更新时间：2023-01-07 15:16
南京博物院（Nanjing Museum）是位于中国江苏省玄武区的大型综合类博物馆，坐落在紫金山南麓、中山东路321号，为国家一级博物馆。
南京博物院的前身是1933年蔡元培倡建的国立中央博物院筹备处。中华人民共和国成立后，仍名国立中央博物院，由文化部领导。1950年3月更名为国立南京博物院。2013年，博物院二期改扩建工程完工。现今的南京博物院占地面积为13万余平方米，其中总建筑面积84800平方米，展厅面积26000平方米。博物院为“一馆六院”的格局，设有历史馆、特展馆、艺术馆、数字馆、非遗馆、民国馆。
博物院设有常设展览“江苏省非物质文化遗产展”“民国风情展”“远古印象”“史前神韵 吴越春秋”等。拥有各类藏品43万余件（套），上至旧石器时代，下迄当代，玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等文物品类一应俱有；其中，新石器时代“玉串饰”，战国“错金银重烙铜壶”、“郢爰”，西汉“金兽”，东都“广陵王玺”、“错银铜牛灯”、“鎏金镶嵌神兽铜砚盒”，晋朝“青瓷神兽尊”，南梁“竹林七贤与荣启期”模印砖画，明代“釉里红岁寒三友纹梅瓶”等为国宝级文物；人面兽面组合纹玉琮、透雕人鸟兽玉饰件等18件文物为镇院之宝；错金银镶嵌丝网套铜壶、青瓷神兽尊、竹林七贤与荣启期砖画为禁止出国（境）展览文物。
2001年，南京博物院被中共中央宣传部定为“全国爱国主义教育示范基地”。2010年，南京博物院入选首批中央地方共建重点博物馆名单。2014年，南京博物院被列为中国国家AAAA级旅游景区。
南京博物院的前身为国立中央博物院筹备处。
1933年，中国近代民主革命家、教育家蔡元培倡议国民政府创建国立中央博物院筹备处。蔡元培等人筹建中央博物院的目的是：“汇集数千年先民遗留之文物，及灌输现代知识应备之资料。为系统之陈览，永久之保存，借以为提倡科学研究，补助公众教育之策源。”当年4月，“国立中央博物院筹备处”在南京正式成立，隶属于教育部，办公地点设在鸡鸣寺1号，傅斯年任筹备主任。6月，《国立中央博物院计划书草案》被拟定，明确建院宗旨为：提倡科学研究，辅助公众教育，以适当之陈列展览，图智识之增进。
1933年10月，按照中央政治会议377次会议决定，接收内政部所属古物陈列所。1933年2月南迁、原藏清代沈阳市和热河行宫的宫廷文物，作为中央博物院筹备处基本藏品。
1934年，李济任国立中央博物院筹备处主任。同年7月2日，按照《国立中央博物院暂行规则》第三条，建筑委员会成立并举行了第一次会议。翁文灏任委员长，张道藩、傅汝霖、傅斯年、丁文江、李书华、梁思成、雷震、李济任委员。其中张道藩、傅斯年、丁文江为常务委员，梁思成为专门委员，领导建筑工作。经与南京市政府商准，征购中山门内半山园100亩地为院址，后又增加93亩。
1935年，在杨廷宝、童篱等十多位建筑师参与投标的竞赛中，徐敬直的方案被选中，后在梁思成的指导下完成设计。
1936年4月15日，国立中央博物院筹备处第一届理事会成立并举行第一次会议，推举蔡元培为理事长，傅斯年为秘书长，拟定通过《国立中央博物院理事会议事细则》、《国立中央博物院各馆组织暂行通则》，确定理事会的职责是推举院长，负责审议预决算，监督藏品的保管，为开展学术研究设立各种专门委员会等。
1936年，国立中央博物院筹备处正式开始动工。原拟建人文、工艺、自然三馆。1937年，抗日战争爆发，工程停止。
1937年11月18日，国立中央博物院筹备处奉令西迁，院藏文物分水陆两路西迁。
1940年6月，国立中央博物院筹备处抵达四川宜宾的李庄镇，恢复工作。
1945年，抗日战争胜利。1946年5月至1947年3月，文物全部运回南京。
1946年，建设工程继续进行。1948年4月，第一期工程及附属工程基本竣工。
1948年冬，蒋介石败退中国台湾之际，调用货船与军舰，将从北京故宫、国立中央博物院等搜罗来的文物珍宝中的精品运往台湾，共计5000多箱，23万多件。这批原属于南京博物院等机构的国宝今多珍藏于台北故宫博物院。
1949年中华人民共和国成立后，国立中央博物院由文化部领导。
1950年，国立中央博物院改名为国立南京博物院。南京博物院最初隶属文化部文物事业管理局，后隶属华东行政委员会文化部。
50年代初，政府拨款对博物院的建筑作整修、增建，完成了屋顶的琉璃瓦和月台栏杆等工程。至此，南京博物院的第一期工程宣告结束。
1954年起，南京博物院改属江苏省文化局领导。
1959年，南京博物院、江苏省博物馆、江苏省文物管理委员会合署办公，仍名南京博物院。
1984年，由南京博物院自筹资金新建的文物保护科技实验楼落成并投入使用。
新中国成立后至20世纪80年代末，南京博物院的发展比较缓慢。直到90年代初，最初筹划的三个馆只建成了其中的人文馆。
1991年，南京市建设委员会、南京市规划局和南京博物院共同商定，在人文馆建筑旁边新建艺术陈列馆，并最终选中江苏省建筑设计院所设计的方案。该馆建筑面积16836平方米，总投资为1.37亿元，1995年10月开工兴建，1997年9月主体建筑竣工，1999年8月装饰及其它设备工程完工。1999年9月26日，艺术陈列馆落成，正式对外开放。
1992年11月，由江苏省古典建筑园林设计所设计的文物保管新库房开始兴建，建筑面积为3456平方米。1994年11月竣工。
2006年，南京博物院二期改扩建工程正式立项，并进行了第一轮国际招标征集方案。之后又有多轮方案招标举行。
2008年8月，最后一轮方案招标工作顺利进行，前后共计征集了30余个方案。杭州中联筑境建筑设计有限公司（程泰宁院士领衔主创）的方案被定为实施方案。
2009年，在江苏省委、省政府的重视下，南京博物院二期改扩建工程启动。
2013年，工程完工。11月6日，南京博物院正式对公众开放。改扩建后的博物院总建筑面积达84800平方米，其中展厅面积达26000平方米，新建特展馆、数字馆、非遗馆、民国馆。2019年，国家文物局文物鉴定责任人员实习实训基地设立于南京博物院，由国家文物局宏观管理。
南京博物院历任院长为徐平羽、曾昭燏、姚迁、梁白泉、徐湖平、龚良。
南京博物院的前身国立中央博物院筹备处采用的是徐敬直的方案，梁思成指导。二期改扩建工程则采用了程泰宁院士领衔主创的方案。经过二期改扩建，南京博物院现为“一院六馆”的战略布局，即在南京博物院下设立江苏历史博物馆、艺术博物馆、民国历史博物馆、特别展览馆、江苏省非物质文化遗产展示馆和江苏省数字博物馆，其中非物质文化遗产展示馆和数字博物馆在中国是首次设立。建筑布局体现了“金镶玉成，宝藏其中”的理念，在前后关系、檐口高度、材质颜色以及细部装饰等方面形成视觉平衡。整体风貌既有传统元素，又有现代气息，二者协调融合、交相辉映。
南京博物院布局规整。博物院正中间是文澜广场，广场南边是文渊广场。文澜广场中间铺设草坪，草坪正中为一方水池。广场的尽头、博物院北部为大殿（历史馆）。大殿与其他建筑以中式长廊联通。特展馆位于博物院西北处，居历史馆西边。艺术馆位于博物院西部，居特展馆南边。民国馆和非遗馆位于艺术馆地下层。数字馆位于历史馆与特展馆交接处的负一层。除上述主要展馆外，博物院的西南部，即艺术馆的南边，设有服务中心和停车场；历史馆的北边设有办公楼。
二期改扩建后，建筑立面经由统一设计，选取灰白基调夹杂栗色点线的石材挂面，并在石材表面作了古典面处理。地下建筑达3万多平方米，有自然采光和通风系统。历史馆、特展馆、非遗馆的中庭室内空间借鉴了“藻井”的设计手法，在中庭玻璃顶下结合钢结构梁格关系再做吊顶。吊顶的梁格采用了紫铜板。此外还调整了玻璃的进光量，在室内基本看不见屋顶的玻璃，起到了很好的遮阳效果。
南京博物院在功能设置上除了常规考虑外，还结合自身特点和观众需求设置了一些特别的服务功能，例如在大殿正下方设置博物馆主题图书馆、在特展馆一层国宝厅的对面设置儿童体验馆、非遗演出的小剧场和老茶馆，等等。
历史馆即拟建中央博物院时建成的人文馆。该馆为南京博物院的正殿，由徐敬直和李惠伯设计，梁思成和刘敦桢担任监管和设计顾问。
历史馆坐落在南京博物院内宽大草坪尽头的三层白色石台上，已经被列为文物保护建筑。馆舍整体采用仿辽代建筑风格，由大殿、露台和展馆三部分组成。大殿为九开间的仿辽庑殿，屋顶覆盖棕色琉璃瓦，屋面平缓，枓粗壮。
二期改扩建后，正殿被抬高了三米，突出了老大殿的主体地位，主体结构进行了维修和抗震加固。这一改动改善了原建筑低于城市道路的不利情况，同时减少了地下空间大面积的填挖土方。
历史馆共有两层。1~3展厅位于二层，由西南至东南顺时针游览，分别是1展厅“远古印象”、2展厅“史前神韵 吴越春秋”、3展厅“郡国华章 汉家故里”。4~6展厅位于一层，由西南至东南顺时针游览，分别是4展厅“六朝迭兴 隋唐华彩”、5展厅“江淮多姿 宋元气象”、6展厅“盛世江南 明清辉煌”。
特展馆为南京博物院二期改扩建新四馆之一，重点打造国内外精品展览和以院藏宫廷文物为主的专题展。
特展馆共有五层。7~9展厅位于二层，二层西南处为“博雅汇”，7展厅位于西北，8展厅位于正北，9展厅位于东北，东南处有会议室。10~12展厅位于三层，三层正南边有一多功能厅，10展厅“走近佛前”位于正西，11展厅位于正北，12展厅位于正东。13~15展厅位于四层，四层正南边是学术报告厅，13展厅“精准与华美——南京博物院藏钟表精品展”以及会议室位于西边，14展厅“陈设清宫——南京博物院藏清代宫廷文物展”位于正北，15展厅“盛世华彩”位于正东。16~18展厅位于五层南边。
除展厅外，特展馆五层有一休闲茶座，可以延伸到屋顶宽大的露台，远眺南京紫金山、天文台、中山陵、明孝陵等景点。
艺术馆于1999年9月落成开馆。该馆与历史馆一样，采用了仿辽代建筑风格。
艺术馆共有两层。19~22展厅位于二层，其中19展厅位于西南，20展厅位于西北，21展厅位于东北，22展厅位于东南。20展厅与21展厅之间，即二层正北处有一临时展厅。23~28展厅位于一层，其中23展厅“历代雕塑陈列”位于西北，24展厅“吴为山雕塑馆”位于正北，25展厅位于东北，26展厅位于正东，27展厅“苏天赐油画展”位于东南，28展厅位于正南。
数字馆为南京博物院二期改扩建新四馆之一，是中国首家实体数字博物馆。场馆采用了网络科技和现场互动相结合的方式，设计出了近1000米长的宽大隧道，隧道穹顶与墙壁上使用声光电技术、巨型弧幕影像、半球屏幕、数字魔方等，展示世界文明的发展历程。
数字馆位于地下层，共由28部分组成，每部分有一主题。各部分位置如导览地图所示，各部分主题按顺序分别为：岁月如流、数字馆综述、敬畏自然、历史断层、歌颂神明、开启文明、热血青年、因为爱情、山盟海誓、眉目传情、君子爱财、意气风发、壮志凌云、南都繁会、豪门夜宴、笔下生花、都市繁华、往昔今夕、超凡入圣、心灵归宿、生死轮回、唯我独尊、锁国前夜、辉煌不再、文明丝路、因你永恒、中华文脉、生命乐园。
非遗馆为南京博物院二期改扩建新四馆之一，主要用于展示江苏省省内的代表性非遗项目（包括世界非物质文化遗产昆曲和多项国家级、省级非遗代表项目）。该馆不仅使用了图文看板与视频多媒体等传统静态展示方式，还设置了传统手工艺活态展示。
非遗馆位于地下层，有32个展位。各展位位置如导览地图所示，按照次序分别为：序言、中原地区非物质文化遗产ICON、保护非物质文化遗产公约、中国的人类非物质文化遗产、江苏省的人类非物质文化遗产、昆曲、古琴艺术、中国传统木结构营造技艺、中国雕版印刷技艺、中国结、端午节、中国剪纸、南京剪纸、南通面塑、南京京剧脸谱、京剧、南京云锦织造技艺、中国传统桑蚕丝织技艺、南京皮影、江苏省国家级非物质文化遗产代表性项目名录、秦淮灯彩、南京龙凤金箔、南通市丝檀雕、扬州市毛笔、民间文学、传统音乐、传统舞蹈、传统戏剧、曲艺、苏州市漆器、民俗、结束语。另有两个大师工坊。
民国馆为南京博物院二期改扩建新四馆之一，以街景展示的形式浓缩再现了民国时期社会中上阶层的生活状况。展馆还原了民国时期的建筑场景，运用声、光、电等先进技术进行模拟再现，营造出具有历史感的空间。传统作坊、现代公共服务机构以实体店的形式融于其中，参观者可与之互动。
与传统的内部展览空间不同，民国馆被设计成了一个室外步行街道，而不只是民国器物展品的简单陈列。
民国馆位于地下层，共有两层，整个场馆由29个展位组成，各展位的位置如导览地图所示。一层有26个展位，按照次序分别为：银行、商铺1、商铺2、售票处、报刊亭、钱庄、百乐门大剧院、商铺3、邮局、首饰铺、民国火车站、理发馆、服装店、汽水铺、花店、公馆院子、会客厅、南北货、居民客栈、杂货铺、民国式样铁艺围栏、咖啡馆、照相馆、中药店、诊所、空调机房。27~29展位位于二层，按照次序分别是：南京老照片展厅、先锋书店、展厅。
江苏地处长江下游，拥有民间文学、传统音乐、传统舞蹈、传统戏剧、曲艺、传统美术、传统技艺、传统医药、传统体育、游艺与杂技、民俗等为主体的丰富非物质文化遗产。江苏省非物质文化遗产展为常设展览，设在非遗馆，展览内容为江苏省入选“人类非物质文化遗产代表作名录”和“国家级非物质文化遗产名录”的项目。
除各种非遗陈列外，展厅内还设有八个手工技艺演出坊，有艺人全天为观众进行非遗美术类和手工技艺类项目的动态表演。
大师工坊设在非遗馆。南京博物院邀请了国内外具有重要影响力的国家级非物质文化遗产传承人，在大师工坊展现具有江苏省代表性的传统美术和传统技艺项目。
大师工坊里展示的代表性项目有南京云锦织造技艺。南京云锦因“灿若云霞”而得名，其织造技艺是中国传统织锦技艺最高水平的代表，为中国古代“三大名锦”之首，素为皇家御用贡品。云锦织造时，由拽花工和织手两人相互配合手工织造，一天只能织5厘米左右。这是一项严密而系统的工程，其中“挑花结本”工序可谓中国最早的“程序控制系统”。2009年，“南京云锦织造技艺”被列入联合国教科文组织非物质文化遗产名录。除南京云锦织造外，大师工坊里还设有过“无锡惠山泥人”“常州留青竹刻”等非遗项目的技艺展示。
在大师工坊，观众可近距离接触大师，可以与传承人师徒互动。为使观众与各种手工技艺项目和传承人充分接触，非遗馆会根据展览需要定期更换展陈项目。
老茶馆（民俗茶社）设在非遗馆。民俗茶社是由苏州蒯祥古建园林公司设计建造的一座全木结构仿古茶社，用于展现非物质文化遗产项目——香山帮传统建筑营造技艺。
茶社完全按照老式茶社布局修建，天井苏式彩画，戏台金碧辉煌，木雕隔断精致，池心宽阔，包厢整肃，是观众欣赏江苏省表演类非遗项目和品味江苏省饮食技艺类非遗项目的场所，是“动态”展示非物质文化遗产的文化空间。
老茶馆内会定期上演江苏省特有的曲艺、传统戏剧折子戏和民俗音乐等项目，如苏州评弹、南京白局、昆曲折子戏、江南丝竹等等。同时，茶馆采用了传统茶馆中“荤茶馆”的形式，把雨花茶、苏州洞庭碧螺春、连云港市云雾茶等进入非遗名录的茶饮和其他饮食项目纳入其中。
“远古印象”为常设展览，位于历史馆1展厅。
江苏地处长江下游，傍江临海，历史悠久，经济文化繁荣。该展旨在向观众展示远古时期江苏省大地原始人类的生存遗迹，讲述远古洪荒时代这片土地上生命的繁衍和人类的出现。
“远古印象”展出的内容有南京猿人颅骨化石、釜灶、顺山集遗址、水稻田、社会演进、彩陶钵、彩陶八角星纹盆、猪形陶罐、灰陶江豚形壶、透雕人鸟兽玉饰件、玉琮、玉蛙、玉串饰等。
“史前神韵 吴越春秋”为常设展览，位于历史馆2展厅。
该展厅展示了江苏从史前到春秋的历史文化：35万年前，南京出现了猿人，江苏这片土地上开始有人类的活动。此后，江苏古代人类生存繁衍，产生了富有地域特色的旧石器文化遗存。8000年前，江苏省境内出现最早的新石器文化遗存。6000多年前，稻作农业的发展初步奠定了史前文化的基础。伴随着家畜饲养、制陶治玉、纺织漆、石器加工等全面进步，物质财富逐渐丰富，人口数量不断增加，聚落规模迅速扩大，社会阶层显著分化，组织结构日趋复杂，文化面特征鲜明，江苏地区的古城古国应运而生。在夏商周时期，江苏省地区出现了早期的国家“方国”，包括徐、钟吾、郯国、干、宜等夷系方国与吴、越等越系方国，创造了特色的地域文明。
“史前神韵 吴越春秋”展出的内容有丘湾社祭遗迹陈列、青铜兽面纹铙、青铜四凤盘、青铜牺、原始瓷尊、青铜尊、独木舟、青铜鸠杖、青铜云纹虎钮錞于、玲珑球、原始青瓷悬鼓座、青铜错金银立鸟几何纹壶、郢爰、青铜错金银牺尊、青铜卧鹿与蟠纹镜等。
“郡国华章 汉家故里”为常设展览，位于历史馆3展厅。
该展厅展示了秦汉江苏地区的经济社会、历史文化：江苏北部是汉高祖刘邦的故乡和“龙兴之地”，在经济和政治方面有重要作用，荆、吴、楚国、江都、广陵、泗水、彭城、下邳等重要的诸侯国先后分封于此。江苏省两汉时期的城址、村落遗址、墓葬等文化遗存丰富。在这些文化遗存中，诸侯王陵最为突出，例如高邮天山广陵王陵、徐州狮子山楚王陵、盱眙大云山江都王陵等陵墓，均出土了大量珍贵文物。
“郡国华章 汉家故里”展出的内容有广陵王玺、银缕玉衣、金缕玉衣、九窍玉、玉蝉、江都王陵出土编钟、鎏金铜犀牛、鎏金驯犀俑、铜圭表、铜牛灯、错银铜牛灯、西汉彩绘陶旗亭、邳州山头画像石墓、《纺织图》画像石等。
“六朝迭兴 隋唐华彩”为常设展览，位于历史馆4展厅。
该展厅展示了三国至隋唐时期江苏地区的经济社会、历史文化：公元三至六世纪，吴、东晋、宋、齐、梁、陈朝六国相继在南京建都，史称“六朝”。相对北方地区的战争频发，经济和文化衰退，六朝时期南方社会较为稳定。北方士人和劳动民众大量南迁，中国经济重心南移。六朝时期科学、技术、思想、艺术诸领域皆取得重要成就，在汉末战乱里濒于毁灭的汉文化传统得以保存和发展。隋唐，海上和陆路丝绸之路逐渐通畅，促进了中外贸易往来和文化交流。唐朝江苏省是全国最大的粮食输出地。大运河的开凿，加速了经济中心的南移，商品经济和手工业发展。盐城市、泰州市成为东南沿海重要的盐业生产中心，设有盐城监、海陵监等机构，每岁煮盐达百余万石。扬州市成为全国最繁华的工商业城市，经济地位超过了长安、洛阳市，享有“天下之盛，扬为首”的说法。
“六朝迭兴 隋唐华彩”展出的内容有建康城（宫城）、石辟邪、青瓷羊、青瓷龙柄鸡头壶、龙凤玉佩、陶牛车、青釉瓷神兽尊、青瓷鸟兽人物纹堆塑罐、竹林七贤与荣启期模印砖画、青花瓷片、画软陶泥胡服立俑、海兽葡萄镜、玉哀册、人首鱼身俑和人首蛇身俑、陶伶人俑等。
“江淮多姿 宋元气象”为常设展览，位于历史馆5展厅。
该展厅展示了宋元时期江苏省地区的经济社会、历史文化：南宋时，扬州市是控扼江淮的军事要地，江南地区社会相对安定，成为全国的经济重心。稻麦两熟制推广，粮食产量远超前朝；丝麻棉业生产逐渐专业化；髹漆工艺不断提升，商品远销海外。江南地区出现了以苏州市、江宁区为代表的手工业重镇和新兴商业中心；镇江市位于长江和大运河的交汇点，是江南运河的起点，承担着太湖和钱塘江地区漕粮、贡赋的中转重任，成为南北要冲。城市人口大增，商人地位提高，市民阶层出现。元代，扬州是“十二省治所之一”，苏州、南京和松江区成为全国的丝织业和棉纺业中心，仅南京城内的丝织工匠就多达两万人。文人书画艺术勃兴。
“江淮多姿 宋元气象”展出的内容有平江图、白釉黑花瓷镜盒、白地黑花开光童子莲雁纹瓷枕、鹌鹑月季图轴、漆桶、漆托盏、端石抄手砚、兔毫盏、白釉双耳瓷瓶、镀金团花八楞银盒、如意云纹金盘等。
“盛世江南 明清辉煌”为常设展览，位于历史馆6展厅。
该展厅展示了明清时期江苏地区的经济社会、历史文化：明清时期，江苏社会经济空前发展，市镇兴起，人口众多，交通便利，商贸繁荣，农业、水利、丝棉纺织业和制盐业等均处于全国的领先地位。伴随着货雇佣关系的出现，资本主义生产关系初见端倪。苏州市、南京、扬州市均为当时全国最繁兴、最富有的城市。 经济的发展带来了科技、学术、文学、艺术的繁荣。明清时期，南京的城墙、宫殿、寺庙和江南园林等建筑技术及造船业居于全国前列。江苏省成为全国的书画中心，名家辈出，精品众多；文学创作繁荣，出现了施耐庵、吴承恩、曹雪芹等大师。江苏还是全国工艺中心之一，有南京云锦、宜兴紫砂、扬州漆器、苏州玉器、刺绣等。江苏还涌现出一大批航海家、科学家和大学者。 明清时期是中国封建社会发展的最后阶段和高峰，而江苏则是这个高峰的代表。其时，江苏省经济繁盛，文化鼎兴，有“盛世江南”之美誉。
“盛世江南 明清辉煌”展出的内容有凤纹抱鼓石、白釉“赏赐”梅瓶、报恩塔拱门、金凤冠、昆曲、青铜灶、黑漆描金宝座、时大彬制紫砂壶、青色冰梅纹库金匹料、顾绣游赤壁图轴片、明四家、董其昌、禅画二石、四王恽吴、金陵八家、扬州八怪、书法、青花云龙纹扁瓶等。
“民国风情展”为民国馆常设展览。该展被设在多个展厅，分区域通过仿民国欧式建筑街景浓缩展示民国时期的城市生活景象，是老南京城市文化的一个缩影。展厅内有天空、道路、街灯及附属设施等，均利用声、光、电等技术模拟再现，营造真实历史氛围，使整个展览呈现复古怀旧的风格。
展览街道上有邮局、火车站、理发店、中药铺、书店、银楼等可履行实际功能的实体店铺，店员门身着民国服饰，游客可邮寄信件、按方抓药、选购书籍及银饰品，甚至可以购买到江苏地方糕点美食以及留声机复制品等商品。各店铺的陈设、匾额、器具等均是征集的民国文物，如摩登家具、老式福特汽车、机车等。
整个展馆不仅展示建筑特色，还动态还原民国城市的生活状况，让观众跨越时空的阻隔走在民国街头。
数字馆内设有以江苏省为例展示中国古代文明的展览，为常设展览，由网络虚拟馆和实体展馆共同呈现。
该展用抽象概念辅以历史事实的表现方式诠释中华文明发展历程，突破“以展柜和展板为主”的传统展陈方式，采取“不封死、不看穿”的错层交叠的空间构建手段，集合分列式多屏幕、透明屏、二维码等多媒体形式，运用实时抠像、动作捕捉等数字技术，将空间、装饰、媒体硬件及数字内容结合起来，营造立体丰富的展示环境，引导观众沿着流线移步换景。
网络虚拟馆通过网络和图像识别技术复原实体展馆的空间和内容，是实体展馆的延伸。通过网络平台和遴选，观众自己制作的展示内容也可推送到实体展馆。
实体展馆分为六大展区。序厅以《时光》为题，通过流水、风沙、变幻的星空，体现“时间”对于人类文明的独特作用。“萌动与发轫”部分用独具风格的影像勾勒出初生的人类试图征服自然时表现出的勇气与“傻气”。“进取与成长“部分展现了中华文明快速发展的历程，用历史故事表现“热血青年”、“因为爱情”、“君子爱财”、“意气风发”等人生路上的喜怒哀乐。“扩张与融合”部分用立面宽12.5米、高5.9米的C形巨幕影片，以战争、帝国故事表现人类进步过程中展现的面貌。“封闭与开放”部分截取了闭关锁国、第一次鸦片战争、文明丝路中的历史片段，表现中华文明从开拓进取逐渐转向内敛、保守、固步自封的心态。“生命因你永恒“部分总结了在初生、发展、强盛、衰落这一螺旋式渐进的历史进程中，文化和民族产生融合，政治制度、科学技术和文化艺术也在不断成熟、进步，文明向更加美好和睿智的方向前进。
苏天赐油画展为常设展览，位于艺术馆1层27展厅（苏天赐油画馆）。
苏天赐为20 世纪中国杰出油画家、美术教育家，毕生致力于油画教学、创作与研究，创造了具有中国文化精神和东方艺术神韵的意象性油画，为中国油画的发展，特别是油画的民族化作出了特殊的贡献。南京博物院特设“苏天赐油画馆”，目的是向公众展示其富于东方意境和中国精神的油画艺术。
苏天赐的油画以艺术为主，歌咏自然风景，通过作品表达对自然河山的热爱。他在油画中探索中西融合，将中国传统哲学观念与审美意识加入到油画的创作中，集书写性的笔调与抒情性的色彩于一体，开拓出具有写意性、意象性的崭新境界。
“历代雕塑陈列”为常设展览，位于艺术馆1层23展厅。
南京博物院收藏了数量可观的历代雕塑作品。该展整理了院内收藏的古代艺术珍品，挑选并集中展示。展品的年代范围从久远的商代跨至明清时期，不仅有从河南殷墟、四川彭山汉墓、甘肃唐代遗址以及其他遗址考古出土的雕塑作品，也有世代传承的收藏；不仅有日常所用之物，也有宗教崇拜的偶像；不仅有建筑构件，也有随葬的明器；不仅有体量丰伟的陵墓石刻，也有玲珑小巧的文玩陈设。大多展品的匠师已无据可考。
吴为山雕塑馆为常设展馆，位于艺术馆1层24展厅。
吴为山生于1962年，是中国当代杰出雕塑家。2000年，南京博物院设立了"吴为山雕塑馆"，集中展示其雕塑作品。2013年，南京博物院二期工程竣工开馆之际，吴为山再次向南京博物院捐赠一批新作，充实雕塑馆内容。
吴为山致力于对中西、古今艺术经典的解读和体悟。他尝试创造出了具有中国品质的"写意雕塑"和属于自己的艺术语言与艺术风格。他常以中国历代文化名人为雕塑创作的题材，力图在雕塑中表现人物的个性神采和人性的光辉，以此展现东方文化的博大精深，从而使中国文化精神有可视可感的形象，让人们真切感受到艺术创造的力量。
吴为山雕塑馆展品众多，代表性的有意大利艺术大师莱昂纳多·达·芬奇与中原地区画家齐白石的青铜雕塑，雕塑名为“跨越时空的对话”。
“走近佛前”为常设展览，位于特展馆10展厅。
该展展示的内容为佛像。清代帝王和皇室崇信藏传佛教，在皇宫和皇家苑中都设置了佛堂，供奉着各种各样的佛龛、佛塔、佛阁、佛像、七珍八宝等佛教供器，尤以佛像为多。供奉的佛像有泥、石、木、金铜等多种材质，其中金铜佛像形制规整，比例精确，制作精工，堪称艺术珍品。清宫旧藏金铜佛造像，除元、明皇室留存和西藏自治区、蒙古等地进贡外，大多是宫廷造办处应敕令而制。据文献记载，康熙、乾隆二帝十分重视藏传佛教及佛造像，有时还亲自参与佛像工程图设计、制作过程的监督，从而确保了造像的质量与水准。造像师除内地工匠外，还有来自西藏、尼泊尔的善巧者。他们结合汉藏两地的造像技艺，因此所造佛像汇聚了各地藏传佛像精华，显示出不同地区的造型特点与艺术风格。
该展展出的佛像就是清宫铸造金铜佛像。这些金铜佛像，造型规范、结构匀称、用材讲究，表层加工光滑，镀金灿亮，充分显示出皇家气派，蕴含着丰富的历史、宗教、民族和艺术价值。代表性的展品有莲花手观音铜像、南无阿弥陀佛铜像等。
“精准与华美——南京博物院藏钟表精品展”为常设展览，位于特展馆13展厅。
该展对中国计时器的悠久使用历史做了介绍：2000多年以前的中国已经开始使用圭表、日晷和漏壶等计时器。明末清初，随着欧洲传教士的到来，由欧洲人发明的现代机械钟表被带到了中国。1601年，意大利传教士利玛窦向朱翊钧万历皇帝进献了两座自鸣钟，在当时的宫廷内引起了轰动。到了十七世纪，康熙帝倾慕欧洲的科学技术，收集了许多西洋的科学仪器和各类时钟。当时，来华的欧洲传教士都把西洋钟表当作礼物献给中国皇帝或王公大臣以求得支持，西洋钟表在当时已经成为中国人认识西方文化的一个重要媒介。受此影响，清政府设置了做钟处，广州市、苏州市等地亦纷纷模仿西洋钟或创新制造机械钟表。
钟表是南京博物院丰富藏品中特殊与珍贵的种类，即是实用品也是艺术品。展览共计有五十件中外机械钟表展出，它们具有很高的历史、科技和艺术价值。这些钟表的制作年代为十八世纪至二十世纪初，其中既有英国、法国、德国、瑞士等名家之作，也有清宫做钟处和广州的精品，还有一些中西合璧的产物。尽管各自的文化背景决定了它们以不同的造型出现，但大部分都装饰华贵、制作精美，功能复杂，代表了当时钟表制造的最高水准。代表性的展品有铜镀金镂空楼式时乐钟、铜镀金乌木楼篷时乐钟等。
“陈设清宫——南京博物院藏清代宫廷文物展”为常设展览，位于特展馆14展厅。
该展以清代宫廷文物为展出内容。清王朝虽已成为历史，但清代宫廷生活有其独特的时代特点和价值。清代的仪轨、陈设、文玩、日用等丰富多样，不仅是几千年中国的器用典章、国家制度、意识形态、科学技术以及学术、艺术等积累的结晶，更隐含着华夏传统文化的丰富内涵。清代文物器类之丰富、材质之多样、造型之优美、制作之精湛，显示出皇权至高无上的尊严、皇家华贵的气势。南京博物院收藏了较多的宫廷旧藏，大部分原置于清宫和沈阳市、热河两个行宫，九一八事件和抗日战争期间曾辗转滇、川。
该展从清宫礼制、信仰、生活、赏玩、陈设等各个层面，呈现了清代宫廷生活的画面，不仅展示清代帝王对艺术品的偏爱和审美取向，更展现中国人民的创造能力。
“盛世华彩”为常设展览，位于特展馆15展厅。
该展的展览内容为清代康熙、雍正、乾隆三朝的官窑瓷器。在清朝的这段时期，从国家祭祀到宫廷饮食和雅玩，官窑瓷的踪影随处可见。清三朝官窑瓷具有不同的风格特点——康熙官窑瓷大气，雍正官窑瓷玲珑，乾隆官窑瓷艳丽。该展的展品都是流传下来的院藏官窑瓷，充分体现了清三代官窑瓷的风格。代表性的展品有雍正斗彩瑞树纹瓜棱瓶、康熙青花万寿纹尊等。
实际上，南京博物院收藏有大量流传的官窑瓷，“盛世华彩”展出的清三朝官窑瓷器仅是其中的一部分。
除常设展览外，南京博物院民国馆、艺术馆、特展馆会举办一些临时展览。民国馆举办过的临时展览有2018年9月20日至2022年11月21日期间举办的“印象南京——民国老照片展（1912-1949）”，2023年1月23日开幕的“南京博物院建筑营造史展”，等等。艺术馆举办的临时展览众多，多为书画展，代表性的展览有2018年12月28日至2019年3月17日期间举办的“‘南张北溥’——吉林省博物院藏张大千溥心畬绘画特展”，2019年7月2日至12月8日期间举办的“气格俊迈——明末清初书法作品展”，2020年12月30日至2021年6月17日期间举办的“吞吐大荒——傅抱石二十世纪六十年代绘画展”，2022年7月26日至2022年8月31日期间举办的“苏天赐诞辰百年纪念展”，等等。特展馆举办过的临时展览有2019年3月16日至6月9日期间举办的“从巴勃罗·毕加索到安塞尔姆·基弗——路德维希的艺术课”，2020年5月18日至2020年9月4日期间举办的“融·合：从春秋到秦汉——中华文化中的多元与包容”，2022年12月31日至2023日3月31日期间举办的“大江万古流——长江下游文明特展”，等等。
“日月烟霞纳一盆——清代宫廷盆景器珍赏”为临时展览，于2021年5月18日开幕，2022年9月结束。设在特展馆三楼12号展厅。
该展展览的内容为清代宫廷盆景器。盆景艺术集园艺技巧、绘画美学及诗意于一体，在清代很受欢迎，既在民间受欢迎，也为皇室所喜。清代宫廷盆景所用的盆器，质地多为瓷，但也有陶、铜、紫砂、珐琅、玉石等材质。器物造型别致，有长方、正方、八方、葵花式、竹节式等造型，盆壁彩绘有青花也有粉彩瓷。小件的盆景器一般被放置于书斋、寝殿，大件的则置于厅堂、庭院。盆景设有几座，作用在于突出景观，提高盆景观赏效果，以为陪衬。盆景的几架主要继承了明式家具形制，装饰工艺更加华丽，常用镶嵌、雕刻、彩绘等技法。清代造办处甚至用珠宝、玉石等珍贵材料制作工艺盆景，再现花、草、树、石造型。因盆钵、几座等盆景器不受天气、时令影响，遗存较多，依托画作、书籍亦可还原其真实面貌。
南京博物院开设这一展览，旨在通过各式盆景器和文献材料，集中展示清宫盆景艺术的表现力和宫廷生活美学。展览分为四个单元，“御苑赏花红”介绍皇家苑囿机构对盆景的管养，“春色最仙家”带领观者赏析御制大成的工艺盆景，“愿君似我心”表现礼用盆景器蕴涵的美好寓意，“天地一家春”中“大雅斋”花盆明艳纤丽的色彩是慈禧审美情趣的集中体现。
该展的展品有碧玉描金委角长方盆芙蓉石梅花盆景、碧玉描金委角长方盆花果盆景、文竹刻缠枝莲壁瓶、铜胎掐丝珐琅琮式瓶玉石菊花景、“大雅斋”粉彩寿桃鹦鹉纹长方花盆、剔红方形盆柏树盆景等。
“心摹手追——南京博物院藏明清临书展”为临时展览，于2023年3月开幕，设在艺术馆25号展厅。
该展展览的内容为明清时期的临书。临书也叫做临帖，是学习和研究书法的重要途径。最早的临书，或可追溯至商朝甲骨文中的习字之刻。而后历朝历代，均有各具特色的临书活动。其中，董其昌可谓临书的一个分水岭。在他之前，临书只是学书途径而已，追求形神兼备、意法相成；但对董其昌而言，不仅是学书途径，更是自运的契机，追求取神写意、得意忘形。在董其昌、王铎等明末书家的笔下，临书由尺、手卷扩展至立轴、扇面，又具有了应酬的功能。这一展览即以董其昌为上限，从南京博物院藏古代书画中遴选出一批晚明至清末的临书佳作，分明末清初、清代中期和清代晚期三个时间段予以展示，以使观者直观地了解明清两代的临书现象，以期对当下的书法临摹与创作有所裨益。
该展的展品有节临王羲之《胡桃帖》、节临王羲之《此郡》《七十》二帖、节临米芾《提刑殿院帖》、临宋四家及倪瓒书、临颜真卿《蔡明远帖》、临秦铜权铭等。
南京博物院珍藏有文物43万件，数量众多，既有全国性的，又有江苏省地域性的；既有宫廷传世品，又有考古发掘品。藏品的年代包含了历朝历代。文物品类全面，有青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、 书画、印玺、碑刻造像等。
2007年，经专家和市民评选，南京博物院40多万件院藏文物中有18件被评为“镇院之宝”。这18件文物分别是人面兽面组合纹玉琮、透雕人鸟兽玉饰件、错金银镶嵌丝网套铜壶、金兽、错银饰青铜牛灯、银缕玉衣、东汉“广陵王玺”金印、东汉鎏金镶嵌琉璃珠兽形铜砚盒、青瓷神兽尊、竹林七贤与荣启期砖画、明鎏金喇嘛塔、明宣德青花寿山福海纹炉、釉里红岁寒三友纹梅瓶、金蝉玉叶饰件、徐渭《杂花图卷》、坤舆万国全图、金观音菩萨立像、沈寿绣品《耶稣像》。
人面兽面组合纹玉琮于1973年在江苏常州市东北15公里处的寺墩遗址出土，为新石器时代良渚文化时期文物，在南京博物院历史馆“远古印象”展厅展出。
玉琮的形状为扁方柱体筒形，外方内圆，高7.2厘米，上端宽8.5厘米，下端宽8.3厘米，呈乳白色隐现翠绿，有红斑纹，制作材料为透闪石软玉。玉琮的雕工精细，以四角为中线，上下两节各饰造型不同的面纹。上节由圆眼、阔嘴构成，为人面纹；下节由圆眼、宽鼻、阔嘴构成，为兽面纹。上下边框均刻有细密匀称的云纹、弧线、横竖短条直线。
玉琮的图案线条采用琢、刻两种制作工艺。眼圈琢纹宽0.2~0.9毫米，细线条的刻纹宽0.1~0.2毫米。这种细如发丝的雕刻工艺在今天也是非常杰出的，因此人面兽面组合纹玉琮堪称早期微雕技术的杰作。
玉琮出土的寺墩遗址共出土了100多件随葬品，绝大部分是玉器，其中璧琮有56件之多。《周礼·典瑞》记载：“驵圭璋璧琮琥之渠眉，疏璧琮以敛尸。”这一墓葬正是典型的“玉敛葬”。可以推断的是，这件玉琮的神人图案表示神人是借助动物的魔力负责沟通天地的使者，这是良渚文化人们宗教信仰的核心。据此推断，寺墩墓应是一处原始社会的氏族显贵墓地，距今约4500~4200年。墓主人的身份是巫师，为显贵一类的特权人物。
透雕人鸟兽玉饰件于1991年在江苏昆山市赵陵山遗址77号墓葬出土。这是已发现的最早的人鸟兽图案透雕精品，为良渚文化玉器的珍品，在南京博物院历史馆“远古印象”展厅展出。
透雕人鸟兽玉饰件高5.5厘米、厚0.5厘米，用透闪石软玉制成，呈白色，略带绿斑。玉饰件主体是一个蹲踞抬手的侧身人像。人的头部用凹下的圆点表示眼睛，边缘的曲线勾出嘴、鼻，在头上方阴刻五条平行弦纹的凸棱表示冠帽，冠帽上方高耸的弧状物象征一束羽翎。在戴羽冠的人脸一侧，有一头上尾下、前后肢与羽冠相接的走兽，顺着人反背的手臂攀爬，用嘴和顶端的浮雕小鸟的肚子相触。这只小鸟小头短颈，扁喙微张，硕身翘尾。在玉饰件下端的榫头有一对钻小孔，应固定在骨、木质的柄上。整个玉饰件在制作上采用了线刻、圆雕、透雕、钻孔、琢磨抛光等技法，精雕细镂。
这件玉器的用途可能与氏族首领主持祭祀行使巫术时通天致神的法器饰件有关。人、兽、鸟三主题合一，或许象征着良渚文化人观念中天、地、祖先三者合一，是良渚人天地宇宙观的直观表现。
错金银镶嵌丝网套铜壶于1982年2月10日在江苏省盱眙县穆店乡马湖村南窑庄出土，为战国时期文物。该壶又名陈璋圆壶。
该铜壶口径12.8厘米，腹径22.2厘米，底径13.8厘米，高23.6 厘米。器分身、座、镂孔装饰三部分。器身由颈、腹焊接连成，侈口、束颈、弧肩、收腹、平底；颈周饰错金银8组几何图案，腹有错金银斜方格纹样。器座为圈足状，座面镂孔，面周有四个等距椭圆形突面，大小与壶底残足痕相似。镂孔装饰分上下两组，上组罩在肩的上部，下组罩在腹的外部；每组以48条蟠螭互相结成镂孔底纹，上饰梅花躲，上组48竖行，每行3朵，下组48竖行，每行约9朵，下部已残，均交叉状排列，组间以横连结成罩形，上端的颈底相接，下与座沿相连。横箍外壁饰有错金银流云纹套环，环周有等距铺首4个，面有嵌饰，两侧饰蟠螭，衔环有错金卷云纹。铺首间有错金、银兽形四竖系。
战国错金银镶嵌丝网套铜壶制作工艺高超，造型别致，是以长龙、梅花钉构成的三层网络立体镂空网套装饰的青铜壶。这在考古中属首次发现，反映了当时青铜铸造工艺的高超水平。
齐宣王五年（公元前315年），中原地区北方燕国太子平和将军市发动兵变攻打丞相子之。子之成功地进行了反政变。燕国内乱，齐国将军陈璋攻下了燕都。陈璋的军队攻下燕都后，“毁其宗庙，迁其重器”。“重器”，其中一件便是燕国宫廷里的器具——战国错金银镶嵌丝网套铜壶，陈璋命人在该壶上刻下了他攻打燕国的记事铭文。战国错金银镶嵌丝网套铜壶口沿内壁有铭文十一个字，圈足外刻有“陈璋伐匽（燕）之获”的字样。
2013年，战国错金银镶嵌丝网套铜壶被中国国家文物局列入《第三批禁止出国（境）展览文物》。
金兽于1982年在江苏省盱眙县南窑庄出土，年代最晚可追溯至西汉，为国宝级文物，曾在南京博物院特展馆“镇院之宝”展厅“镇护天下——南京博物院藏金兽特展”展出。
金兽长17.5厘米、宽16厘米、高10.2 厘米，重9100克，含金量达99%。金兽整体外形呈蜷伏状，头枕伏于前腿之上，屈腰团身，首靠前膝，耳贴脑门两侧，头大、尾长、身短而粗壮，似虎更类豹。附耳瞪目，张口露齿，神态警觉，颈部戴三轮项圈，头顶有一环纽，通体锤饰的圆形斑纹是在兽体铸成后再捶击上去的，大小相当，呈不规则的圆形。底座空凹，内壁刻有小篆“黄六”二字，为秦汉的文字。
金兽是古代金属铸造工艺和金器捶击工艺这两种技法结合的产物，非常罕见，被称为“镇护之宝”“国之瑰宝”。对于它究竟是什么动物，没有一致的看法。有人认为是老虎、有人认为是狮子、有人认为是豹子。从其造型来看，一般认为应该更加接近豹子。
汉代错银铜牛灯于1980年在江苏扬州邗江县甘泉2号东汉墓出土，为东汉时期文物、国宝级文物，在南京博物院历史馆“郡国华章 汉家故里”展厅展出。
错银铜牛灯通高46.2厘米，身长36.4厘米，由灯座、灯盏、烟管三部分组装而成。它的三部分均可拆卸，为便于使用和擦洗的设计。灯座是一俯首站立、双角上耸、四足矮而敦实、尾卷曲向上、雄浑壮硕的黄牛，牛腹中空，背负圆形灯盘。灯盘一侧设置扁平把手，便于转动灯盘，盘上饰两片可以灵活转动的灯罩，其中的一片刻镂空菱形斜方格形纹，起到散热、挡风和调光的作用。灯罩上紧扣穹顶形罩盖，盖顶之上均匀弯曲的烟管与牛头顶上方凸出的短管紧密套接。当灯火点燃时，所产生的烟尘通过烟管导入灯座腹腔中的清水被溶解，从而确保室内空气的清新。
该颐和园铜牛灯设计精美，在制作时用了铜、银两种不同色泽的材质。铜牛灯的整体纹饰以流云纹、三角纹、螺旋纹图案为底，饰以龙、凤、虎、鹿以及各种神禽异兽等图案，线条流畅，是汉代众多青铜灯具中实用与艺术相结合的上乘之作。
错银铜牛灯的出土地扬州古称广陵，西汉设广陵国，东汉改为广陵郡，以及与错银铜牛灯同出土的还有“广陵王玺”龟钮金印、虎钮玛瑙印、以及镌刻“山阳邸”“建武二十八年造”等铭文的雁足灯等，这足以证明错银铜牛灯应属于王室器物。
银缕玉衣于1969年在江苏徐州市土山一号汉墓出土，为东汉时期文物，在南京博物院历史馆“郡国华章 汉家故里”展厅展出。
银缕玉衣全长170厘米，外观形状和人体几乎一模一样。玉衣分头罩、脸盖、前胸、后背、左右袖筒、左右手套、左右拇指、左右裤筒、左右鞋子共十四个部件。它的每一个部件都是彼此分离的个体，每个部件的周缘都有丝织物缀边，以使每个部件加固定型。玉衣的头部由头罩和脸盖组成，有眼盖、鼻塞、耳塞和口含；两眼呈橄榄形、下腭呈半月形；鼻子用15片小条梯形玉片和一片半圆形玉片组成。玉衣的左右手皆作四指握拳状，左右手拇指套长度不一，一长8.5厘米，一长8厘米。 玉衣的下腹部有罩生殖器用的小盒和肛门塞，这些合称九窍塞，目的是防止人体的精气外泄。玉衣的脚部作圆头平底高帮鞋状。整件玉衣共用玉片2600余片，编缀玉衣的银丝重约800克。
这套银楼玉衣是中国第一件经考古发掘、科学复原且品相完好的汉代银缕玉衣。在中国国内展出后，又先后去日本、罗马尼亚、南斯拉夫社会主义联邦共和国、墨西哥、荷兰、比利时以及香港特别行政区等欧亚国家和地区展出。郭沫若先生生前参观这套银缕玉衣展出时，曾提笔赋诗称赞：“越王勾践破吴剑，专赖民工字错金，银缕玉衣今又是，千秋不朽匠人心。”
东汉“广陵王玺”金印于1981年2月在江苏省邗江区甘泉山贵族墓出土，为东汉时期文物、国宝级文物，在南京博物院历史馆“郡国华章 汉家故里”展厅展出。“广陵王玺”金印纵横各2.3厘米，厚0.9厘米，通钮高2.1 厘米，重122.87克，由纯金铸成。金印的印面呈方形，上立龟钮，阴刻篆文“广陵王玺”四字，龟背上铸有六角形图案的龟背纹。
“广陵王玺”金印是已经发现的唯一一枚汉代诸侯王金印，与《后汉书·舆服志》中太子与诸王用龟钮金印的记载相符。据考证，此印属于东汉刘秀第九子刘荆。
东汉鎏金镶嵌琉璃珠兽形铜砚盒于1969年在江苏徐州市东汉土山汉墓中出土，为东汉时期文物、国宝级文物，曾在特展馆12号展厅“墨田——历代砚台珍赏”临时展览展出。
铜砚盒长25厘米，宽14.8厘米，通高10.2厘米，整体以铜铸成一神兽。盒身以神兽上下颚交接处为界，分为砚盖和砚身两部分。上部为盖，包括从头部的上颔、背、及尾部；下部为底座，包括从头部的下颔，腹及腹下四足；上下部以子母口相合。打开盒盖，里面置有一石砚和一磨砚的小圆石，出土时石砚表面尚留有墨痕，证明其为墓主人生前使用的实用砚，而非陈设品或明器。
兽头生双角，身添羽翼，张牙瞪眸，四足蹲伏。造型设计方面既运用了写实的手法，又有夸张的成分。神兽背部中心饰有一小圆钮，可系绳，便于提揭开启，而其面部咧嘴露齿、下颌前伸，被巧妙地设计成贮水的墨池，将功能性与艺术性融合。盒身表面则以鎏金银工艺满饰全身，出土时金银色泽光亮均匀，虽在地下已历近两千年而不褪色。除鎏金银工艺外，盒身还均匀镶嵌绿松石、青金石、玛瑙等各类宝石。器表纹饰交相辉映，是汉代鎏金银与镶嵌工艺的完美结合。
结合当时社会信仰来考察，这种“神兽”很可能是战国、秦汉以来，在装饰中较为流行的蟾蜍。当时人们相信蟾蜍是辟五兵、镇凶邪、助长生、主富贵的吉祥物。秦汉时期，古人对蟾蜍颇为敬畏。汉代壁画墓或画像石墓中，此种头生双角的蟾蜍形象时有发现，被看作是镇凶邪、助长生的吉祥神兽。由于汉代求仙思想盛行，人们企望成仙升天，故而给诸多祥瑞神兽添加上通天的双翅，这里的蟾蜍形砚盒亦不例外。
青瓷神兽尊于1976年在江苏宜兴市城东周处家族墓群中的一座墓葬中出土，为晋朝时期文物，文物的主人是西晋名士周处的父亲周舫。文物如今在南京博物院“六朝迭兴 隋唐华彩”展厅展出。
青瓷神兽尊器形较小，高27.9厘米，口径13.3厘米，底径16厘米。神兽形象威严，面目狰狞。它的双目突出，瞠目仰鼻，吐舌含珠。神兽胸前绒毛卷曲，前肢肘部贴于膝上，兽掌贴于腹侧，下肢曲立于腹前。神兽尊的背后有五只小半圆形扁横凸脊，从上至下排列。周身有刻画的篦纹、戳印纹等，以示鬃毛、羽翼和胡须。整件神兽尊以器腹为兽腹，以器耳为兽耳，兽的四爪、双翼、脊毛、尾饰等装饰于器的各部，浑然一体，几乎分不出是兽还是器，构思巧妙。
神兽的形象与六朝时期陵墓前的石辟邪风格极为相似，所以，这件青瓷神兽尊应属于镇墓祛邪的器物。青瓷神兽尊被发现时位于墓室后部的一角，紧靠棺床，距离墓主人很近。神兽尊出土的时候内部还盛装有骨头，这或许还与当时的祭祀仪轨有关。青瓷神兽尊底部刻有“东州”二字，据考证，这可能与烧制该器物瓷窑的名字有关。由于青瓷瓷胎含铁量较高，烧制过程中氧化以后，胎质呈棕色。神兽尊通体内外遍施青灰色釉，器表细腻光洁，均匀致密，晶莹滋润，未见脱落现象。2013年，青瓷神兽尊入选中国第三批禁止出国（境）展览文物的目录。
竹林七贤与荣启期砖画于1960年4月在江苏南京西善桥街道宫山南梁墓中出土，为南朝时期文物、国宝级文物，在南京博物院“六朝迭兴 隋唐华彩”展厅展出。该砖画分两幅，每幅描绘四人，一幅高78厘米，长242.5厘米，另一幅高78厘米，长241.5厘米。
“竹林七贤”为魏晋的七位名士，荣启期则为春秋时期的一位高士。在砖画中，嵇康头梳双髻，手弹五弦；阮籍身着长袍，一手支皮褥，一手置膝上，口作长啸状；山涛头裹巾，一手挽袖，一手执杯而饮；王戎斜身靠几，手弄玉如意；向秀头戴帻，一肩袒露，闭目沉思；刘伶双目凝视手中酒杯，另一手蘸酒品尝；阮咸垂带飘于脑后，弹一四弦乐器；荣启期则披发长须，腰系绳索，凝思弹奏五弦琴。以上八人皆席地而坐，各具神态，每个人物身旁均标明姓名，彼此之间以银杏、松树、槐树、垂柳等树木相隔，是一组既各自独立又和谐统一的大型画像砖组画。
竹林七贤与荣启期砖画原分布在墓室内部南北两壁，各由近三百枚砖块拼嵌而成，规格统一。高士的图案集中出现在墓室中，显然是墓室建造决策者意愿的反映，同时也显示出使用者较高的社会身份。相同题材的砖画还在丹阳帝王陵中出土了两件，但均残缺不全，只有发掘于南京西善桥的这件完美无缺，堪称国宝。鉴于这件文物所具有的独特价值和不可替代的唯一性，中国国家文物局明确规定这件国宝级文物禁止出国（境）展览。
明鎏金喇嘛塔于1956年在江苏南京南郊牛首山弘觉寺塔的地宫中出土，为明代文物，曾在南京博物院特展馆“镇院之宝”展厅展出。鎏金喇嘛塔塔高35厘米、座高16厘米。塔身有四个壸门，内有释迦、韦陀佛像，上有相轮、十三天、宝盖、宝珠等。须弥石座正面凹下部位放银棺、金棺，内有一躯铜铸镀金释迦涅像。石座的四角各放一个青花瓷罐。须弥石座正面刻有二力士像，右刻双狮戏球，左刻双鹿斗角，后刻云龙。鎏金喇嘛塔实际上是由鎏金塔和砂石岩塔基及四个瓷罐合成一个“金刚宝座塔”。
鎏金喇嘛塔塔座下枋刻有题记：“金陵牛首山弘觉禅寺永充供养”，背面则是“佛弟子御用监太监李福善奉施”。由铭文可知，包括鎏金喇嘛塔在内的地宫文物都是一位名叫李福善的信奉佛教的御用监太监奉施给弘觉禅寺永充供养的。
青花寿山福海纹瓷香炉制作于明朝宣德年间，为景德镇官窑所制。瓷香炉高58.5厘米，口径为38厘米，造型为青铜鼎样式，盘口，方唇，束颈，圆腹，小平底。香炉的纹样以苏麻离青料绘蓝地白花寿山福海纹，青花发色浓重。它与一般白地蓝花的青花器不同，是蓝地白花，即以青花为地，白釉表现海浪。
青花寿山福海纹瓷香炉集人文意蕴与高超的制瓷技术于一体，为明宣德官窑器中的杰出之作。因完整的宣德青花寿山福海纹炉仅存一、二件，故这件文物尤为珍贵。该香炉曾在南京博物院特展馆“镇院之宝”展厅“江山安定——明永乐青花寿山福海纹香炉”特展展出。
釉里红岁寒三友纹梅瓶于1957年在江苏江宁县东善桥响龙山明代墓葬出土，该墓的主人是明成祖朱棣的驸马都尉宋琥和安成公主。该瓶曾在南京博物院特展馆“镇院之宝”展厅“不可一日无此君——明洪武釉里红岁寒三友纹梅瓶特展”展出。
釉里红岁寒三友纹梅瓶口径为6.4厘米，足径为13.5厘米，瓶高35.8厘米，腹深35.3厘米，通高41.6厘米，最大腹径为68.4厘米。该瓶为官窑出品，瓶浅足沙底，盖成铎形，釉质细腻。因釉里红发色欠佳，故颜色较暗。瓶身装饰有七组图案，颈上为蕉叶纹；肩部有纹饰三道，为如意云、卷草和缠枝菊花；正中以岁寒三友图为主题，夹饰芭蕉、山石、花卉；其下绘波涛海水纹，胫部仰莲一周。釉里红岁寒三友之竹纹梅瓶是现存唯一一件带盖子且保存完整的明洪武年间釉里红梅瓶，于1993年被国家文物局评定为国宝级文物。
金蝉玉叶饰件于1954年在苏州五峰山博士坞明代弘治年间进士张安晚家族墓地14号墓出土，为明代文物，曾在南京博物院特展馆8号展厅“大江万古流——长江下游文明特展”、11展厅“晶 · 华——矿物之至善至美”临时展览展出。
黑蚱玉叶饰件长5.3厘米，重4.65克，外观为一只金色的蝉栖憩在玉叶上。金蝉侧身翘足，双翼略张，嘴巴微开；蝉翼左右各两，外翼长1.7厘米，宽约0.8厘米，厚仅0.2毫米，表现了蝉翼轻而薄的特点；蝉足简化为三对，一对前足翘起，一对后足微微抬起。经鉴定，金蝉含金量很高，达95％。玉叶长5.2厘米、宽约3.2厘米，用新疆和田所产羊脂白玉雕琢而成；叶片打磨细薄，呈凹弧状，厚约0.2厘米，分为八瓣；有主脉一根，两边各有支脉四根，其中正面的叶脉被琢成了弧曲的凹槽，背面的叶脉则磋成凸棱；整片叶子的边缘经过磋磨，圆润光滑。
金蝉玉叶饰件的制作技术复杂。金蝉采用了压模铸范、薄叶延展、錾刻、焊接等工艺；玉叶汲取了传统的阳线、阴线、平凸等多种琢玉工艺，抛光细腻，薄胎圆润，琢工精致。由此制成的实物构思奇巧，动静结合，具有较高的鉴赏价值。金蝉玉叶饰件的出土位置在墓主人的头部，同时出土的还有银二件、金银嵌宝玉插花四件，证明这件物品是贵族女子头上的发簪。蝉又称“黑蚱”，“知”谐音“枝”，故“金蝉玉叶”也名“金枝玉叶”。 南京博物院所珍藏的这件金蝉玉叶饰件，是15世纪下半叶明代中期的杰作，同时也是中原地区已经出土的唯一一件。
《杂花图卷》是南京博物院18件镇院之宝中唯一的一件书画作品，也是画家徐渭的一件代表作，创作于明朝万历年间。《杂花图卷》纵37厘米，横1049厘米。卷首有陈师曾题签“青藤真迹”，卷尾由作者题署“天池山人徐渭戏抹”，并有翁方纲、樊增祥等人的题跋，以及齐白石等人的鉴藏印等。该画曾在南京博物院特展馆8号厅“青藤白阳——徐渭、陈淳书画艺术特展”展出。
画卷自右向左展开，开卷是折枝牡丹、石榴，接着是荷花、梧桐，其中梧桐是画面的一大高潮，所占幅面之大是前三种花卉的总和。再往左是菊花、南瓜、扁豆、紫薇，这四种花果，起首菊花向右上伸展，结尾紫薇往左上出枝，一开一合；南瓜用重墨粗笔，扁豆则轻勾淡点，一重一轻。接着进入全画的最高潮——葡萄、芭蕉，葡萄用枯笔飞白扫出粗干藤，用浓淡相破的手法涂写叶片，以淡墨湿笔参差错落点出果实；芭蕉则以大笔横扫；葡萄与芭蕉占据了整个画幅的三分之一。蕉叶由浓而淡，进入尾声，为梅花、水培水仙、竹，这三种花卉合为一个单元，以梅花为主。
《杂花图卷》通篇13种花木，11个单元，经由序曲、高潮、间歇、最高潮、尾声五段，组成完整的画幅，匠心独运，是明代画坛重要的画作。当时画写意花卉的作者大都选择平均布列，徐渭的独到之处在于一卷之中主次分明、段落清晰、高潮迭起。
《坤舆万国全图》又名《万国全舆图》，是明朝万历年间利玛窦来到中国后进献给皇帝的礼物之一。该图于明万历三十年（1602年）在北京付印，刻本已经失传。今存最早的刻本系明万历三十六年（1608年）由宫中太监摹绘。
1608年使用木刻墨印和彩色摹绘的纸质本《坤舆万国全图》，在1922年被发现并被北京历史博物馆收藏，1933~1936 年间转藏于南京中央博物院筹备处，即今南京博物院。该图如今在南京博物院艺术馆展出。
南京博物院院藏《坤舆万国全图》纵168.7厘米，横380.2厘米。主图为椭圆形世界地图，周边附有小幅的天文图和地理图：右上角是九重天图，右下角为天地仪图，左上角有北半球图和日、月全食图，左下角有南半球图和中气图；另有量天尺图附于主图内左下方。图中的各大洋上绘有16世纪不同类型的帆船9艘，各海域中绘有鲸、鲨、海狮等野生动物15头，南极大陆上绘有大象、狮子、非洲鸵鸟、恐龙等八头陆上动物。
该图以当时的西方世界地图为蓝本，改变了当时通行的将欧洲居于地图中央的格局，而是将亚洲东部居于世界地图的中央，中国位于该图的中心。《坤舆万国全图》是见证东西方文化交流的瑰宝。
金观音菩萨立像制造于清代乾隆（1736~1795年），由纯度很高的黄金制成。立像通高88厘米，金菩萨赤足立在双层莲花座上，盘发束髻，头戴花五叶冠，面相庄严慈祥；两眉之间有白毫（即眉间的痣），象征智慧；上身袒露，肩披银质仁兽，象征仁爱；左手施无畏印，手指轻拈莲花，右手下垂作与愿印。佛身与莲座镶嵌着珍珠宝石。
金观音菩萨立像工艺精湛，代表了清代宫廷造像工艺的最高水平，如今在南京博物院特展馆“走近佛前”展出。
沈寿绣品《耶稣像》为清末民初时期作品，高54.8厘米，宽39.4厘米，在南京博物院艺术馆织绣厅中展出。《耶稣像》的作者沈寿是中国近代“绣圣”，其绣品曾多次在国内外获奖。南京博物院院藏的这幅绣品《耶稣像》是沈寿的代表作之一。她依据西洋油画《荆棘冕冠》的摄影作品，采用了110多种颜色的绣线，创造性地使用了拼色法（几色线同穿一针眼）和镶嵌法（先虚铺后逐步嵌密），使画面具有立体感，达到形神兼备的效果。1915年，沈寿绣品《耶稣像》在“巴拿马世界博览会”上荣获“卓绝大奖”。
1921年，沈寿将《耶稣像》送给了张謇，张将它珍藏在南通博物苑中。抗日战争爆发后，这幅绣品存放在上海市一家银行的保险柜中，后去向不明。1987年10月，张謇孙媳蒋蓉卿女士代表张氏家族，将这幅名绣捐献给了南京博物院。
南京博物院学术委员会下设秘书处，接受南京博物院学术委员会的领导和安排，既是南京博物院学术委员会的办事机构，也是挂靠在南京博物院的省级学术性团体的办事机构。民族民俗学的调查和征集工作是南博机构建置的另一特点，是全国博物馆中唯一设置有民族民俗学研究的机构。
南京博物院设有古代艺术保护所，该机构的主要职责有：以南京博物院书画藏品为依托，重点开展江苏省美术、书法、篆刻、雕塑的研究工作；承担博物院有关古代艺术的调查、宣传、编辑和研究任务，承担相关课题；提供南京博物院院藏艺术类文物展览策划方案；加强与科研机构、高等院校的联系，积极开展学术交流与合作。
南京博物院设有古建筑研究所，该机构的主要职责有：结合实践案例开展古建筑、古遗址、近现代建筑的相关理论研究，以及相关保护规划、方案设计以及施工管理的导则、规程和管理制度研究；参与院内大中型基本建设工程的管理；开展有关不可移动文物资源调查，收集、整理、保管有关文物建筑资料，建立、健全相关档案和数据库。
南京博物院设有陈列艺术研究所，该机构的主要职责有：协调全院陈列展览的总体规划、策划和实施；负责本馆陈列展览的策划、设计、制作及其相关工作；参与相关部门主办展览的形式设计工作以及展览制作和协调工作；承担陈列展览相关领域学术研究，推进高新技术、现代展陈理念在陈列展览工作中的应用；负责陈列、展览工作的资料、协议等档案管理。
另有江苏省非物质文化遗产保护研究所，主要职责有：制定有关民俗学和非物质文化遗产的科研规划和工作计划；负责制定博物院非遗馆的展陈规划和陈列大纲并付诸实施；负责组织实施非物质文化遗产保护和开发利用的课题研究；负责小剧场和老茶馆文化活动的策划、组织与管理。江苏省文物保护研究所，主要职责有：结合文物保存状况、病害调查与评估，做好文物保护的应用技术、保护材料、保存环境、修复技术和文物科技研究工作；开展文物保护技术效果评价和文物测试分析方法、文物修复非遺保护项目的传承与相关技术的研究；做好“近现代纸质文献脱酸保护技术”文化部重点实验室的管理和科研工作；开展国内外学术交流合作。江苏省考古研究所，主要职责有：制定江苏省全省文物考古工作发展计划；配合国家和省重点建设工程，开展各项考古调查、发掘和研究工作；负责全省文化遗产资源的普查，做好大遗址为主的文物保护等基础工作；负责全省文物考古工作的对外交流。
南京博物院开展过各种各样的学术活动。有学术讲座，例如2021年为纪念中国现代考古诞生100 周年，南京博物院和江苏省考古学会策划举办的“中国考古百年学术系列讲座”。有论坛、研讨会，例如2020年5月17日举办的“青年视角——多元与包容的博物馆”论坛，2020年12月5至6日举办的“江苏省博物馆学会馆藏文物保护专业委员会成立大会暨第一届江苏省馆藏文物保护学术研讨会”，2020年12月18日举办的“文旅融合背景下博物馆高质量发展”论坛，等等。有培训班，例如2021年4月6日至17日期间举行的国家文物局文物鉴定责任人员实习实训基地“古代铜镜鉴定培训班”，2021年10月11日至16日期间进行的“2021年粤港澳大湾区文创业务培训班”，等等。此外，南京博物院还进行了许多科研项目，如东台缪杭遗址考古发掘项目、泗阳国望高科项目地块（B区）墓葬群考古发掘项目、下邳故城遗址考古发掘项目、阳上兴刘庄村土墩墓群考古发掘项目等。
建院以来，南京博物院主持编撰了文博、考古图书百余部。其中20世纪30年代曾昭燏、李济的著述《博物馆学》奠定了中国博物馆学的基础。博物院每年公开发表的专著和论文多达150余种（篇），“南京博物院珍藏大系”、“南京博物院学人文集”、“南京博物院文物保护科技丛书”等按计划陆续出版，基本形成了考古发掘报告、文保工程报告、学术专著、文物图录（册页）、研究性杂志以及部门年鉴在内的宣传出版体系。
南京博物院发表的论文有《武宁贵胄，元勋之裔：南京两座明代徐达家族墓》《南京博物院藏吴大信札五通初考》《傅抱石款题与书法分期探析》《江苏溧阳子午墩土墩墓D1发掘简报》《古代折扇的还原修复——以“文俶”“永”扇为例》《南京博物院藏翁同龢致翁同爵家书十三通系年考》等。博物院取得的专利有：发明专利，一种纸质文献自动翻页机、纸质文物用改性粘合剂及其制备方法、一种书画固色材料及其制备方法和应用等；外观设计专利，切削刀具装裱修复工具；实用新型专利，一种适用于古代书画装裱修复的画机、绫绢刮口器、一种立轴书画文物的卷筒陈列装置等。
《东南文化》杂志是由南京博物院主办的社会科学综合性学术期刊，创刊于1985年，已被录入中文核心期刊、中国人文社会科学核心期刊、中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊等。
2009年，《东南文化》改版。新版定位于中国大陆东南及港、澳、台地区乃至日、韩等东亚诸国文化遗产的探索、研究、保护、展示与利用等，凸显文化遗产地位，彰显东南地域特色。开设的主要栏目有：东南论坛、遗产保护理论、考古探索、地域文明、博物馆新论、专题研究、域外广角等。
2017年10月13日，根据华东地区优秀期刊评审委员会下发的《关于表彰第六界华东地区优秀期刊的通报》，《东南文化》被评为“第六届华东地区优秀期刊”。
纸质文物保护国家文物局重点科研基地位于江苏省南京市玄武区清溪路1号，成立于2014年1月，依托于南京博物院。该基地下设出土文书保护室、传统书画保护室、古籍经卷保护室和传统造纸研究室等专业研究分室。
纸质文物保护国家文物局重点科研基地主要有两大科研方向，即纸质文物保护的基础性研究和应用性研究，而又以传统书画装裱修复工艺与现代科技的融合、古籍档案类的修复纸张的研究、针对近代纸质文献酸性脆化的保护工艺为主要特色。在基础性研究方面，研究内容主要集中在：开展馆藏纸质文物健康评测，逐步建立纸质文物基础资料数据库；开展纸质文物劣化影响因素及劣化机理的研究；开展文物保护材料与文物本体作用机理的研究；开展纸质文物霉斑无损鉴定方法的研究；墨水、油墨、颜料、黏合剂等材料对纸张耐久性的影响等。应用技术的研究以解决纸质文物保护中存在的实际问题为目的，主要研究内容包括：传统书画装裱修复技术的再研究；污染纸质文物清洗技术的研究；脆弱纸质文物加固材料与技术的研究；纸质文物虫霉防治技术的研究；脱酸技术的研究；预防性保护研究；纸质文物修复关键技术研究。
科研基地现有实际科研用房总面积达5000平方米，其中纸质文物保护专项实验室占地1220平方米，纸质文物保护修复专项工作室占地700平方米，独立的实验仪器运行室占地180平方米。
多年来，科研基地共承担了10余项国家级、省部级科研项目，协助福建博物院、扬州博物馆、广西民族博物馆等单位完成了一批纸质文物保护修复项目的实施和纸质文物修复方案的设计，举办了“新疆馆藏纸质文物保护修复培训初级班”“新疆馆藏纸质文物保护修复培训提高班”“南昌八一起义纪念馆近现代纸质文物脱酸保护培训”等培训班。
“清溪学堂”为南京博物院常设的展览教育活动。清溪学堂形式多样，有的为常设展览配套活动，如“亲子活动——探秘恐龙世界”“遇见——国家宝藏报恩塔拱门”“遇见——历代雕塑陈列专题导览”“寻迹溯源——找寻埋在地下的珍宝”“清代宫廷的生活美学——文房用具知多少”等。有的为南博讲坛系列活动，如“南博讲坛 | 城头山与中华文明”“南博讲坛 | 凌家滩遗址与中华文明”“南博讲坛|良渚文化与中华文明”等。有的为乐龄课堂系列活动，如“次第花开系列课——花辰月夕（重阳节特别活动）”“博戏遣性，登高怡情”“‘母亲节’特别活动——绵绵瓜 福禄吉祥”等。还有的为专题讲座，如“中国大运河文化讲堂|龚良：美好生活 应‘运’而生”。
南博研学为南京博物院推出的教育活动之一，活动的形式主要有夏令营和各式课程。
南博研学活动推出的系列课程有：“博物·自然”系列课程、博物奇探系列课程、人文美育课程、文化崇德系列课程、《文物的品格》系列课程，等等。以《文物的品格》系列课程为例。南京博物院衔接了小学《道德与法治》课程，融合语文、美术和科学等学科，通过《文物的品格》系列课程，带领少年儿童了解文物背后的历史故事和时代风华，从词源学、考古学、传统工艺体验和品格激励等多方面学习知识，活动目标是“从文物的品格中树立自身的品格，在华夏五千年文明史的陪伴下茁壮成长，并在成长中热爱祖国，更好的传习中华文化”。南京博物院已经推出的《文物的品格》系列课程有“长江之滨——江豚陶壶”“宜室宜家——猪形陶罐”“如果盖章有等级——陶土”“何以江苏省——鱼米之乡”等。
2023年南京博物院推出的夏令营活动有“古代天文历史探索营”“‘舌尖上的江苏’系列夏令营——汉代饮食”“自然之美”“博物奇探之寻蘇历险记”“考古夏令营——探索长江下游文明”“从南京到南通——在博物馆遇见一座城”。
南京博物院除设有“江苏省非物质文化遗产展”外，还经常开设非遗活动。博物院设有小剧场，进行非遗演出，如江苏省演艺集团扬剧团演出的扬剧《恩仇记》，江苏省演艺集团昆剧院在第七届“梅花戏剧季”昆剧艺术周演出的牡丹亭，浙江绍剧艺术研究院第七届“梅花戏剧季”绍剧艺术周展演的绍剧《孙悟空三打白骨精》，等等。
除非遗演出外，南京博物院举办的非遗活动还有：“衍·习”非遗系列活动、《家·国》非遗手工技艺活动、博采众艺——中国结班，等等。以《家·国》非遗手工技艺活动为例，南京博物院举办过常州梳篦、徐州香包、南京泥人、南通市面塑等非遗制作技艺展示。
南京博物院文渊广场、非遗馆、历史馆、民国馆、艺术馆、临展柜台都有文创商店，另外特展馆也有文创商店且商品随展览主题不断更新。商店销售的文创产品主要来源于与博物院藏品和各种展览的主题相关的各类衍生品、与相关品牌或主题产品联名开发的各类特色产品、文物藏品的复制品及仿制品，有文具类、服饰类、经典典藏类、书画图书类、家庭生活类、电子产品类等类别。
南京博物院曾推出以《国家宝藏》节目播出的三件文物为原型设计的系列文创产品，这三件文物分别是竹林七贤与荣启期砖画、《坤舆万国全图》、大报恩寺琉璃拱门。依据竹林七贤与荣启期砖画设计的文创产品有笔记本、明信片、便签、信封、纪念币、冰箱贴等；依据《坤舆万国全图》设计的有《坤舆万国全图》简装地图、笔记本、文件夹、明信片、拼图、胸针、钥匙圈等；依据大报恩寺琉璃拱门设计的有文具系列、明信片、钥匙圈、冰箱贴等。
2001年，南京博物院被中共中央宣传部定为“全国爱国主义教育示范基地”。
2008年5月18日，南京博物院入选中原地区首批“国家一级博物馆”。
2010年，南京博物院入选首批中央地方共建重点博物馆名单。
2010年11月20日，在第22届国际博物馆协会暨第25届全体会议上，南京博物院选送的三维动画片《运——真州水闸》获得了优秀作品奖。
2012年，南京市政府部门及金陵晚报社共同发起“新金陵四十八景”的评选活动，南京博物院入选。
2014年，南京博物院被列为中国国家AAAA级旅游景区。
2016年5月18日，南京博物院荣获“中国博物馆文化创意产品示范单位”奖。
2018年8月29日，南京博物院入选“南京十大文化地标”。
2018年，南京博物院入选“2018年全国中小学生研学实践教育基地”。
2021年10月20日，由南京博物院联合青海省博物馆承担的《青海省博物馆馆藏纸质文物保护修复项目》入选2021年中国十佳文物藏品修复项目。
2022年10月，南京博物院入选全球最受欢迎博物馆。
2023年1月，南京博物院入选2022年度全国热搜博物馆百强榜单，且名列十强。
2023年3月25日，由中华文物交流协会、中国文物报社等联合主办的第八届全国十佳文博技术产品及服务推介活动终评结果揭晓。南京博物院申报的“南京博物院数据可视化平台”项目入选“十佳”项目，由南京博物院总体策划建设完成的“中国大运河博物馆沉浸式数字体验”项目获评优秀项目。
2023年5月18日，南京博物院在中国博物馆协会、中国文物报社主办的第二十届全国博物馆十大陈列展览精品推介活动中申报的“众里寻她——南京博物院藏中国古代女性文物展” 获国际和港澳台合作入围奖。
2023年11月8日，虢国博物馆馆藏龙纹白玉璧、龙凤纹玉戈、五璜联珠组玉佩等19件套精品玉器受邀参加南京博物院90年院庆系列活动之一的重磅大展，“玉润中华——中国玉器的万年史诗图卷”特展。“玉润中华”特展已于2024年2月18日结束。2024年4月26日，新京报记者接到爆料称，一件来自河南省三门峡市国博物馆的馆藏“西周玉鹿”，疑在出借给南京博物院展览的过程中损坏。4月29日，河南省文物局称，玉鹿已确认在出借过程中损坏。此事已上报至国家文物局。