担水利大坝安全监测工作（《关于加强水利大坝安全监测工作有关问题的通知》（87）水电劳字第116号）。1987年10月，中国水利学会同意南京水利科学研究院成立“中国水利学会科技咨询服务中心岩土工程服务部”（《关于同意成立“中国水利学会科技咨询服务中心岩土工程服务部”的函》（87）水学字第30号）。
1988年5月，南京水利科学研究院经江苏省科学技术委员会批准，成立江苏南水土建工程联合公司（《关于成立“江苏南水土建工程联合公司”的批复》苏科（88）145号）。
1989年8月，经水利部基本建设工程质量监督总站批准，确定南京水利科学研究院为水利部基本建设工程质量检测中心（《关于确定南京水利科学研究院为水利部基本建设工程质量检测中心的通知》建质[1989]6号）。
1991年10月，接水利部办公厅通知，持单位介绍信至办公厅秘书处领取水利部、交通部、能源部南京水利科学研究院印章。院编文号（（91）办字第1221号）。
1992年7月，经水利部党组批准，撤销院党组，建立临时党委。1992年5月，经江苏省科学技术委员会批准，同意“江苏南水土建工程联合公司”改组为“江苏南水土建工程公司”。1992年8月，经南京高新技术产业开发区管委会办公室批准，设立瑞迪公司（《关于成立瑞迪公司的批复》宁高管办[1992]49号），1992年9月，在南京市工商管理局注册登记为南京瑞迪高新技术公司。1992年10月，经江苏省科学技术委员会批准南京水利科学研究院成立“运达科工贸公司”。同年，南京水利科学研究院将财务科改为财务处。
1993年6月，经中共江苏省委组织部批准正式成立院党委（《关于同意成立南京水利科学研究院党委的批复》苏组复（1993）46号）。1993年8月，经交通部批准，南京水利科学研究院设立工程监理部（《关于南京水科院工程监理部监理资格的批复》交函工[1993]460号）。同年9月，江苏省委批复同意撤销中共南京水利科学研究院机关委员会（苏委工组[1993]35号）。
1994年9月，更名为水利部、交通部、电力工业部南京水利科学研究院。（《关于水利部、交通部南京水利科学研究院更名的批复》人劳组[1994]61号）。 1994年11月，经水利部批准，水利部大坝安全监测中心更名为水利部大坝安全管理中心（《关于水利部大坝安全监测中心更名及核定其人员编制的通知》水人劳[1994]485号）。同年3月，院设立科技经营开发处，与科研管理处合署办公。
1995年，经水利部批准，与河海大学、水利部南京水文水资源研究所合作成立水利部遥感技术应用中心南京分中心（《关于成立水利部遥感技术应用中心南京分中心的批复》人组[1995]75号）。
1996年5月，经水利部批准，水利部南京计量检定中心挂靠南京水利科学研究院（《关于成立水利部南京计量检定中心的批复》水人教[1996]167号）。经国家技术监督局计量认证，取得中华人民共和国计量认证合格证书（量认（国）字（G1367）号）。
1997年3月，经水利部人事劳动教育司批准，南京水利科学研究院建立“南京水科学培训中心”（《关于建立“南京水科学培训中心”的批复》人组[1997]11号）。同年12月，经南京市工商行政管理局注册登记，南京水利科学研究院成立南京瑞迪大洒店。
1998年3月，经江苏省政府办公厅批准，瑞迪大洒店为涉外宾馆。1998年4月，内设“技术情报研究室”更名为“科技信息中心”。1998年4月，经水利部人劳司批准，并于同年7月，将原院工程监理部升格为具有独立法人资格的江苏科兴建设监理有限公司，获得江苏省工商局核发的营业执照。同年，经水利部人劳司批准，设立院科技产业中心（《关于设立南京水利科学研究院产业中心的批复》人教劳[1998]47号），同时撤销科技经营开发处。
1999年7月，交通部认定南京水利科学研究院港口、航道泥沙工程实验室为交通部重点实验室。（《关于进行首批部重点实验室认定评审工作的通知》科学教育发字[1999]190号）。
2001年6月，水利部南京水文水资源研究所成建制并入南京水利科学研究院。《关于水利部南京水文水资源研究所并入南京水利科学研究院的通知》（水人教[2001]253号）。对外可继续使用水利部南京水文水资源研究所。
2001年10月，科技部、财政部、中央编办批复水利部等四部门所属98个科研机构分类改革总体方案，南京水利科学研究院转为非营利性科研机构，拟定编制393人。《关于对水利部等四部门所属98个科研机构分类改革总体方案的批复》（国科发政字[2001]428号）。
2002年1月，水利部决定将水利部农村电气化研究所划归南京水利科学研究院管理。（《关于调整水利部农村电气化研究所 水利部长江勘测技术研究所管理体制的通知》水人教[2002]12号）。
2002年10月，水利部批复南京水利科学研究院体制改革总体方案。（《关于南京水利科学研究院体制改革实施方案的批复》水人教[2002]437号）。
2003年4月，水利部人教司复函，同意在科技部、财政部、中编办对南京水利科学研究院非营利性科研机构改革验收前继续延用原名称“水利部交通部电力工业部南京水利科学研究院”。《关于南京水利科学研究院名称问题的复函》。
2004年6月，水利部认定依托南京水利科学研究院建设的水利部水科学与水工程科学重点实验室。（《关于发布水利部重点实验室评审认定结果的通知》水国科[2004]196号）。
2005年3月，国家科技部批准南京水利科学研究院与河海大学联合建设“水文水资源与水利工程科学国家重点实验室”。（《关于批准建设环境化学与生态病理学等22个国家重点实验室的通知》国科发基字[2005]79号）。
2006年4月，水利部批准以南京水利科学研究院为依托单位，组建水利部水文水资源工程技术研究中心和水利部水工新材料工程技术研究中心。（《关于组建水利部水文水资源工程技术研究中心的批复》水人教[2006]118号，《关于组建水利部水工新材料工程技术研究中心的批复》水人教[2006]122号）。
2006年10月，经水利部人事劳动教育司批准，南京水利科学研究院设立“离退休人员管理处”。（《关于南京水利科学研究院成立离退休人员管理处的批复》人教劳[2006]45号）。
标志主体造型，运用南京水利科学研究院文缩写“NHRI”的首字母构成波浪形，以蓝色为主色调，既代表水利科学，又使人联想到伟大的理想，表达出南京水科秉承“勤奋、严谨、求实、创新”的科研精神，在新时代扬帆远航，踏浪前行。
标志中的“NHRI”使用“Arial”字体，“since1935”使用“TimesNewRoman”字体，“南京水利科学研究院”使用“粗圆简”字体。
科研精神：“勤奋、严谨、求实、创新”
创新文化：“科学、民主、宽容、关爱”
质量方针：“科学、规范、诚信、卓越”
注：以上数据截至2024年1月官网显示
南京水利科学研究院建于1935年，原名中央水工试验所，是中国最早成立的综合性水利、交通、能源科学研究机构；2001年被确定为国家级社会公益类非营利性科研机构。主要从事基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源等领域中具有前瞻性、基础性和关键性的科学研究任务，与水利部大坝安全管理中心（水利部水闸安全管理中心）一体化管理，兼作水利部应对气候变化研究中心、水利部基本建设工程质量检测中心、水利部水文仪器及岩土工程仪器质量监督检验测试中心、水利部大坝安全监测中心。
历经80多年的发展，南京水科院已发展成为拥有50多个具有鲜明特色和优势的专业研究方向、在国内外具有重要影响的水利科研机构。现设水文水资源研究所、水工水力学研究所、河流海岸研究所、岩土工程研究所、材料结构研究所、大坝安全与管理研究所、水利部农村电气化研究所、水利部南京水利水文自动化研究所、农村水利研究所、生态环境研究所、海洋资源利用研究中心等研究机构和南京瑞迪建设科技有限公司等研发机构。建有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室和国家级国际联合研究中心，以及水利、交通、能源行业9个部级重点实验室、技术研发中心、工程技术研究中心。承办并定期公开出版8种学术期刊（包含英文期刊）。建有院本部科研及科技创新基地、铁心桥水科学与水工程实验基地、滁州水文实验基地和国家防汛抗旱总指挥部办公室防洪演练基地、杭州农村电气化与再生能源研发基地、当涂科学试验及科技开发基地、无锡河湖治理研究基地。
南京水科院秉承“勤奋、严谨、求实、创新”的科研精神，坚持“科学、规范、诚信、卓越”的质量方针，组织开展重大科学技术问题研究，取得了一大批重要研究成果，以黄文熙院士、严恺院士、窦国仁院士、沈珠江院士、张建云院士、胡亚安院士等为代表的科技工作者为中国的水利、交通、能源的建设做出了重要贡献。自1978年全国科技大会至2021年底，南京水科院获得国家和省部级科技进步奖793项，其中国家级奖励84项。出版专著535部，获国家发明和实用新型专利1139项。
全院现有科研人员1300余人，其中中国工程院院士2名、英国皇家工程院外籍院士1名，国家有突出贡献中青年专家、“国家高层次人才特殊支持计划”百千万工程领军人才等国家和部省级人才90余名，具有高级以上职称700多人，是国家创新人才培养示范基地，荣获“全国专业技术人才先进集体”称号。南京水科院是国家首批相关学科博士、硕士学位授予权单位，现有水利工程、土木工程一级学科博士点和硕士点，材料科学与工程、环境科学与工程一级学科硕士点，土木水利博士和硕士专业学位点，并设有水利工程博士后科研流动站。
南京水科院已与80多个国家和地区的高等院校和科研院所建立了良好合作关系并拥有直接进出口权。
如图所示
水文水资源与水利工程科学国家重点实验室
港口航道泥沙工程交通部重点实验室
水利部水旱灾害防御重点实验室
通航建筑物建设技术交通行业重点实验室
水利部水库大坝安全重点实验室
国家能源水电工程安全与环境技术研发中心
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水利水运工程学报
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