更新时间：2023-11-09 14:02
陈水扁，1950年10月12日生于台湾省台南县（今台南市）官田乡西庄村。祖籍福建诏安县太平镇白叶村，曾任民进党主席、台湾地区前领导人。
1963年6月，陈水扁以第一名成绩从隆田小学毕业。1966年6月，陈水扁以初中第一名毕业直升至曾文中学高中部。1969年6月，陈水扁以高中第一名的成绩毕业，考入台湾大学商学系工商管理组，年底，陈水扁退学，1970年8月，陈水扁以全系最高分考入台湾大学法律系司法组。大学三年级时，陈水扁以全台第一名的成绩通过律师资格考试。1974年6月，陈水扁以第一名成绩从台大法律系毕业。1975年2月，陈水扁与吴淑珍结婚。1976年，陈水扁在岳父吴昆池的资助下成立华夏海事商务法律事务所。同年8月，长女陈幸妤出生。1981年11月，陈水扁以台北市第一高票当选第四届市议员。1984年10月，陈水扁因“七字官司”，被判有期徒刑一年，遂宣布辞去台北市议员职务。1985年9月28日，陈水扁参加台南市县长选举，落选。在谢票过程中，吴淑珍遭遇车祸导致终生半身瘫痪。1986年6月10日，陈水扁入狱服刑期间，吴淑珍“代夫出征”参选“增额立委”并当选。1987年2月10日，陈水扁出狱担任吴淑珍的“特别助理”。在民进党纪念“二二八”事件的当天，陈水扁公开宣誓加入民进党。3月，陈水扁当选民进党第一届补选的中央委员会执行委员。同年底，他当选民进党中央常务执行委员。1989年，陈水扁以高票当选最后一届“增额立法委员”。
1994年底，陈水扁代表民进党成为首届民选台北市市长。1998年底，陈水扁连任失败。2000年3月，陈水扁当选“台湾地区领导人”。2001年12月，陈水扁从“文化台独”入手，修改教科书。2003年9月，陈水扁成立“制宪推动小组”，并由“行政院”向“立法院”提出“公民投票法草案”。2004年3月20日，台湾地区领导人换届选举，原本选举必败的陈水扁因在前一天“3·19枪击案”中遇刺而险胜连任。
2008年1月，在台湾第七届“立法委员”选举中，民进党遭遇创党以来最严重挫败，陈水扁辞去党主席一职。3月，台湾地区领导人选举民进党败选，5月20日，民进党下野。8月14日，陈水扁因腐败曝光宣布退出民进党。同年11月，他因洗钱等罪名被台湾台北地方法院收押。2010年12月，陈水扁入监服刑。2013年2月22日，台湾高等法院裁定，陈水扁所涉龙潭购地弊案、二次金改案、陈敏熏人事案、南港展览馆弊案、元大并复华案等经过三审定，合并执行刑期，陈水扁获有期徒刑20年，并被科罚金2.5亿元新台币。2013年6月2日，陈水扁用毛巾勒颈自杀未遂，他在狱服刑期间数次寻短。同年，陈水扁再次加入民进党。2015年1月5日，获准保外就医。2020年1月12日，陈水扁宣布退出政坛。
政治上，陈水扁一方面坚持“台独”立场，另一方面，也做出一些缓和两岸关系的姿态，企图以拖待变。陈水扁处心积虑地推动“宪改”，通过“修宪”巩固其在泛绿阵营中的地位，防止提前下台，并在维护既得利益的基础上，争取“台独基本教义派”的支持。经济上，陈水扁任期内的台湾经济萎靡不振，民众收入减少，民众生活品质明显下降，失业率与犯罪率节节攀升，社会因族群矛盾、统独矛盾、政治对抗激化而动荡不安。陈水扁执政时期，搞所谓“烽火外交”，丢掉6个“邦交国”。
1950年10月12日，陈水扁出生于台湾省台南县（今台南市）官田乡西庄村一个世代贫困的农民家庭。父亲陈松根是佃农与长工，母亲李慎为不识字的家庭妇女。因为陈水扁的身体孱弱，家里怕养不活而迟迟没有申报户口，直到1951年2月18日，才正式去户政事务所登记。陈水扁在家中四个孩子中排行老大。
1963年6月，陈水扁以第一名成绩从隆田小学毕业，并获得“县长奖”，被保送至曾文中学初中部(现为麻豆国中)。1966年6月，陈水扁以初中第一名毕业直升至曾文中学高中部，次年台南一中。1969年6月，陈水扁以高中第一名的成绩毕业，并于同年8月以第一志愿考取台湾大学商学系工商管理组。
1969年底，台湾举行“第一届中央民代”增补选举，受著名“党外”人士、已故前民进党主席黄信介竞选演讲的影响，陈水扁决定弃商学法，并不顾家中反对而退学。1970年1月3日，陈水扁加入中国国民党。同年8月，陈水扁以唯一志愿、全系最高分被录取入台湾大学法律系司法组。在大学期间，陈水扁非常活跃，陆续申请到水泥公司、农会、中国佛教协会、狮子会台湾分会、国民党等各种奖助学金，曾先后任台大法律系刊“法讯”总编辑、法学院刊物“台大法言”社长。大学三年级时，陈以全台第一名的成绩通过律师资格考试，成为当时最年轻的律师。1974年6月，陈水扁以第一名成绩自台大法律系毕业。他天生的右手手肘外弯过大，免服兵役。
1975年2月，陈水扁与中学时的校友、同乡吴淑珍结婚。1976年，陈水扁在岳父吴昆池的资助下成立华夏海事商务法律事务所。全盛时期的陈水扁身兼百家公司的法律顾问。同年8月，长女陈幸妤出生。1979年，台湾发生美丽岛事件。为美丽岛事件被告延揽律师的张德铭找上陈水扁，希望他能挺身出面辩护。此时台湾政治气氛十分紧张，陈水扁虽有意愿但不敢冒然应允。在妻子的鼓励下，陈水扁最终决定成为被告辩护律师团的一员，负责为主犯之一的黄信介担任辩护，从此开始参与党外运动。此事件使陈水扁出名并踏入政治领域。美丽岛事件被告的辩护律师团共有15位律师，因本案而声名鹊起，其中多人后来都成为党外运动的要角，例如苏贞昌、谢长廷、尤清等。
1981年11月，陈水扁以台北市第一高票当选第四届市议员，并与谢长廷、林正杰号称市议会“三剑客”。1983年起，陈还先后担任“党外”杂志《钟鼓锣》、《政治家》、《自由时代》、《蓬莱岛》社长。1984年7月，陈以《自由时代》杂志社长身份受邀赴美参加海外“台独”团体“北美洲台湾人教授协会”年会，这是陈第一次接触台湾人在美国的团体。回台后，陈水扁于9月份成立了“组党促进会”，以推动“党外”势力的组党运动。同年10月，《蓬莱岛》杂志因刊登文章论及中国国民党学者、东海大学教授冯沪祥升等教授论文《新马克思主义批判》涉及“以翻译代替著作”而引发名噪一时的“七字官司”，被处有期徒刑一年，附带民事赔偿新台币200万元。为抗议司法不公，陈水扁宣布辞去台北市议员职务，拒绝上诉。同年12月，陈水扁还被选为“台湾人权促进会”第一届执行委员。1985年9月28日，在“七字官司”上诉期间，陈水扁以所谓“台湾第一勇”获“党外”共同推荐参加台南市县长选举，但在国民党开放竞选、海山两派双强夹杀的策略下以高票落选，败于李雅樵。在落选后的谢票过程中，陈妻吴淑珍遇车祸（肇事司机张荣财）导致终生半身瘫痪。1986年5月，陈出任“党外公政会”台北市分会会长，先后参加了中山国小“台北市问政说明会”和要求当局解除军事戒严统治的著名的“5·19绿色行动”。6月10日，陈水扁入狱服刑。吴淑珍发起“一人一元，轮椅行军”行动，坐着轮椅环岛行进，收取一人一元的赞助费用。瘫痪的吴淑珍坐着轮椅环岛化缘。这一幕情景感动了很多台湾人。9月28日，民主进步党成立。同年底，吴淑珍“代夫出征”参选“增额立委”并当选。
1987年2月10日，就在吴淑珍宣誓就职“立委”的第十天，陈水扁出狱担任“轮椅立委”吴淑珍的“特别助理”，并在“立法院”率先成立了第一个“国会议员”专属办公室。为培养自己的人脉和亲信，陈还成立了“财团法人福尔摩沙基金会”。在此之余，陈水扁曾重操旧业，做起了律师。同年，在民进党纪念“二二八”事件的当天，陈水扁公开宣誓加入民进党。3月，民进党召开临时“全代会”，陈水扁以高票当选民进党第一届补选的中央委员会执行委员，并被推为“四一九行动”总召集人。同年底，陈水扁首度当选民进党中央常务执行委员。自此时起直到1998年7月，陈水扁连选连任民进党第二至第八届中央执行委员、中央常务执行委员，在党内扮演举足轻重的决策角色。
1989年，陈水扁亲自披挂上阵，参选“立委”，年底陈以高票当选最后一届“增额立法委员”。1991年7月，陈水扁参访北京。1992年底，陈当选连任第二届“立法委员”。在六年的“立委”期间，陈曾先后任两届民进党“立院党团”干事长，并于1992年3月以首位在野党“立委”当选“立法院国防委员会召集委员”。1990年10月16日，陈水扁公开宣布，将调整问政方向，不再“为反对而反对”，同时以政策辩论取代政治抗争，为民进党走向执政迈出了第一步。凭借其法学素养，以“做什么、像什么”为座右铭，在六年任内，陈水扁成为“立法院”中睡得最少、起得最早、发言排队总抢第一、质询锋芒最厉的委员，特别是成为首位在野党“国防委员会”召委后，专揭军方和“国防部”的弊案，成为最令军方、“国防部”和“国安局”官员最头痛的人。诸如逼第一届“中央民意代表”全部退职、将“国大代表”改为无给职、揭发中国国民党大老李焕之女甲等考试舞弊案、“尹清枫命案”等全岛瞩目的事件，都使陈声名大噪，同时在社会上塑造了其“专业、认真、负责”的形象。1993年7月，《美国新闻周刊》特别报导陈水扁，形容他是“台湾政治竞技场的风云人物”。美国《时代》杂志曾将其列为“全球未来百位领袖人物”之一。
1994年底，陈水扁挟“立委”任内的突出表现，代表民进党投入第一届民选台北市长。结果，利用国民党候选人黄大洲和新党候选人赵少康之争而出线，成为首届民选台北市长，跨上了政治生涯中至为关键的一级台阶。上任后，陈刻意展现“与中国国民党不一样的作风”，组成超党派的市府团队，推行所谓“新市府运动”。四年市长任内，陈致力于市政建设，提升行政效率，加强便民服务，取缔违章建筑和违规广告招牌；强势取缔住宅区色情和电玩机、推动“青少年保护措施”以整顿社会治安；捷运提前通车解决了交通拥挤问题等，台北市也因此成为一个“以服务为导向、为目标的活力政府”，施政满意度一直保持在70%以上的纪录。陈水扁在台北市的成功执政被岛内舆论称为“台北经验”。民进党也因为有了“台北经验”这个样板，1997年底第四届县市长选举时，终于在地方执政版图上击溃中国国民党近50年来独霸的局面，一举夺得全台12个县市、且大多是富裕的都会区的执政权，使国民党沦为地方在野党。陈水扁也因为在选举中的卖力演出而掀起了“陈水扁旋风”，其重点辅选的县市几乎全数当选，成为民进党内无人匹敌的超人气明星。
1998年底，民进党再次推出缔造出“台北市经验”的陈水扁连任台北市长。结果，陈水扁以获68.8万票，得票率为45.91％而败给国民党形象清新的候选人马英九，但得票率仍比上届选举时增长了2个百分点。
兵败台北市并没有降低陈水扁长期累积的“超人气”，却从反向促成了陈投身于2000年“台湾地区领导人”大选。1999年，在民进党的征召下，陈与吕秀莲代表民进党角逐2000年选举。2000年3月，在宋楚瑜参选、中国国民党严重分裂的情况下，民进党候选人以497.77万票，39.3%的得票率，击败国民党候选人和其他独立参选人，当选“台湾地区领导人”，台湾首次通过民主的方式完成政党轮替。当选后，陈水扁采取以稳定两岸关系来控制大局的策略，不仅在“当选感言”中宣称“愿意以最大的善意与决心，进行全方位、建设性的沟通与对话”、“愿意就两岸直接通航、通商、投资、和平协定、军事互信机制等各项议题进行协商”，而且在5月20日的“就职演习”中信誓旦旦地说“任期之内不会宣布独立，不会更改‘国号’，不会推动‘两国论’入宪，不会推动改变现状的统独公投，也没有废除‘国统纲领’与‘国统会’的问题”（即“四不一没有”）。此外，陈水扁还任命中国国民党籍、军人出身的唐飞出任首任行政机构负责人。唐飞只做了137天便被迫以健康为由辞职，接替他的是民进党资深“立委”、与陈水扁私交甚笃的张俊雄。在此过程中，张俊雄协助民进党在2001年“立委”选举中胜出，稳住了局面。
2001年元旦，陈水扁还提出了两岸由经济、文化统合逐步走向政治统合的“统合论”。12月，民进党在“立法院”改选中取得第一大政党身份，过去操纵“立法院”表决的国民党成为第二大政党，陈水扁自认为来自在野党的牵制减少，政权得到稳固，可以腾出手来推动和实施自己的“台独”政策理念。于是，陈水扁开始改变其上台后对“台独”政策立场的隐忍态度。他先从“文化台独”入手，修改教科书，将中国历史、中国地理改为外国历史、外国地理，把台湾历史、台湾地理改为“本国历史”、“本国地理”，闽南语升格为“国语”、“母语”，改变源于大陆的名称、ICON等。陈水扁还对“世界台湾同乡会”（简称“世台会”）等激进“台独”势力说，“台独”目标在他心中，他不会忘记。
2002年1月，陈水扁为了未来的政治布局，让张俊雄“内阁”总辞，由游锡堃接任第三任“行政院长”。下半年，担任台湾地区领导人任期过半的陈水扁加快了推动“台独运动”的步伐。7月22日，陈水扁在出任民进党主席的就职仪式上宣称“台湾要走自己的路”，意即台湾要走“独立之路”。8月3日，陈水扁以视讯方式给在日本东京召开的“世台会”第29届年会致词称，“台湾要走自己的路，台湾是主权独立的国家”，“有必要以公民投票决定台湾的未来，公民投票是我们长远追求的目标，是基本人权，大家应认真思考公民投票立法的必要性与迫切性”。至此，陈水扁已基本抛弃了其上台时的“四不一没有”承诺，向激进“台独”方向走下去。
2003年9月，陈水扁竞选连任的民调支持度仍然落后连战、宋楚瑜组合约10个百分点。面对民意劣势，陈水扁及其竞选班底认为转移视线、制造议题的力度不够，决定加大利用统独彰显民主的份量，从而制造国、亲两党反民主和大陆压制台湾民主的假象。9月28日，陈水扁在民进党党庆活动中宣称要“催生台湾新宪法”。随后，在陈水扁的指示下，台湾当局成立“制宪推动小组”，并由“行政院”向“立法院”提出“公民投票法草案”。10月25日，民进党在高雄市举行“公投制宪”大游行，陈水扁全程参加。11月11日，陈水扁进一步鼓吹要透过“公民投票”来决定“宪法”，“新宪法是制宪而非修宪”。
在陈水扁第一任期内，台湾经济萎靡不振，民众收入减少，民众生活品质明显下降，失业率与犯罪率节节攀升，社会因族群矛盾、统独矛盾、政治对抗激化而动荡不安。陈水扁陷入内外交困的政治困局，甚至几次面临被逼下台的窘境。在2004年3月20日台湾地区领导人换届选举的前一天，台南市发生了震惊台湾的3·19枪击案件，民进党候选人陈水扁、吕秀莲在街头活动时遭遇枪击。由于“3·19枪击案”，选举形势改变，3月20日，原本选举必败的陈、吕以29518票即0.22%的赢率险胜。2004年年底“立委”选举，民进党选举成绩不如预期，游锡堃被迫于2005年1月黯然下台，由原高雄市市长谢长廷担任“行政院长”。
2005年，陈水扁家族“光环”之下的贪腐和丑闻开始被不断曝光。2005年中，爆发高雄捷运弊案，民进党在三合一选举大败。谢长廷作为陈水扁的替罪羊于2006年1月下台， 第五任“行政院长”由苏贞昌接任。
2006年5月25日，陈水扁的女婿赵建铭，由于涉及台湾土地开发公司的内线交易案，遭台湾台北地方法院裁定收押禁见。而吴淑珍亦被指控收受太平洋崇光百货崇光百货礼券及炒股、投资基金，已有确实的证据。5月30日，民意代表丁守中向台湾“立法院”议事处递交提案，要求罢免陈水扁的台湾当局领导人职位。2006年8月起，在媒体报道“国务机要费”的可能滥用与其夫人吴淑珍女士的大批珠宝来源可疑以及女儿的管家支领“国家薪水”等丑闻后，民进党前主席施明德发起“百万人倒扁运动”，得到岛内民众的热烈响应。2006年11月3日，台检方侦结公务机要费案，认定陈水扁涉嫌贪污和伪造文书罪嫌。2008年1月，在台湾第七届“立法委员”选举中，民进党遭遇创党以来最严重挫败，陈水扁辞去党主席一职，由谢长廷任代主席。在苏贞昌提出辞职后，1月26日，为了政局的稳定，陈水扁请张俊雄继续留任“行政院长”。之后在3月22日举行的台湾地区领导人选举中，谢长廷、苏贞昌以221万票的差距落败，民进党于5月20日以后下野。
2008年5月20日，陈水扁下台之后失去“刑事豁免权”。台检方特别侦查组分案侦办公务机要费案，将其列为被告。2008年8月13日，媒体爆出陈水扁通过其儿媳将巨款汇往海外的消息，但当天陈水扁通过律师予以否认，辩称其财产都已信托，不可能汇往海外。14日上午，中国国民党籍“立委”洪秀柱对外指称，陈水扁的儿媳在瑞士设有4个账户，金额超过新台币9.3亿元，疑涉洗钱。几小时后，陈水扁召开记者会承认，他在多次选举中确有竞选经费申报不实的情况，而其妻吴淑珍在他不知情的情况下，将部分余款汇往了海外。许多民进党党员也纷纷批评陈水扁严重伤害了民进党。15日下午民进党临时中常会后，党主席蔡英文不得不率民进党中常委向台湾社会大众鞠躬致歉。民进党台北市党部15日下午也召开执行委员会，决定建议民进党台北市评议委员会下周一开会，开除陈水扁的儿子陈致中、儿媳黄睿靓的党籍。陈水扁在15日下午3时30分左右以声明稿方式宣布与其妻吴淑珍即刻退出民进党。
2008年11月12日，陈水扁被依贪污、洗钱等罪嫌向法院声请收押禁见获准，成为台湾首位遭收押的卸任前领导人。次年，陈水扁因涉公务机要费等司法案件，遭民进党开除党籍。
2009年9月11日，台湾台北地方法院就公务机要费、龙潭购地、南港展览馆、洗钱等案一审宣判，判处陈水扁及其妻吴淑珍无期徒刑，夺公权终身；2010年6月11日，法院对上述案件二审宣判，陈水扁、吴淑珍分别被判刑20年，褫夺公权10年。
2009年12月24日，特侦组侦结二次金融改革案，依贪污、洗钱等罪起诉陈水扁等人；次年11月5日，台北地方法院一审判决该案中陈水扁等被告无罪。11月11日，台湾“最高法院”就龙潭购地案及台北101大楼前董事长陈敏熏人事弊案，判处陈水扁有期徒刑11年；12月2日，陈水扁从台北看守所移监法务部矫正署台北监狱正式服刑，成为台湾地区首位因案入狱的前领导人。
2012年7月26日，法院就龙潭案洗钱部分终审判决，陈水扁获刑2年，并被科罚金300万元(新台币，下同)。12月20日，台“最高法院”把二次金改案分“元大并复华”、“国泰并世华”以及洗钱罪三部分审理；其中，对“元大并复华”部分作出终审判决，以贪污罪判处陈水扁10年有期徒刑，并科罚金1亿元，剥夺政治权利8年；“国泰并世华”及洗钱罪部分，撤销原判，发回台湾高等法院更审。
2013年2月22日，台湾高等法院裁定，陈水扁所涉龙潭购地弊案、二次金改案、陈敏熏人事案、南港展览馆弊案、元大并复华案等经过三审定谳，合并执行刑期，陈水扁获有期徒刑20年，并被科罚金2.5亿元。
2010年12月，陈水扁入监服刑，先在土城看守所，后移至桃园龟山台北市监狱。他在狱中给壹周刊等杂志供稿，赚取稿费。在服刑期间他对民进党频下“指导棋”，在发表的文章里，陈水扁顺便设计陷害“四大天王”中的苏贞昌和吕秀莲。
2012年9月12日，陈水扁因重度忧郁、口吃、排尿困难等症状，被送至台北荣总医院戒护治疗。病情传出后，民进党和“台独”人士一再要求台湾当局释放陈水扁，让其回家疗养。2013年4月，台湾法务部门裁定当局前领导人陈水扁目前状况不符“保外就医”条件，将其从台北荣民总医院移送至台中监狱附设培德医院继续戒护治疗。
2013年4月，陈水扁因不满移监台中培德医院，在台北荣总厕所以卫生衣上吊自杀未遂；6月，陈水扁以3条毛巾打结，挂在水龙头上意图自杀，但因他发出干呕的声响，引起看护注意，立刻入内把他救下。陈水扁在狱中曾宣称说，自己万一有三长两短的话“不要急救”，如果可以，他想学韩国前总统卢武铉跳下悬崖。从被收押起到2012年7月，陈水扁至少三度绝食：首次是从2008年11月12日收押起，至11月16日送院就医，19日打点滴返所，10天后开始进食；2009年2月20日，二度绝食，但3天后就在吴淑珍劝说下恢复进食；2009年5月8日北院裁定延押，扁第三度绝食，被送往医院，12日出院，14日停止绝食。
2013年5月23日，民进党召开中常会，会中讨论了民进党“立法院”总召柯建铭的提案，确认陈水扁适用再入党规定。对于陈水扁申请再入党，民进党秘书长林锡耀表示，任何个人要入党“不值得以天大的事去看待”，“不是审查这个人是好人或坏人”。5月25日举行的民进党“委内瑞拉全国代表大会”上，与会代表同意按党内程序适时讨论陈水扁再入党申请。5月29日，陈水扁提出“再入党”申请。8月14日，民进党再入党审查小组开会，小组召集人管碧玲会后证实，已通过陈水扁再入党申请。
2014年6月10日，陈水扁委托律师首度申请保外就医，但其诉求和声明异议被一再驳回。2014年台湾“九合一”选举后，民进党内“救扁”声浪再起，党主席蔡英文、部分绿营县市长等动作频频。台湾当局前副领导人吕秀莲在2014年12月28日下午则于台北市开始绝食，呼吁释放陈水扁。2015年2月5日，陈水扁获准保外就医到期，台湾当局当日便审核同意延期。
2015年3月10日，民进党前发言人徐佳青在公开演讲时爆料，陈水扁曾向建商收受几十亿(新台币)，检方特侦组10日下午表示，已经分“查字案”办理。特侦组进一步指出，针对陈水扁、吴淑珍等相关贪污洗钱案件，曾针对企业界人士捐款部分，传唤了相关证人，并调查了相关事证。
2019年5月9日，陈水扁获监狱批准参加自己的回忆录签书会及“凯达格兰基金会”感恩餐会。
2019年8月，将台湾地区前领导人陈水扁奉为精神领袖的“一边一国行动党”成立。保外就医的陈水扁，被该党提名为不分区“立委”候选人，但因其曾犯贪污罪，遭“中选会”认定不符资格。2020年1月12日，陈水扁在“Facebook”（Facebook）发文宣布退出政坛。1月20日，“一边一国行动党”20日透过“脸书”(Facebook)宣布解散，仅存续5个月。
2021年12月19日，台“法务部门”废止台当局前领导人陈水扁、前检察官陈玉珍等24人的律师证书，并于17日正式发函通知相关单位，报道说这是因应新修正的“律师法”规定。
2000年，民进党和陈水扁上台，标志“渐进式台独”的开始。陈上台后，一方面坚持“台独”立场，继续李登辉的分裂路线。另一方面，因大陆的坚决反对以及岛内和国际形势所迫，陈也做出一些缓和两岸关系的姿态，企图以拖待变。陈在就职演说中提出所谓的“四不一没有”。但他的“台独党”背景以及其自身的“台独”本质，驱使他朝“去中国化”的方向走去，以柔性姿态进行“台独”活动。他将两岸的主要矛盾从“统独之争”转移到所谓的民主、人权之争，借民主、人权的招牌搞分裂活动。2000年8月17日，陈水扁发表了“统一不是唯一的选项”的讲话。随后，民进党当局采取了一系列“渐进式台独”行动。如将新台币改成“国币”，将台语（即闽南语）当作“国语”，将地方歌仔戏当作“国剧”，有关中国的字样被铲除，有关统一的标语被拆除；驻外机构冠以台湾头衔，停止使用涉及中国的“国徽”，“外交部”的房顶被涂上代表民进党的绿色，新出版的地图册将台湾列为主页而大陆为附页，“新闻局”带有中国地图的标志被抹掉，多年使用的出境“护照”被加注“台湾”二字，“台湾共和国护照”被允许私下流通；联署提案审议所谓“公投法”草案，提出所谓参选“总统”必须限于台湾出生的“出生地条款”，海外“台独”组织“世界台湾人大会”在台湾集会，高喊什么“台湾正名、国家制宪”等等。
2000年，陈水扁上台后立即推动第一阶段“宪改”，也是台湾历史上第七次“修宪”。2002年，陈水扁在其元旦祝词中第一次正式提出“修宪”，并称“修宪”内容以“国会改造和政府改造”为限，其他有关“修宪”的提议不宜仓促进行。2003年9月28日，陈水扁在民进党17周年党庆大会上提出，要在2006年催生“台湾新宪法”，且“新宪法”版本必须由“公投”的方式由人民决定。同年10月，陈水扁在接受《华盛顿邮报》专访时表示，“目前台湾的宪法是在中国大陆制定的”，台湾人民没有一部真正属于自己的“宪法”，声称“这不是正常现象，也代表台湾不是真正完整的‘国家’”，因此台湾有必要通过“公投制宪”，让台湾成为“正常、完整、伟大的民主国家”。2004年5月20日，陈水扁公开声称，他将依循现行“宪法”规定，推动废除“国民大会”及“公投入宪”，“要在2008年卸任前，交给台湾人民一部合时、合身、合用的新宪法”。当年8月23日，台湾“立法院”表决通过了包括“立委”席次减半、单一选区两票制、废除任务型“国民大会”和“公投入宪”等议题在内的“宪法增修条文修正提案”。2005年6月7日，台湾“任务型国代”正式表决通过了“立法院”通过的“宪法修正案”，标志着陈水扁上台以后推动的第一阶段“宪改”的完成。
2005年5月14日，时任民进党主席的苏贞昌宣布，开始推动第二阶段“宪改工程”。根据民进党的主张，二次“宪改”主要涉及“中央政府”体制，包括实行“总统制”或“内阁制”，五权分立或三权分立等。为此，民进党当局先后成立了不少机构推动“第二阶段宪改”。此外，陈水扁当局还组织泛绿学者成立了“民间宪改联盟”，提出“民间宪法版本”，并规划举办万场“宪改座谈”，举办各种“宪改”讨论会。有专家表示，从其宣示的内容和方式来看，民进党推动的第二阶段“宪改”涉及对“宪法本文”的修订及要通过“公投”实现“台湾人自己的宪法”，实际上是要制定一部“新宪法”，这已不是“修宪”而是“制宪”。
陈水扁当局推出“小三通”“包机直航”“货运便捷化”政策等措施未能为台商提供便利和节省成本，两岸不能直接“三通”，使得两岸资金、技术、人员、原材料、信息等双向流动就大受影响。此外，陈水扁当局还不时要求台商“分散投资”，提倡所谓的“全球布局”，这种企图跳过大陆进行海外投资，实际上严重违背经济发展规律，影响到台湾企业的区域布局。
由于两岸经贸关系的快速发展，陈水扁当局上台后面临的两岸“三通”压力较大。上台之初，陈水扁当局不得不调整“戒急用忍”政策，并推出所谓的“小三通”政策。近年来，陈水扁当局陆续就两岸经贸和两岸直航等政策措施进行评估与修正，主要有“两岸直航之影响评估报告”、“两岸航空货运便捷化措施之政策说明”、“两岸人民关系条例修正案”等。总体而言，陈水扁当局对两岸“三通”问题的总思路是：在所谓“积极开放、有效管理”的总原则下，实行渐进式的“阶段性开放”政策，企图在两岸关系问题上与大陆争夺主导权，并继续拖延两岸经济整合的进程，为实现其“台独”目标预留更多的时间。
尽管台湾当局设置各种障碍限制海峡两岸之间经贸往来的发展，但是，由于两岸之间的经济互补性较强，加上台湾经济状况不断恶化等原因，台商对祖国大陆投资十分热情。陈水扁在出席“亚洲台湾商会联合总会年会”时，高喊“台湾要走自己的路，走出台湾的前途”。陈水扁声称，大陆市场不过是全球市场的一部分，不是台湾对外市场的唯一。他要求台商在开拓市场时更应重视对东南亚的投资。
陈水扁上台以来，台湾“外交”呈现出新的活跃态势。台当局一改往日“柔性外交”的策略，转而推行更加积极主动的“攻势外交”，旨在努力走出其“外交困境”，掌握“外交”主动权，最终为台独奠定基础。
陈水扁主政时期台湾“外交”预算大量增加，其国际空间却越来越窄。据统计，1993年“外交”预算只占岛内生产总值(GDP)的1.11%，2008年增为1.82%，但台湾的“邦交国”数目却由1999年底的29个，一路下滑到2008年初的23个。在这期间与台湾新建立“外交”关系的是新独立的国家基里巴斯(2003)，与台湾“断交”的国家则有马其顿(2001)、利比里亚(2003)、多米尼克(2004)、塞内加尔(2005)、格林纳达(2005)、乍得(2006)、哥斯达黎加(2007)和马拉维(2008)等8个。其中，利比里亚是第三次与台“断交”，塞内加尔、格林纳达、乍得是第二次与台“断交”。此外台湾在2003年与瑙鲁“断交”后，又于2005年与其恢复“外交”关系，并于2007年与圣卢西亚“复交”。在这23个“邦交国”中与台湾有长期“邦交”关系的国家只有12个，其中还包括利比里亚等4个多变国家。李登辉时期台湾的“邦交国”单从数量上看，还有所增加到了陈水扁时期，则是明显下降，而且从未出现台湾在一年内与两个以上的国家“建交”或“复交”的情况，其“烽火外交”确已到了山穷水尽的地步。最终导致8年丢掉6个“邦交国”。
2002年6月，陈水扁及“外交部长”简又新、“经济部长”林义夫、“侨委会主委”张富美以及部分“立委”和企业界人士，前往塞内加尔、圣多美和普林西比、马拉维、斯威士兰等非洲四国活动，这是陈上任以来第二次到非洲国家活动。陈在访问期间，进行所谓“人道主义援助”，继续大搞“金钱外交”。马拉维等国持续干旱，面临严重饥荒，台当局选择在陈访问期间，向非洲地区部分“邦交国”提供大笔金钱和粮食援助，并安排部分台医护人员赴当地工作，以此回报这些国家近年来对台湾争取加入WHO的“支持”，同时扩大在非洲地区的影响，谋求吸引其他非洲穷国与台“建交”。2003年年初，台还拟推动陈水扁于5月底访问哥斯达黎加、伯利兹、海地及多米尼克等四个“邦交国”，并寻求过境美国纽约和阿拉斯加州，只是由于台“非典”疫情，台当局悻悻然推后了陈水扁的出访。
陈水扁上台后，极力拓展对日的“实质关系”，在“外交部”设立“对日工作小组”“，总统府”设立“台日关系会报”，统筹对日工作。台当局已先后邀请了70多名日本国会议员、7个主要政党的核心人物及多名学术界人士访台。陈水扁2002年9月接受日本《朝日新闻》专访时谈到“:30年来，日台之间虽然没有外交关系，但是经济、贸易的交流相当活跃，唯政治、军事、安全保障等方面还有可以合作的空间。日本和台湾的关系并不会因为日本和大陆有邦交关系而受影响。”台民进党也设立“台日友好协会”，力图通过党政力量，加强双方互动，将增进“双方关系”作为“外交”活动重点。台民进党还与日本的“日华议员恳谈会”成员在台北市举行了“台日政党研讨会”，研讨亚太地区安全及“政党外交”。陈水扁强调对“欧陆国家的外交是重点中的重点”，指示台“外交部”提升“对欧工作位价”，推动与欧盟“全方位外交”。
陈水扁在2002年访问非洲四国时宣称，台加入联合国虽然“道路漫长”，但“绝不是不可能的任务”。2003年世界卫生大会召开前，大陆和台湾都面临着严峻的“非典”疫情。台湾当局不将重点放在如何尽快控制疫情上，而是利用疫情为台加入WHO大做文章。陈水扁亲自指示由台“卫生署”、“外交部”、“台湾大陆委员会”等相关部门以及民间团体、人士等组成专案小组来推动此项工作，并动员台湾医界联盟、医师公会等民间团体以“人道主义”名义在国际医界活动，并组成“世界卫生组织游说团”在世界卫生大会期间赴日内瓦进行活动，为台湾挤入WHO造势，寻求多渠道支持；针对岛内爆发非典型肺炎，台当局认为这为凸显其加入WHO的“正当性”提供了契机，为此竭力摆出“哀兵”姿态，争取国际舆论支持。
陈水扁上台后曾提出“柔性外交”，强调避免“以硬碰硬”，但在台“元首外交”、“过境外交”、“金钱外交”遭到大陆的反对和国际社会的排挤，连连失去“邦交国”后，陈水扁提出台“外交要有新思路”。台当局在“外交出击”上挖空心思，进行了诸如“人道外交”“、反恐外交”、“民主外交”、“国会外交”及“私人外交”等名目繁多的“多元化外交”。
陈水扁家人原本为他取了“陈水遍”三个字，意思是希望老天爷能让农田遍布雨水。但是当他的父母在报户口时，却因为俚语与国语发音的偏差，将“遍”录为了“扁”，使得“陈水扁”成为了跟随他一生的正式姓名。
2004年3月19日下午13时，陈水扁、吕秀莲在台南市扫街拜票，两人同站在一辆红色、敞篷的小型吉普车后车厢上。13时45分，当陈、吕座车行进到台南市金华路三段时，支持者燃放的鞭炮声不断，街面上鞭炮硝烟弥漫。13时50分左右，媒体开始察觉陈、吕有异状，接着电视新闻频道开始报道说，陈水扁可能“被鞭炮炸伤额角”。14时20分，民进党“立委”王幸男宣布“陈水扁中枪”，随即台湾南部的地下电台就开始造谣说：“中国国民党联合中共枪杀陈水扁”、“目前福建军区操兵，和连宋那边暗通款曲”，凡此种种，不一而足。15时30分，时任“总统府”秘书长邱义仁召开记者会，才正式宣布说陈、吕遭到枪击，并谎称陈水扁体内有弹头。23点，陈、吕分别发布事先预录的电视讲话，号召大家第二天去投票。3月20日，原本选举必败的陈、吕以29518票也即0.22%的赢率险胜。被官方认定为凶手的陈义雄，在3·19枪击案件之后不久即身亡，是自杀还是他杀犹有争议，“3·19枪击案”也成为台湾著名的世纪大悬案。3月28日，李昌钰委托三名美国专家先行来台搜集证据。4月9日，李昌钰率领着鉴识小组，携带着最新的鉴识仪器抵达台湾。李昌钰在台工作两天，先后应台湾媒体要求3次发表鉴定看法。据表示，李昌钰只能确定“陈水扁、吕秀莲两人的伤口是枪伤”；陈、吕乘坐的吉普车上挡风玻璃上的弹孔和车上找到玻璃粉末，显示“子弹是由外向内、由左向右击中车辆”，两颗子弹头中的铅制弹头上的脱氧核糖核酸与陈水扁的相同，显示的确是打伤陈水扁的子弹。李昌钰还表示，由于台湾警方捡到的弹壳位置不准确，以及无法提供当时车辆行进的速度，其在利用激光交叉比对进行弹道重建时，只能推估大概的可能开枪地点范围，无法找出确切的开枪地点。2024年3月，“3·19枪击案”满20周年。吕秀莲作为当年受害者之一，呼吁即将上任的赖清德及新一届台立法机构重启调查，并称“这是弭平台湾社会的一把钥匙”。
2003年6月，由辜家投资的达裕公司跳票，发生财务危机。为解决达裕公司的财务问题，王之铨董事长辜成允与中国信托金融控股股份有限公司前副董事长辜仲谅，计划将达裕公司拥有在桃园龙潭的土地，出售给新竹科学园区管理局。辜仲谅居中中介蔡铭杰、蔡铭哲兄弟给辜成允，希望透过政治力量完成收购案。2004年1月，辜成允汇出2千万元至人头户吴淑珍的美国账户。在3月20日大选后，辜成允汇出4亿元至吴淑珍美国账户，蔡铭哲随后退回1亿元。该案中，这些佣金陈水扁到底知不知情，是案件审理的重点。 陈水扁在法庭上表示，关于龙潭案的4亿佣金，完全不知情，但作为中间人的蔡铭杰全数认罪，坦承曾跟吴淑珍谈到佣金部分，也与姐姐蔡美利、弟弟蔡铭哲，把姐弟三人获利的1亿佣金交由特侦组查扣。
台北市“南港世贸展览馆”，是台湾当局在2003年核定兴建的全台最大会展中心。其建筑基地达6万平方米，工程款总额为36亿元新台币。力拓营造公司原负责人郭铨庆，在与打着“总统夫人特别助理”名号的掮客蔡铭哲相熟后，向蔡表示，希望透过吴淑珍的影响力，从负责此项目评鉴发包的“内政部”处取得保密的竞标评委专家名单，并欲借此行贿得标。郭铨庆表示，事成之后，愿付给吴淑珍总工程款2.5％的数额（约9100万元新台币）作为对价酬谢。吴淑珍遂命“内政部长”余政宪向郭透露评委名单，并将所获报酬辗转汇往其胞兄吴景茂与儿媳黄睿靓在海外的账户，但最终被瑞士联邦检察署以涉嫌洗钱犯罪为由查扣。2008年10月21日，陈水扁妻子吴淑珍因涉及南港展览馆弊案，被台湾检方特侦组列为被告，罪名为贪渎。
陈水扁依照台湾的规定，可以领取“公务机要费”但不能私用。可是吴淑珍利用其组织的贵妇团帮她收集了许多的发票，用假的发票换取“公务机要费”，公款私用就是贪污。邱毅在拿到这些发票后检举了陈水扁、吴淑珍，“台检调部门”在接受了邱毅的举报之后展开调查。2006年11月3日，台检方侦结公务机要费案，认定陈水扁涉嫌贪污和伪造文书罪嫌。2008年5月20日，陈水扁卸任台湾地区领导人一职后，台检方特别侦查组分案侦办公务机要费案，将其列为被告。
2008年8月14日，台湾地区《壹周刊》爆料陈水扁家族透过媳妇黄睿靓岛外洗钱之。特侦组9月25日在扁办扣得大量“国安”、“外交”资料。9月26日，台检方侦办陈水扁家族海外洗钱案，对陈水扁住所、陈水扁办公室发动大搜索，查无海外七亿密账的理财契约书。检察官26日中午启封所查封以“陈水扁”、“陈幸妤”、“陈致中”为承租人的三个银行保管箱，查获重要数据，对密账案解谜产生关键性的影响。2008年11月12日，陈水扁被依贪污、洗钱等罪嫌向法院声请收押禁见获准，成为台湾首位遭收押的卸任前领导人。
“二次金改案”是台湾元大证券合并复华金控过程中，陈水扁、吴淑珍夫妇向元大马家索贿2.1亿元，其后指示前陈水扁办公室副秘书长马永成为元大马家联系前陈水扁当局“财政部长”林全，协助元大并购复华金控。
扁家将原本存放在“国泰”世华保管室中的7.4亿元，从保管室搬运到元大马家金库、再转汇到瑞士威格林银行，又汇到美国买房子、以及部分用在以人头购买宝徕两户住宅等过程，被指构成洗钱。
2009年9月11日，台湾台北地方法院就公务机要费、龙潭购地、南港展览馆、洗钱等案一审宣判，判处陈水扁及其妻吴淑珍无期徒刑，褫夺公权终身；2010年6月11日，法院对上述案件二审宣判，陈水扁、吴淑珍分别被判刑20年，褫夺公权10年。2009年12月24日，特侦组侦结二次金融改革案，依贪污、洗钱等罪起诉陈水扁等人；次年11月5日，台北地方法院一审判决该案中陈水扁等被告无罪。11月11日，台湾“最高法院”就龙潭购地案及台北101前董事长陈敏熏人事弊案，判处陈水扁有期徒刑11年；12月2日，陈水扁从台北看守所移监台北监狱正式服刑，成为台湾地区首位因案入狱的前领导人。2011年10月13日，二次金改案二审逆转，台湾高等法院合议庭认定陈水扁利用领导人实质影响力介入金控并购，遭起诉21名被告中，除陈水扁、吴淑珍夫妇从无罪改判有罪外，另7名被告也遭判有罪。
2012年7月26日，法院就龙潭案洗钱部分终审判决，陈水扁获刑2年，并被科罚金300万元(新台币，下同)。12月20日，台“最高法院”把二次金改案分“元大并复华”、“国泰并世华”以及洗钱罪三部分审理；其中，对“元大并复华”部分作出终审判决，以贪污罪判处陈水扁10年有期徒刑，并科罚金1亿元，剥夺政治权利8年；“国泰并世华”及洗钱罪部分，撤销原判，发回台湾高等法院更审。
2013年2月22日，台湾高等法院裁定，陈水扁所涉龙潭购地弊案、二次金改案、陈敏熏人事案、南港展览馆弊案、元大并复华案等经过三审定谳，合并执行刑期，陈水扁获有期徒刑20年，并被科罚金2.5亿元。2015年2月24日，台湾高等法院就龙潭弊案维持一审判决，台湾新竹科学工业园区管理局败诉，还可上诉。
2022年7月15日，机要费案宣判，陈水扁获免诉，妻子涉洗钱判2年。2024年6月，台湾台北地方法院合议庭认定，洗钱案追诉权时效已完成，判陈水扁免诉。台北检方认为台北地方法院算错追诉时效，因而不服判决并提起上诉。2024年8月28日，台湾高等法院撤销免诉判决，陈水扁洗钱案发回台北地方法院重审。
2014年12月12日，前台湾地区领导人陈水扁就保外就医案件，向台湾地区高等法院声明异议，台湾地区高院11日分案，12日下午裁定“声明异议驳回”。陈水扁入狱服刑逾6年，他在6月10日委托律师首度申请保外就医，但台湾当局“法务部”认为他的病况不符保外医治规定，因此驳回。陈水扁另向台湾台北地方法院提出声明异议，法院认定非管辖案件而驳回，陈水扁因此向法院提起抗告，并向台湾地区高等法院提出声明异议。2015年1月5日，陈水扁获准保外就医。截至2023年5月，陈水扁保外就医第34次延期，媒体随后追问陈水扁保外就医多次延期到底有没有问题，并指出“红线”已被踩烂。
陈水扁在连（战）宋（楚瑜）相争的情况下渔翁得利，拿下大权，他务实的律师性格和从政经历，让台湾民众对于政党轮替有着高度期待，上任之初也有过高达八成的民意支持度。但登上“总统”宝座之后的陈水扁，过于攻击性的作风、反复无常的言行，以及经常游走于危险边缘的两岸、“外交”政策走向，不仅让台湾陷入8年的对立，也赔上了民进党好不容易打下的根基。（《中时电子报》评）
陈水扁8年前曾以“新中间路线”为选举诉求，当选后更以“四不一没有”的保证来稳定两岸紧张局势，他也曾在许多重要节庆的祝词中宣示要开创两岸新局。但结果却刚好相反，在其8年任内，不仅曾诉求“一边一国”直接挑战大陆的敏感神经，更持续不断地以“新宪”“废除国统会”“公投入联”等议题的操作来激化两岸关系，结果两岸之间不仅原有的对话渠道完全中断，更造成整个亚太区域的不安。（《中国时报》评）
台湾地区的政论家南方朔的文章说，像陈水扁这样的人，予人既可恶又可怜，可恶与可怜纠缠。可怜之人必有可恶可恨之处。自我扭曲，并曲解历史，虚构出一个救命恩人。可怜的陈水扁不仅可恶可恨，甚至是可鄙了。
前民进党主席林义雄表示，社会对他这个人的评价都已确定，“谈这个人一点意义都没有，不值得台湾社会再谈这件事情。”——林义雄评
陈水扁就是一个过去台湾那种黑道老大的心态，弟兄们都是我养的，因此我搞一大堆钱来，给你几百万，你们去竞选，所以基本上在民进党这么多的竞选公职人员当中，大概都收过陈水扁的钱，这不是一个简单的贪污受贿罪的问题，而是一个黑道老大作风的问题，掏出所有的资源给你们，你们去竞选，就变成这么样一个团队。（郎咸平评）
陈水扁无视台湾社会求和平、求稳定、求发展的强烈呼声，为谋一己私利，制造两岸危机，把台湾人民的安危福祉当成他个人的政治祭品，这是不得人心的。（时任民盟中央副主席索丽生评）