更新时间：2023-06-07 23:55
清朝（1636年-1912年2月12日），由满族爱新觉罗氏创建的少数民族政权，也是中国历史上最后一个封建帝制王朝。清代从皇太极改国号为清起，历太宗、世祖、圣祖、世宗、高宗、仁宗、宣宗、文宗、穆宗、德宗及宣统十一帝，立国共276年。
明万历四十四年（1616年），女真首领努尔哈赤称汗，国号金，史称后金。崇德元年（1636年），皇太极（太宗）于沈阳市称帝，并改国号为清。顺治元年（1644年），清军入关，迁都北京，逐步确立对全国的统治。康熙即位之后社会环境趋于稳定，着力发展社会生产并与民休息，直到其孙爱新觉罗·弘历在位期间，国家统一且经济发展，被后世称为“康雍乾盛世”。乾隆皇帝在位末年，政治日渐腐败，阶级矛盾尖锐，不断爆发人民起义。道光二十年（1840年）以后，外国资本主义入侵，逐渐变成半封建半殖民地社会。宣统三年（1911年）九月，辛亥革命爆发，次年2月12日隆裕皇太后宣布爱新觉罗·溥仪爱新觉罗·溥仪退位，两千多年来的封建君主专制制度至此结束。
清朝疆域西至巴尔喀什湖、楚河、塔拉斯河流域、帕米尔高原，北至戈尔诺阿尔泰、萨彦岭，东北到外兴安岭、鄂霍次克海，东到海，包括台湾及其附属岛屿，南到南海诸岛，西南到云南省、西藏自治区，包括拉达克，是当时亚洲东部最强大的封建国家，经济文化有较大发展。为了繁衍人口，清朝采取了减免赋税、召集流民复业和垦荒等措施，截至爱新觉罗·旻宁十五年（1835年），清朝人口突破了4亿。清朝的专制主义中央集权达到顶峰，晚期受到西方列强侵略。清朝前期农业与工商业发达，晚期近代工业发展曲折。
努尔哈赤建立“后金”国号，主要是由于自己效仿女真族的先祖完颜阿骨打，也正可视作女真金国的复兴，同时“金”又是女真族文化传统与政治认同的象征，足以团结与安抚被征服的女真各部，向大明宣示努尔哈赤振兴祖业、独立建国的追求。而其子皇太极改国号为“大清”，其来源主要有四：第一，从五行相生相克的角度来说“明”属火，明朝国姓“朱”代表红色即火色，而“清”“满洲”三字都带水，水能克火寓有清灭明的吉祥之兆；第二，从方位上来说青为五色之一，五色配五方，东方代表青色，而且又“东”为四方之首，同时按照《说文解字》的解释“清，青也”，代表天造东方的大清要扫除廓清南方的大明的；第三，从政治方面来说“清”可以表示王者的风范、王政的理想，如“清时”即太平盛世，“清晏”即清静安宁，“永清四海”即天下永远安宁，而且二十四节气之一的“清明”，也是“清”在“明”前、“清”居“明”上，代表“大清”在“大明”之上；最后从汉字的基本释义上来看“天”与“清”之间也有关联，比如清汉代表天河、清穹代表天，满族又视“天”为至高的存在，而“明”字分开虽为日、月但被“天”包含，寓意“大清”气势复在“大明”之上。
万历十一年（1583年）的5月，努尔哈赤开始联合对尼堪外兰不满的各部并且起兵。10年后，他逐步地征服了位于长白山区域的三个部族：讷殷部、朱舍里部和鸭绿江部，从而实现了建州女真的统一。到了万历三十八年（1610年），努尔哈赤进攻并取得了渥集部的雅揽路，一次性获得了万余的人和畜生，并将这些被征服的人编入牛录，使他们成为了他的属民。特别是在灭掉乌拉部之后，降民的数量大幅度增加，努尔哈赤因此开始扩充和增加旗帜。5年后，他又在四固山设立了四个旗帜，每个旗帜都是以原先的四个旗帜的颜色为边缘，从而形成了正黄、镶黄、正白、镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝八旗。在万历四十四年（1616年），也就是建立八旗的第二年，努尔哈赤在赫图阿拉故城（今新宾满族自治县）建立了后金，八旗的大臣为他呈上了尊号，成为了“天任命的抚育诸国的英明汗”，并将元年定为天命元年。
早在万历二十七年（1599年），努尔哈赤出于行政需要，曾经指示官员额尔德尼和噶盖采用蒙古文的字形和女真语的语音来创造单词，形成了形似蒙古文的满文，并在八旗和其所辖的地区进行推广，使满族有了自己的文字。在天命三年（万历四十六年，1618年），努尔哈赤以“七大恨”为词，公开表示他对明朝的怨恨，并用这作为他攻打明朝的理由。
在成功地完成誓师之后，努尔哈赤领导了他的大军，攻占了由明将李水芳防守的抚顺城，随后也占领了东州和马根丹两镇，清剿了台堡和庄屯的五百余处，全歼了由总兵官张承带领的一万军队，缴获了大量的马匹和武器，捕获了超过30万的人口和牲畜。这一消息传至北京后，引发了明朝上下的震惊。为了安定辽东，明朝决定派出重兵。到了万历四十七年（后金天命四年，1619年）的二月，由兵部侍郎杨镐出任辽东经略，十万大军分为四路，分别从北、西、南、东南方向向赫图阿拉故城进发。然而，后金在萨尔浒附近陆续消灭了其中的三路军队，只剩下南路还在，南路最后不战而退，这次大战被称为萨尔浒之战。数月后，努尔哈赤乘胜消灭了明朝所支持的扈伦四部中最强大的叶赫一部，此时，扈伦四部全部被建州所吞并。海西女真的统一，使努尔哈赤能够全力向西进军。
在萨尔浒大战之后的三个月，后金成功攻陷了开原市和铁岭市两城。此时，明朝政局发生了重大变动，万历皇帝去世，新上位的光宗只在位一月便突然去世。幼年的朱由校登上皇位，朝廷动荡不安、争斗不休，熊廷弼被罢免并被袁应泰所取代。努尔哈赤抓住了这个机会，在天命六年（1621年）的3月12至21日，他连续攻下了沈阳和辽阳市。在此后的几天内，后金军队又陆续攻占辽河以东的七十多个城。4月份，后金将首都迁至辽阳。天命七年（1622年），努尔哈赤又率军渡过辽河，攻占了辽西地区的重镇广宁县、义县、锦州市、大凌河、松山、杏山等四十余个城堡。3年后后金将首都迁往沈阳市。次年的8月11日，努尔哈赤因病去世。皇太极八年（1634年），沈阳被新命名为盛京。
努尔哈赤死后，皇太极继位，改元为天聪，并将次年定为天聪元年。皇太极继位后，后金内部隐患众多，他先是停止严苛的赋税，废除了对潜逃的汉族官民的处罚，还令满分分屯居住以期减少矛盾。然后借袁崇焕吊唁努尔哈赤的契机与明朝修好。然后于天聪元年（1627年）出兵朝鲜，获胜后与朝鲜签订江都之约、平壤之约，约定两国互不侵犯，解除朝鲜军备，并切断了明朝与朝鲜的联系。
从朝鲜得胜回来之后，皇太极立即指责袁崇焕提出的和平条件过于苛刻。所以同年5月初，后金便派兵围攻锦州市，后金与明朝两军在锦州相持不下，最后皇太极无奈撤兵，明朝胜利。为了避免明、蒙联手遏制后金以及为剪除入关之后的后顾之忧，皇太极决定北击蒙古诸部。天聪二年（1628年）、天聪六年（1632年），皇太极两次出兵击败蒙古实力最为强悍的察哈尔省部，扫除了后金北部之忧。
天聪三年（1629年），皇太极取道塞北，一路向西，然后越过长城，直逼明朝京师。但由于袁崇焕援救及时，皇太极被迫撤兵。为了除掉袁崇焕，皇太极使用离间计，让崇祯错斩袁崇焕。后金迅速大凌河城，该城是明朝防御后金的一个重要据点，该城的沦陷，让明朝与后金在对抗中落入下风。
除了对外作战，皇太极对后金内政也进行了诸多改革。后金建国之初实行八和硕贝勒共治国政的制度。国家的大政由八旗的旗主和管主共同商议决定。其中，四大贝勒的权势最为显赫，这四人分别是皇太极、爱新觉罗·代善、爱新觉罗·莽古尔泰和爱新觉罗·阿敏，他们按月份分配权力，轮流掌管政事，朝会时四人并列而坐。然而，在皇太极三年（1629年）的正月，皇太极在召集了众多小贝勒和八旗大臣商议后，以诸多事务“烦扰各位兄弟管理，多有不便”的名义，发布谕令，取消了其他三大贝勒按月分直的规定，从而废除了轮流理政的制度。
在天聪四年，阿敏弃守永平城逃回，皇太极以此为实，对其提出了16条重罪并将其幽禁，将其弟爱新觉罗·济尔哈朗任命为镶蓝旗的旗主。到了天聪五年（1631年）的八月，在大凌河之战中，莽古尔泰与皇太极产生了矛盾，因为挥刀相威，他被定了大罪，贝勒的头衔被撤去，降为普通的贝勒。代善主动退让。从天聪六年（1632年）元旦起，皇太极彻底掌握后金大权。
在天聪三年（1629年）的9月和天聪八年的3月，后金进行了两次科举考试，其目的是从汉族中选拔出文士，这两次考试共选拔了超过四百人，按照等级录用，旨在加强各机构的统治能力。在天聪五年（1631年）的7月，后金仿照中原王朝的行政模式，设立了吏、户、礼、兵、刑、工六部，每部由一位贝勒负责总理政务，下设承政（相当于尚书）和参政（相当于侍郎），这些职位由满族、蒙族和汉族的官员充任。六部负责处理各自旗下的事务，并直接向皇太极负责。
在天聪十年（1636年）的4月，皇太极在后金的各贝勒、八旗满蒙汉的文武大臣以及外落蒙古的十六部诸贝勒的支持下，在沈阳称帝，他自尊为“宽温仁圣皇帝”，并定国号为大清，改元崇德（同年五月开始使用崇德年号）。崇德元年（1636年），清政权在蒙古各部进行了户籍清查，将蒙古各部的行政事务纳入清政权的统治体系之下。在此之前，清政权在中央设立了蒙古衙门，到了崇德三年，该衙门更名为理藩院，专门管理外藩蒙古的事务。此外，清政权还设立了都察院。
在崇德元年（即明崇祯九年，1636年）、崇德三年和崇德七年，清军三次绕过山海关，通过北部长城进入直隶，并对其附近的鲁、豫进行了大规模的扫荡。在崇德三年（即明崇祯十一年，1638年）和崇德四年，皇太极两次亲率军队攻击位于宁远和山海关之间的中后所和锦州城南的松山，但均未能攻克。于是，他在锦州北部驻军屯田，意图通过围困消耗锦州。明廷得知此消息后，极度惊慌，并急派辽总督洪承畴率领重兵增援。皇太极随后率领大军深入明军聚集的松山、杏山地区，从而爆发了明清之间最大且最后的战役——松锦之战。此战从崇德五年三月持续到崇德七年二月，历时两年，最终以清军的胜利告终，清军占领了锦州，明军的主帅洪承畴及大量士兵被俘或投降。崇德八年（1643年）的八月，皇太极因患痰厥病突然发作，不幸驾崩。
皇太极在世时并未留下遗嘱，因此关于由八旗共选一位君主的传统制度并未被废除，皇族旗主之间因此陷入了一场剧烈的内斗。当时，呼声较高的继位者有两人，一位是镶白旗主和硕睿亲王爱新觉罗·多尔衮，另一位则是皇太极的长子，正蓝旗主爱新觉罗·豪格豪格。皇太极旧属的两黄旗大臣及豪格的属下主张皇位传给皇太极的儿子，而两白旗和部分两红旗贵族则支持多尔衮。最终，多尔衮提出了一种折衷的解决方案，即由皇太极的第九子、仅有6岁的顺治帝继承皇位，由他和镶蓝旗主爱新觉罗·济尔哈朗济尔哈朗共同辅政。崇德八年（1643年）八月二十六日，福临在沈阳皇宫的笃恭殿登基，定下一年的年号为顺治。
顺治元年（1644年）的四月初，爱新觉罗·多尔衮正准备领兵去攻打明朝时，突然收到消息说，李自成的农民军已经攻破北京，崇祯帝自缢身亡，明朝覆灭。面对突如其来的形势变化，清朝立即动员全部主力军队，迅速向关内行进。宁远守将吴三桂投降了李自成。然而，他得知父亲吴赛被大顺军俘虏，并遭受虐待，便转身投降清军。他开启山海关区，迎接清军进入。李自成与清军在山海关一带大战，最后败逃，清军趁机占领北京。
顺治元年（1644年）的5月初二日，摄政王多尔衮率军队进入北京。第二天，他宣布"本朝定鼎燕京，天下罹难军民，皆吾赤子"。原明朝的各级衙门的官员仍继续按日进行公务，并且发送公文，招抚各地的归顺者，所有归顺的地方官员都会晋升一级。9月19日，顺治帝与皇室成员以及官员和军队等从沈阳市迁移到北京。10月1日，顺治帝在北京举行了登基仪式，宣布自己即位为皇帝，依然使用大清作为国号，年号为顺治。
顺治元年（1644年）的10月19日，爱新觉罗·多尔衮派遣爱新觉罗·阿济格爱新觉罗·阿济格以清远大将军的身份向西征讨大顺军，吴三桂与尚可喜率军协助。6天后，豫亲王爱新觉罗·多铎被任命为定国大将军，率领清军前去征服位于南京的南明福王政权。阿济格率领的清军先是攻占了太原市和平阳等城市，然后占领了山西省，并打算沿着陕北地区南下到西安市。南下的多铎率领的清军也奉命从河南省西进，优先攻击陕西省的东大门 — 潼关县，以实现对大顺军的包围。
李自成看到陕西难以防守，潼关失守后，便放弃了西安，改由陕南入湖北，并于次年5月被乡兵杀死。多铎的军队在占领西安后，便接到命令向东征讨，在占领了苏北重镇徐州市后，他们立即南下，直通南京。但在扬州市，清军遭到南明兵部尚书史可法的抵抗。由于南明弘光政权内部斗争激烈，扬州陷于孤立无援，最终在清军的重炮攻击下被攻破。史可法被俘后被杀。清军在扬州进行了十日的屠杀，史称扬州十日屠，然后进攻南京，南明政权一触而溃。清朝将南京更名为江宁区，辖区定为江南省。
击垮南明政权后，清军在江南地区下达剃发令和易衣冠令。此举遭到了江南地区百姓的强烈反抗。其中，江苏省的江阴和嘉定区两县城的人民反抗尤为激烈，最终这两座城百姓的抗争以被清军屠戮殆尽而结束，江南其他地方反抗也陆续被镇压。鲁王朱以海、朱聿鐭朱聿键在顺治二年(1645年)分别于绍兴市、福建福州建立明政权，对抗清军，但均被清军击败。同年，豪格与吴三桂联军进攻四川省，大西农民政权被剿灭，首领张献忠被箭杀。余部在李定国、孙可望等人的带领下进入云贵高原地区，继续抗清。
朱由榔，明朝崇祯皇帝的堂弟，被广西巡抚瞿式耜拥立为皇帝，在肇庆市登基，年号永历。在顺治四年（1647年），清廷派遣孔、耿、尚三王所领的军队，由湖广进攻永历政权。清军将领何腾蛟和郝永忠很快占领了全州县。此外，原先投降清朝的明朝将领金声桓和李成栋在江西省和广东省发动了反清起义归附永历政权，另外，大顺军余部也归顺永历政权。永历政权控制了广东、广西壮族自治区、四川省、湖南省等七个省份的地区。
顺治六年（1649年）2月起，湘潭、桂林先后被清军攻破，永历帝被迫向西逃。大西政权余部孙可望迎接永历帝，并在费州（今贵州思南县附近）重建了一个小朝廷。顺治九年（1652年），大西军分为两路，一路向东，一路向北。永历小朝廷的将军李定国率领的东征军攻占了全州、严关等地，清军大败。之后，大西军乘胜进攻桂林市，收复广西。接着，李定国又北攻湖南，连下数城，并在阵斩了清军将领敬谨亲王尼堪。为了控制了永历小朝廷，孙可望并多次阻挠李定国，导致李定国多次战败，兵力损失严重。
顺治帝十三年（1657年），李定国应永历帝的请求将永历帝迎往昆明市。次年，孙可望调兵十几万进攻昆明，但遭失败，随后降清。清廷趁机从湖南省、四川省、广西壮族自治区三路进攻昆明。顺治十六年初，清军攻下昆明，永历帝逃往缅甸。清朝将领吴三桂率军追至缅甸，康熙帝元年（1662年）将其俘回，在昆明绞死，南明最后一个政权彻底灭亡。
顺治十八年（1661年），清世祖（顺治帝福临）驾崩，其仅8岁的第三子玄烨继位，由大臣赫舍里·索尼、纳喇·苏克萨哈、钮祜禄·遏必隆、鳌拜辅政。四大臣对爱新觉罗·多尔衮执政时期和顺治亲政后加速汉化等做法表示不满，他们在孝庄文皇后的主持下，以顺治遗诏自责的形式罗列顺治时期的十四条问题，取消借鉴汉族统治阶级的政策，恢复原来满族的部分统治方式。而四大臣中唯有鳌拜居功傲横而最为跋扈，他培植私党并排陷异己。康熙帝六年（1667年）七月，玄烨亲政之后鳌拜仍然独揽大权，苏克萨哈不甘受鳌拜压抑而辞去辅政大臣之职，鳌拜为防止其他辅政大臣仿效而奏请以“欺君罔上”之罪判处苏克萨哈父子凌迟处死，康熙皇帝在鳌拜的胁迫之下批准。康熙帝逐渐意识到鳌拜擅权对皇权稳固的威胁，他一边给辅政大臣加官晋爵以稳住局势；一边在群臣中树立威信并屡诏臣工直陈政事。康熙七年（1668年），康熙帝召集几十名羽林军士卒（布库）入宫，在鳌拜入宫之际将其擒获诛杀，之后列鳌拜三十大罪状并将其籍没拘禁，将之前受鳌拜打击而遭降革的官员查明昭雪或官复原品。在清除鳌拜集团之后，康熙帝开始着手调整政策，严禁买良民为奴、禁止圈占民间房地、恢复内阁和翰林院等措施使得清代政治开始走上稳定发展的轨道。康熙十六年（1677年）十月，清圣祖于宫内设置南书房，拣择词臣才品兼优者充之，除陪伴皇帝赋诗填词、写字作画外，主要是秉承皇帝旨意，起草诏令，发布谕旨和处理机密奏章。
康熙亲政数年之后朝廷内政趋于稳定，而顺治初年平定两广云南省地区的三藩势力（尚可喜尚可喜、靖南王耿仲明、吴三桂吴三桂）已威胁到国家安全统一，于是康熙帝决定采取措施加强中央集权。三藩当中以吴三桂势力最大且受清廷待遇最厚，吴三桂在云南割据一方，随意任免官员、垄断盐井和金铜矿山之利、私自招兵买马训练士卒并在境内荼毒百姓，而尚可喜长子尚之信于康熙十年（1671年）代父典兵，治理期间多有不法行为；同年耿精忠袭爵靖南王后横征暴敛甚至意图谋反。康熙十二年（1673年）三月，平南王尚可喜因与长子尚之信不睦，奏请返回辽东海城养老，清廷趁机批准削除尚可喜的藩爵，之后吴三桂和耿精忠相继提出撤藩请求以试探康熙帝的态度，康熙帝为维护国家统一而决定撤藩。
康熙十二年（1673年）十一月，吴三桂接到清廷的诏书后起兵造反，诛杀云南巡抚朱国治以及清廷派遣的撤藩使臣，自称周王、天下都招讨兵马大元帅。康熙帝获悉后下诏削吴三桂官爵，命顺承郡王爱新觉罗·勒尔锦为宁南靖寇大将军阻止吴三桂北上，命都统巴尔布等人阻止吴军进驻湖广和西北，但云南省、广西壮族自治区、四川省、贵州省、湖南省等地在数月之间被吴三桂和耿精忠攻陷。康熙帝之后处死吴三桂之子吴应熊等人，后陕西省提督王辅臣起兵反清而被吴三桂封为平远大将军、陕西东路总管，陇右地区相继被吴军攻陷。康熙帝十五年（1676年）六月，抚远大将军图海在平凉市城北击败王辅臣后使其降清，次年占据江西省、广西、广东省和福建省的耿精忠、尚之信相继降清。康熙十七年（1678年）八月十七日，吴三桂暴病而亡，清军赵良栋、王进宝等集中兵力收复湖南、四川等地。康熙二十年（1681年）二月，清军攻克云南昆明，守城的吴三桂之孙吴世璠服毒自尽，三藩之乱被彻底平定。
康熙元年（1662年）五月初八，郑成功在台湾病死，驻守厦门市的郑经获悉后率军攻入台湾并嗣位延平王。康熙帝十九年（1680年），郑经趁清廷忙于平定三藩之乱而出兵福建，但由于耿精忠降清而致使金门县和厦门失守，福建总督姚启圣击败郑经并招抚郑氏重将朱天贵，迫使郑军败退台湾。康熙二十二年（1683年）六月十四日，清军水师提督施琅统领二万水师和三百艘战船击败驻守澎湖的郑氏将领刘国轩，郑氏军队的精锐悉数被歼，刘国轩败逃台湾后其部下有四千八百五十余人投降清军。同年八月，清军进驻台湾，郑克塽、刘国轩、冯锡范及以下全岛军民剃发归降。之后清廷经过商议决定设台湾为府，下辖台湾、凤山、诸罗三县，澎湖设巡检，设台厦兵备道，兼理提督、学政、按察使司事分统水陆。康熙帝二十三年（1684年）春，文武各官陆续就任，制定相关的户籍、赋税制度，修建学校以发展教育，台湾遂正式隶属于清朝中央政权的行政管辖之下。
顺治年间，俄罗斯帝国向西伯利亚地区扩张并进军黑龙江省流域，在黑龙江流域建立尼布楚城（今俄罗斯联邦的涅尔琴斯克）和雅克萨城（今俄罗斯联邦的阿尔巴津）。康熙帝即位之后，沙俄军队鼓动黑龙江流域的约干索伦部酋长叛乱，清军与之交涉几次未果后，康熙帝于康熙二十四年（1685年）四月派遣栋鄂·朋春率领清军3000人围攻雅克萨城，雅克萨督军托尔布津率军投降并表示不再入侵雅克萨，清军将40多名不愿回国的俘虏编为康熙俄裔近卫军。同年七八月间，托尔布津毁约率军分批重返雅克萨并全力构筑城堡工事。康熙二十五年（1686年）夏，康熙帝派遣黑龙江将军萨布素率军重新攻打雅克萨，在遭遇俄罗斯联邦武装力量火炮攻击之后而选择挖掘堑壕和修筑堡垒，在雅克萨城被围困10个月后俄军接近弹尽粮绝，俄罗斯帝国公主索菲亚派遣特使与清军在尼布楚议和，而康熙帝则命令萨布素撤兵。康熙二十八年（1689年），中俄双方达成和议并签定中俄《尼布楚条约》，俄军撤出雅克萨并毁掉雅克萨城，划定中俄边界，整个外东北归中原地区所有。
康熙十年（1671年），准噶尔汗国部首领绰罗斯·巴图尔珲台吉第六子噶尔丹通过政变上位，之后从次年开始他一边通过向清政府“遣使进贡”以表忠心，另一边又劫掠邻部以扩充实力。康熙帝十七年（1678年），噶尔丹征服南疆的回部，并于次年被达赖喇嘛授予“博硕克图汗”之号，之后噶尔丹意图借助俄罗斯力量牵制清政府以扩张势力。康熙二十七年（1688年），噶尔丹在西藏自治区上层僧俗的支持下率军三万越过杭爱山进攻喀尔喀，康熙帝特遣专使来为双方调停并要求噶尔丹返回旧地，但噶尔丹假意遵命而在清使返回之后进攻土谢图汗，喀尔喀军经过三天的鏖战全线溃败。康熙二十八年（1689年），清廷派尚书阿拉尼命噶尔丹退还喀尔喀全部被侵之地，但阿拉尼在次年被噶尔丹联合俄罗斯联邦武装力量击败。
康熙二十九年（1690年）六月，康熙帝下诏亲征噶尔丹，命抗远大将军爱新觉罗·福全福全为左翼出古北口、安北大将军常宁为右翼出喜峰口，之后清军在乌兰布通草原击败噶尔丹。次年康熙帝召集内外蒙古诸部在多伦县举行会盟，期间清廷加强了对蒙古国的管理并使俄罗斯帝国侵略势力彻底孤立。康熙三十四年（1695年），康熙帝收到噶尔丹意图叛乱的密报，诱使其侵至巴颜乌兰山（今蒙古人民共和国境内克鲁伦河上游），次年康熙再次下诏亲征噶尔丹，并调集十万大军分为东、西、中三路（黑龙江将军萨布素、抚远大将军费扬古、振武将军孙恩克），康熙帝亲自绘制阵图并指挥作战，噶尔丹闻讯后逃至昭莫多（今乌兰巴托东南四十公里处），并在此处被清军全歼精锐部队。康熙三十六年（1697年）二月，康熙西渡黄河来到宁夏回族自治区并亲自部署军事，命马克思哈、费扬古、萨布素进兵，同年闰三月噶尔丹在众叛亲离之下死于阿察阿穆塔台地方。
康熙四十四年（1705年），拉藏鲁贝入藏并消除了桑结的势力，拘留了桑结所立的六世达赖喇嘛，并在路途中死亡，然后另立了一个新的六世达赖。此时，策妄阿拉布坦注意到西藏自治区和青海省的不稳定局势，并决定进攻西藏。康熙帝五十五年（1716年）十月，策妄阿拉布坦派策零敦多布率领六千士兵从伊犁哈萨克自治州西南方向出发，穿越戈壁和雪山，于次年七月抵达西藏北部。拉藏汗前往达穆河进行抵抗，但因兵力不足而撤退。策零敦多布攻占拉萨市杀死拉藏汗，掠夺财物并控制西藏政务。清朝曾派军队支援拉藏鲁贝，但在喀喇乌苏河受阻并最终失败。此失败使清廷感到震惊，并派遣允和为抚远大将军，驻扎在西宁市，负责指挥西北、中路、西南三路大军。康熙五十九年（1720年）二月，清廷封胡必尔罕为六世达赖喇嘛，并派都统爱新觉罗·延信为平逆将军，护送达赖进藏。四月，清军分为两路，中路由延信护送达赖入藏；西南路则由噶尔弼率领，经过理塘县、巴塘县。清军进入西藏自治区，并于八月二十三日攻入拉萨市。九月八日，六世达赖入藏。次年清军返回，留下部队驻守拉萨，并任命原拉藏鲁贝的臣子担任职务。康熙帝撰写碑文，记录此次事件，并在大昭寺建立碑文以示纪念。
清康熙六十一年（1722年）十一月十三日，康熙帝于临终之时下诏立皇四子雍正帝即位（雍正帝），胤在康熙末年的储位争夺中依靠步军统领佟佳·隆科多、川陕总督年羹尧而获胜。雍正元年（1723年）八月，雍正皇帝召集文武大臣商议制定密封储存皇太子名字的制度，他亲笔写下太子的名字并放在匣子里，然后置于乾清宫的“正大光明”匾额之后，同时书写密旨并存放在内库以备将来查阅。雍正皇帝意识到限制和削弱诸王的权力有利于维护统治的稳定，因此他决定限制诸王对其属下的权力、禁止诸王随意派遣属员执行任务、严格规定诸王的地位和名分、派遣大量密探监察和控制诸王和其他官员、为八旗官兵和王室子弟设立学校以加强对他们的控制。
清世宗还通过打击朋党以加强皇权，雍正帝即位初期，包括皇八子爱新觉罗·胤禩、皇十四子爱新觉罗·胤禵和皇九子允的“皇八子党”以及权臣年羹尧和佟佳·隆科多等人对皇权产生严重的威胁，雍正皇帝为应对朋党发布“御制”的《朋党论》，警告大臣们警惕朋党之争并采取策略来削弱朋党势力。雍正三年（1725年）四月，他首先撤销年羹尧的总督职务，后于同年十二月在其他官员揭发年羹尧的罪行后责令他自杀，同年年底雍正皇帝以允禟和允涉及密谋为由将二人逮捕，同时剥夺他们的爵位并赐予他们侮辱性的名字，不久后二人死去。隆科多在年羹尧案件发生后仍然具有威胁，最终在雍正五年（1727年）因多项罪名被判处永久禁锢。
雍正帝继位之初，针对康熙晚年各省财政赤字的情况，加强了对政府和财政的整顿，这一行动增强了各级政府对财政管理的关注，并在一定程度上推动了“摊丁入亩”的实施。雍正二年（1724年）开始，雍正皇帝决定将丁银纳入地粮并开始在河北省实施，而在雍正二年至七年（1724-1729）期间，这个制度在福建省、山东省、河南省、云南省、浙江省、甘肃省、江苏省、安徽等全国的大部分省份陆续实施。雍正元年（1723年）五月，雍正皇帝听取山西省巡抚诺岷和布政使高成龄的建议，将额外费用纳入公共财政的制度并逐渐在全国推广。雍正四年（1726年），雍正帝任命西林觉罗·鄂尔泰为云贵总督并采纳其提出的改土归流的建议，同年夏天鄂尔泰派遣刘起元率军进驻东川区，之后东川、乌蒙、镇雄县、云南丽江、威远县、镇土府和沾益土州等在几个月内实行流官统治，同时清政府在贵州东南部无土司的地区建立地方官。次年鄂尔泰将广西泗城土府改为流官统治。到雍正十三年（1735年），超过六十个县级以上的土司被改为流官。
雍正元年（1723年），策妄阿拉布坦利用青海省和硕特部首领罗卜藏丹津（图鲁拜呼之孙）的野心煽动其叛乱，罗卜藏丹津诱使青海诸部台吉在察罕托罗海会盟，命各部首领一律恢复原来名号，停用清朝赐封的王、贝勒、贝子等爵称，他自己则称“达赖珲台吉”。罗卜藏丹津首先进攻同族郡王额尔德尼和亲王察罕丹津，清廷起初派遣兵部侍郎常寿前往罗卜藏丹津的驻地沙拉图，制止并严厉警告其叛逆行为，但罗卜藏丹津扣押常寿并煽动部众发动大规模叛乱。同年十月，清廷命川陕总督年羹尧、西川总督岳钟琪统兵征讨，叛军不敌清军而迅速瓦解。雍正二年（1724年），罗卜藏丹津败退柴达木河流域，清将岳钟琪于同年二月率五千骑兵深入沙漠追剿，迫使乌兰木和尔敌营的几万叛兵投降，罗卜藏丹津身穿藏女衣服投奔策妄阿拉布坦。青海省平定后，清朝政府改西宁卫为西宁府并特设青海办事大臣。雍正六年（1728年），西北准噶尔汗国部首领阿拉布坦之子噶尔丹策零叛乱，雍正皇帝从内阁中挑选亲信可靠的中书组成新的机构“军需房”，为解决西北的军事物资储备，次年二月，雍正皇帝派遣将领兵分两路征讨，后“军需房”改为“军机房”并最后定名“军机处”以管理西北军事的机密文书。
雍正十三年（1735年）八月，雍正皇帝去世，其四子弘历即帝位（爱新觉罗·弘历），改明年为乾隆元年。乾隆帝即位之初效仿康熙帝，亲自处理政务并总结前朝的统治经验。乾隆帝认为康熙帝的统治有过于宽纵的问题，而雍正帝的统治则过于严厉。因此，他的施政方针是在宽严之间取得平衡。乾隆元年（1736年），乾隆帝指出治理国家应当寻求中庸之道，不能过于宽纵，也不能过于严格。一方面，他严格禁止朋党之争并打击权贵的势力，兴文字狱以加强对思想文化的控制。另一方面，为巩固政权和稳定社会秩序，他采取怀柔政策并积极吸纳汉族地主官僚和知识分子，安抚人民以缓解社会矛盾。总之乾隆帝采取的政策是有效的，清朝在乾隆时期达到了一个历史高潮，国家呈现出繁荣局面，因此被称为“康乾盛世”。
乾隆十年（1745年），噶尔丹策零逝世，准噶尔汗国部发生内乱，达瓦齐在阿睦尔撒纳的支持下成为汗。阿睦尔撒纳是厄鲁特蒙古辉特部的台吉，他支持达瓦齐有所图谋。不久两人因利益冲突而矛盾升级，阿睦尔撒纳败退，于乾隆十九年（1754年）冬归顺清朝。达瓦齐饮酒不理政事，他的部民不满。杜尔伯特蒙古族自治县的三车凌决定归附清朝。乾隆帝了解准部内情后，决定用兵平定准部。乾隆二十年（1755年）春，清军攻入准部，达瓦齐逃亡但最终被捕。乾隆帝为庆祝胜利，在格登山树碑并写下碑文。达瓦齐被带到北京封为亲王。平定达瓦齐后，阿睦尔撒纳的野心开始显露。清朝原计划将厄鲁特分为四部，削弱准部的势力。阿睦尔撒纳想成为四部的统治者，他试图扩大自己的势力但被拒绝。乾隆帝意识到阿睦尔撒纳的野心，并警告其他将领提防。阿睦尔撒纳继续谋求扩大权力，最终在乾隆二十年八月发动叛乱。清军在伊犁的兵力薄弱，阿睦尔撒纳的叛军起初取得了优势，直到乾隆二十二年（1757年）清军平息叛乱，阿睦尔撒纳逃往哈萨克族后投奔沙俄，之后清朝加强了对天山北路的统治，设立将军和大臣，并在伊犁等地加强驻军。
天山南路位于维吾尔族居住区，居民信仰伊斯兰教，被称为“回部”。在噶尔丹的统治下，回部受其控制。噶尔丹失败后，维吾尔族宗教领袖玛罕木特掌握了南疆的管辖权。随后策妄阿拉布坦崛起，征服南疆，玛罕木特被俘，与其子布那敦和霍集占被拘禁于伊犁哈萨克自治州。乾隆二十年（1743年），清军攻占伊犁，玛罕木特死亡，布那敦被送回叶尔羌汗国，霍集占留在伊犁，分管天山南路的维吾尔族人民。后来，霍集占参与反清活动，失败后逃到叶尔羌。乾隆二十三年（1746年），清军攻入回疆，战争持续一年四个月，霍集占等人失败，次年清军攻打喀什噶尔和叶尔羌，霍集占等人败退。乾隆二十五年（1748年），清朝在喀什噶尔设置官员，直接受伊犁将军控制，同时在其他地区也设置官员。清朝此后加强了对天山南路的统治。大、小金川位于四川省西北部，是藏族居住区，因金矿而得名。乾隆十二年（1735年），大金川地区发生叛乱，清朝派兵平定。乾隆三十一年（1754年），大、小金川联合反清，战争持续十年，直到乾隆四十一年（1764年），清朝平定了大、小金川。此后，在该地区设置了行政机构，由四川省直接管辖。乾隆五十六年（1779年），廓尔喀入侵西藏自治区，清朝派兵援助。战争结束后，清朝对西藏进行重大改革，包括提高驻藏大臣的职权，对地方官员的任命，以及审查财政收支等。清朝还整顿了西藏的兵制，铸造银币，统一货币标准，限制租税预征等。
康熙以来推行的“永不加赋”和“摊丁入亩”政策使人口迅速增加，超过了封建农业经济发展的速度，逐渐演变为严重的社会问题。为缓和粮食供应紧张问题，乾隆皇帝鼓励边疆省份垦荒以扩大耕地面积，同时推广种植地瓜的做法、玉米等高产粮食作物并鼓励洋米进口，但此时中国社会的土地兼并问题日趋严重，高利贷盘剥百姓的现象严重，再加上乾隆皇帝的宠臣和珅卖官鬻爵、贪赃枉法，统治阶级骄奢淫逸致使吏治败坏、财政拮据和社会矛盾尖锐。乾隆三十九年（1774年）八月至乾隆五十一年（1786年）十一月，山东清水教王伦、甘肃新教回民、台湾天地会林爽文相继发动武装起义，虽然最后都被清军武力镇压，但清廷为此付出财政和兵员等较大代价，尤其是在林爽文起义期间清朝动用两广、浙江、贵州、四川、湖南等七省兵力并耗千万两白银，逐渐加重清朝的财政负担。
嘉庆元年（1796年）正月，爱新觉罗·弘历弘历宣布退位，其第十五子颙琰继承皇位（清仁宗），弘历称太上皇帝。嘉庆帝对和珅的权力表示不满，开始在幕后培养自己的势力以对抗和珅。嘉庆四年（1799年）正月初三，乾隆皇帝去世后嘉庆帝开始亲政，他迅速罢免和珅和户部尚书富察·福长安并公布和珅的罪状，最终赐死和珅并查抄其财产（相当于清政府二十年的国库收入），嘉庆帝的行动受到臣民的欢迎，同时他在位初期表示愿意进行改革，鼓励官员直言疏通政务，禁止地方官员向朝廷呈递贡品。然而爱新觉罗·颙琰没收和珅的大部分财产被皇室占有，也没有继续追查和珅的党羽以整顿腐败的政府，这使得一些腐败官员继续为所欲为。
嘉庆四年（1799年）八月，翰林院编修洪亮吉上疏呼吁嘉庆帝加强治理并清除腐败，嘉庆帝感到愤怒并斥责否认洪亮吉的言论，结果洪亮吉被撤职并以“私议国政”为由被流放到伊犁哈萨克自治州，之后朝廷官员们不再敢公开批评政府的问题。同年十二月，仁宗放弃维新的政策，并公开表示他会按照传统的方式继续治理国家，此后朝的衰落持续发生，官员的腐败问题日益严重。比如刑部侍郎广兴在赴山东省审案时的滥用职权和挥霍浪费、王丽南等人在爱新觉罗·颙琰元年至嘉庆十一年期间通过伪造印章和文件侵吞公款三十一万多两、官员利用治理河流的项目大肆贪污等都是普遍存在的贪污。
嘉庆元年（1796年）初，湖北省的枝江市和枝城市地区的白莲教首领聂杰人和张正谟发起反抗行动，长乐、长阳土家族自治县、当阳市、来凤县、孝感市、竹山县等地也爆发白莲教起义。同年三月，王聪儿、姚之富、王廷诏在湖北省的襄阳地区举行武装暴动并组襄阳起义军。十月，四川省的达州市地区和东乡地区分别爆发了徐天德、王登廷和冷天禄、王三槐领导的起义。陕西省的安康和米溪地区也在冯得仕、林开泰、翁禄玉的领导下发生了起义。在不到一年的时间里，四川、湖北和陕西三个省的起义活动迅速蔓延。起义人民以白布缠头、白旗作为标志，提出口号，表达对清王朝的反抗。起义队伍中还设立了不同的职务，负责组织和领导起义。
清政府迅速调动来自山西省、河北省、广东省、广西壮族自治区、山东省、东北地区等地的军队以及少数民族军队来镇压起义。清政府主要进攻湖北地区的起义军并派遣毕沅、惠龄、永保、恒瑞、孙士毅等将领来指挥，起义军勇敢抵抗清军致使清政府的攻击策略在初期失败，起义军的规模至年底扩大到五万人左右。爱新觉罗·颙琰四年（1799年），嘉庆帝采用“边抚边剿”的方法加强镇压农民军，他发布“罪己诏”来误导民众以此削弱人民的斗志，他还安排流民开垦荒地，试图诱导农民军放下武器。后清政府任命勒保为经略大臣指挥五个省的明朝军事，同时实行“坚壁清野”和“筑寨团练”的政策，强迫民众集中粮食和牲畜，并组织地主武装和义军作战。同年十二月至嘉庆五年（1800年），农民军与清军进行战斗并多次获胜。嘉庆九年（1804年），清政府将领额勒登保被派往陕西省，而此时起义军内部出现叛变，农民起义最终失败。
在爱新觉罗·颙琰时期，由于清朝统治危机加深，李文成和林清开始利用天理教组织反清起义。为了动员教徒参与反清起义，他们利用土地问题宣传起义成功后，教徒可以得到经济报酬，并制造反清舆论。很快教徒人数增加到数万人，包括农民、小生产者、少数小地主、下层官吏和清朝皇宫内的太监。李文成和林清制定起义计划，定于嘉庆十八年（1813年）九月十五日举行起义。在这之前，他们还在滑县召开天理教首领大会，确定起义的组织领导、旗号、服色和口号。李文成被称为人皇，林清被称为天皇。然而在起义计划进行时，清廷发现了他们的计划。李文成和其他人被捕并受到严刑拷打，李文成的妻子和战友决定提前起义。九月初七，他们攻占滑县并救出李文成。滑县起义成功后，其他地区的天理教徒和农民也纷纷响应。在取得初步胜利的条件下，李文成开始建立政权。爱新觉罗·颙琰对此反应强烈，命令军队前往镇压。由于清军的压力，李文成无法支援林清进攻皇宫。不知道滑县起义提前的林清，仍按原计划行动，组织人员于九月十五日潜入北京，企图攻击皇宫。然而，由于人数少和清军的阻挠，起义失败。清廷发动大规模的镇压，嘉庆帝更换了指挥官。最终，清军攻破滑县，李文成选择自焚，而留守滑县的其他起义者也壮烈牺牲。其他地区的天理教起义也被镇压。
嘉庆二十五年（1820年）七月，嘉庆帝去世，其次子继位（清宣宗）并改元道光。道光帝刚上位，因军机大臣错误撰拟仁宗遗诏，罢免首席军机大臣托津和班列第二的戴均元、卢荫溥。同时道光帝执政初期要求大臣直言，减少皇室开支，限制宫中每年开支不超过二十万两，但这并没有改变清朝的官僚腐败。道光帝后来依赖大学士曹振镛和郭佳·穆彰阿致使吏治混乱，科举考试也受影响而缺乏深度和创新，权臣穆彰阿控制政坛并放纵自己的属下贪污和滥用权力，负责管理国家财政的户部贪官伪造印章和文件以伺机捞取大量财产，存储国家财富的银库也发生大规模盗窃，直到道光二十三年（1843年），银库被盗金额高达九百二十五万二千多两，年均超过二十万两，虽然有像陶澍和林则徐这样的人物试图进行改革，但清政府的财政赤字继续增加，爱新觉罗·旻宁十九年（1839年），户部查明全国拖欠的税收达到二千九百四十多万两，超过清朝每年财政收入的一半。
道光十九年（1839年8月5日），清政府派遣林则徐在虎门禁烟的消息传到英国，伦敦的资本家们如查顿与亨利·坦普尔举行紧急会议共同计划侵华战争。1839年12月27日，清政府宣布完全停止与英国的贸易，林则徐积极进行军事准备以加强广东省的防御。同年十二月（1840年1月16日），英国女王维多利亚女王在议会发表演说，表示要对中国采取军事行动，之后女王陛下政府任命乔治·懿律和查理·义律为代表，并任命懿律为英军总司令，随后议会投票通过对华战争的军费案。爱新觉罗·旻宁二十年五月初（1840年6月初），乔治·懿律率领由军舰、武装汽船、运输船、士兵和火炮组成的军队抵达中国广东海域，中英鸦片战争开始打响。
英军到达广东海域后封锁珠江口，负责广东防御工作的林则徐对英军防备甚严，迫使英军于道光二十年（1840年6月30日）向北进攻福建厦门，但被邓廷桢领导的军队击退。8月11日，攻占浙江定海的英军到达天津大沽口，并向清政府提出赔款、割地、通商等要求。道光帝并没有动员军民抵抗，而是派博尔济吉特·琦善前往大沽口与英军进行谈判，英军考虑到士兵难以适应气候变冷就于9月15日撤退。爱新觉罗·旻宁认为琦善有功并任命他为钦差大臣负责与英国进行谈判，同时以“办理不善”的罪名解除林则徐和邓廷的职务。11月29日，琦善到达广州市后裁减水师以示对英国的友好，并允许英军派遣小艇探测内河水道。12月初，琦善开始与英国全权代表查理·义律谈判，义律在澳门单方面公布《穿鼻草约》，包括割让香港特别行政区、赔偿六百万元、恢复广州通商等条款。
道光帝认为英军北上后，如果对林则徐和邓廷桢采取惩罚措施并允许英国在广州继续通商，英军将迅速撤离定海并和平解决问题，但义律仍然提出无理要求，道光帝感到尊严受损转而支持战争。道光二十年十二月（1841年1月27日），爱新觉罗·旻宁接到大角和沙角炮台失守的消息后向英国宣战，任命裕谦为钦差大臣接替爱新觉罗·伊里布，任命皇侄爱新觉罗·奕山为靖逆将军，以及任命隆文和杨芳为参赞大臣并调集各省军队前往广东。道光二十一年正月（1841年2月25日），英军攻击虎门炮台，由于博尔济吉特·琦善拒绝派兵增援，广东水师提督关天培和400多士兵殉国。同年四月（5月25日），广州城外被英军占领，次日英军攻击奕山的住所，奕山被迫求和并与查理·义律签订《广州和约》。5月29日，英军在三元里街道进行抢掠，三元里的居民组织起来并在三元古庙前集合，打死打伤英军数百人，英军在广州市官府的帮助得以逃脱。
爱新觉罗·旻宁二十一年七月（1841年8月初），璞鼎查被女王陛下政府任命为全权代表抵达香港特别行政区并开始北进，一直到10月13日，英军相继攻占厦门市、定海区、镇海、宁波市，但英军未能占领台湾。道光帝为应对战局于10月18日任命爱新觉罗·奕经为将军，并调集近两万军队前往浙江省，但奕经沉迷于娱乐并未积极备战，之后又命令清军贸然攻击宁波、镇海、定海而遭受重创。道光二十二年（1842年），英国和清朝之间的冲突继续加剧，道光帝在若干战斗后决定寻求和平并任命爱新觉罗·耆英为代表，与英国谈判。但英国代表璞鼎查得知清军在长江流域的防御薄弱，决定继续进攻。英军随后攻占浙江省的乍浦镇并进入长江，攻打吴淞炮台。驻守来空法师的江南提督陈化成在与英军交战中成功击伤多艘英国战舰，然而由于两江总督牛鉴的失误，英军成功登陆并占领了吴淞炮台和宝山。随后英军继续沿长江前进攻占镇江市，驻守镇江的清军副都统海龄顽强抵抗但最终战死，英军之后到达南京并开始与清朝代表耆英、爱新觉罗·伊里布和牛鉴进行谈判，最终他们与英国签订《南京条约》，标志着第一次鸦片战争的结束，中原地区开始沦为半殖民地半封建社会。
爱新觉罗·旻宁三十年二十六日（3月9日），奕即皇帝位于太和殿，宣布以明年为咸丰元年。咸丰帝即位初期希望改变道光帝晚年的情况，他发布诏书征求意见以招募贤能之士，鼓励朝臣踊跃建言献策，直言政府的问题，这其中包括大理寺卿乌齐格里·倭仁、通政使罗惇衍、内阁学士车克慎、左都御史文瑞和礼部侍郎曾国藩等多名官员向咸丰帝上奏建议，并获得咸丰帝的赞许。咸丰帝考虑到道光朝晚期的问题，开始聘用一些忠诚、正直、有勇气和谋略的人才作为智囊团（祁寯藻、帝师杜受田和文庆）。咸丰在初年的时候，在整肃吏治和惩戒积习方面取得了一定的成效。咸丰八年（1858年），顺天府乡试的考试结果引起了轰动，因为考试舞弊问题被揭露。咸丰帝下令彻查，发现主考官和其他涉及人员有舞弊行为。咸丰帝命爱新觉罗·肃顺和刑部一同审讯涉案人员，并采取严厉措施惩罚他们。
咸丰二年（1852年），咸丰帝任命王茂荫负责新的官票发行工作，次年咸丰帝批准采用钱币替代银币并铸造大额钱币，采纳大学士祁寯藻的建议设立官钱总局，管理钱币的铸造和发行。咸丰三年（1853年）二月十七日，咸丰批准户部的《试行官票章程》，开始在京师试点发行官票，并逐渐向全国推广。咸丰帝为节省财政开支而减少八旗军人俸禄，允许出售旗田以减轻政府的财政负担并解决旗民的生活问题。咸丰三年（1853年），政府进一步削减兵饷，并从文武官员的俸禄中抽取部分资金用于军费，开始实行使用银两替代实物支付的政策，还在四川省、山西省、陕西省实行田赋预征政策，同时增加对农业土地的税收，包括田赋和其他相关税项。同年清政府推行“捐输”政策，根据商民对政府的资金贡献，给予不同的奖励，如盐运使衔、副将衔，或是花、举人资格等，并且开始在国内举债，最初只在山西、陕西、广东省等省借款，并发行政府债券，分年还款，后来逐渐扩展到全国。
咸丰元年（1851年3月23日），洪秀全在广西武宣称太平王并发动金田起义，后改称天王。同年秋季，太平军占领广西永安州后，洪秀全在永安城分封杨秀清为东王、萧朝贵为西王、冯云山为南王、韦昌辉为北王、石达开为翼王，至此太平天国建立初期的官制、礼制、军制并推行自创的历法“太平天历”，之后又颁布《天朝田亩制度》。咸丰三年（1853年3月19日），已经攻占南方多个城市的太平军攻占江宁区并更名为天京，太平军于同年4月从扬州市出发北伐但被清军阻于黄河南岸，直到1855年夏天，太平军北伐主将林凤祥、李开芳相继被俘就义。1853年11月，东王杨秀清开始掌握大权后被洪秀全封为皇帝。咸丰六年（1856年9月1日），韦昌辉与秦日纲于夜间率领约三千人回到天京并于次日凌晨袭击杨秀清的住所，杀害了杨秀清及其家人（被称为“天京事变”），韦昌辉后来试图进攻洪秀全的太平天国天王府遗址但未能成功。石达开抵达天京后责怪韦昌辉的行为，韦昌辉试图杀害石达开但被石达开及时逃离。天京之变后，太平天国的朝臣推荐石达开主持朝政，但洪秀全只封石达开为“圣神电通军主将翼王”，后石达开被迫离开天京。
咸丰七年（1857年），洪秀全请求石达开返回天京，石达开表示不会返回，但会派陈玉成、李秀成等将领回援，而石达开在天京外围的闽、浙、赣等地作战，缓解天京和安徽的军事压力，直到同治二年（1863年），石达开在成都被执行死刑。同治元年五月（1862年6月），洪秀全下令太平军回援天京（今南京），太平军集结约20万人与湘军在10月展开激战但未能取胜。同年12月，李秀成被命令率军北渡长江，由于没有粮食补给，太平军损失惨重。同治三年四月二十七日（1864年6月1日），洪秀全去世，其侄子洪天贵福继任天王，但同年六月十六日（1864年7月19日），天京被清军攻陷，城中的居民和太平军士兵遭到湘军的大规模屠杀，太平天国的其他领导人如洪仁玕也被清军捕获并杀害。幼天王洪天贵福在四处逃窜后被捕，并在同年十月二十日（阳历11月18日）被清军以极其残忍的方式处死。江北的太平军残部如赖文光的部队，与捻军合并继续进行抵抗。最后一支使用太平天国年号的捻军袁大魁部，在同治八年（1869年）被左宗棠的部队消灭。
咸丰四年（1854年），《中英南京条约》届满十二年，英国故意歪曲事实与法国、美国一起向两广总督叶名琛、两江总督怡良、江苏巡抚许乃钊及其后任奇他拉吉尔杭阿等提出“修约”要求。咸丰六年九月初十日（10月8日），广东水师因中国商船“亚罗”号窝藏海盗而对其搜查并逮捕两名海盗和十名有嫌疑的水手，英国驻广州市代领事斯密斯·巴夏礼照会两广总督叶名琛，称中国水师违反中英《虎门条约》，要求立即送回被捕人员并公开赔礼道歉，后英军借此发动八国联军侵华战争。咸丰六年九月二十五日（1856年10月23日），英军海军上将西马糜各里率领舰船炮轰广州城，次年法国与英国组成联军侵华，两广总督叶名琛寄托神灵保佑而消极备战，直到十一月十四日（12月29日），英法联军占据城内观音山顶及各炮台致使广州失守，叶名琛被俘。
英法联军占领广州后，英、法、美、俄四国公使北上，直达大沽口，英法公使与海军将领商议决定初八日进攻大沽口炮台遗址，双方激战约两小时英法联军相继攻占北、南炮台，谭廷襄等主要官员逃走，英法联军进入白河（海河），直抵天津城下并照会清政府，派全权大臣来津谈判。爱新觉罗·奕詝得谭廷襄奏报，一面敕令僧格林沁率军驰往天津市，一面命大学士瓜尔佳·桂良、吏部尚书花沙纳为钦差大臣赶赴天津议和。五六月间，桂良、花沙纳分别与俄、美、英、法分别签订《天津条约》。咸丰九年五月六日（1859年6月6日），英国新任驻华公使普鲁斯抵达上海市，与法国公使布尔布隆密谋，准备用武力攻占大沽口炮台遗址，英舰十五艘、法舰二艘、美舰三艘，同时抵达大沽口外，清军在僧格林沁等人的指挥下取得第二次大沽口之战的胜利，之后由于僧格林沁错误地估计英军的军情致使天津塘沽和大沽炮台失守。
咸丰十年八月初七日（9月21日），僧格林沁在通州扣押英国使者斯密斯·巴夏礼，英军攻占通州后与清军在八里桥决战，但僧格林沁由于战术失误而遭受失败。九月初五日（1860年10月18日），英国公使额尔金与英军统帅格兰特，以巴夏礼等三十七名英、法人被拘捕曾在圆明园遭受虐待为借口，命令米启尔中将的一个师与骑兵（约三千五百余人）开往圆明园，将其中的建筑物一齐纵火焚烧和抢掠。九月十一日、十二日（10月24日、25日），恭亲王奕分别与额尔金、让-巴蒂斯特·路易·葛罗签订《中英北京条约》和《中法北京条约》，清政府被迫开放天津市为商埠，割让九龙司地方一区给英国，归英属香港界内，赔偿英、法军费各增加到八百万两，恤金英国五十万两，法国二十万两，之后英法联军撤离北京。
咸丰十一年（1861年）七月，咸丰帝驾崩，遗诏命怡亲王载垣、郑亲王端华、户部尚书爱新觉罗·肃顺、额驸富察·景寿、兵部尚书托和络·穆荫、吏部左侍郎匡源、礼部右侍郎杜翰、太仆寺少卿焦佑瀛八人为“赞襄政务大臣”（顾命八大臣）辅助爱新觉罗·载淳登基。同年8月25日，携带两位太后旨意的密使从热河行宫抵达北京，与恭亲王奕䜣密谈。七月二十六日（1861年8月31日），八位辅政大臣拟定嗣皇帝年号，经由太后批准正式确定用“祺祥”二字。9月5日，奕䜣以奔丧为名到达热河行宫，与两位太后秘密见面并交谈。9月13日，山东省道监察御史董元醇的奏折到达行宫，他请求两位太后亲政并由奕䜣辅政，同时为小皇帝选择德才兼备的大臣作为导师，最后整顿高级官员。9月15日，太后公开董元醇的奏折并发布旨意，要求从亲王中选择一两人辅政，并在大臣中挑选合适的人担任导师，而恭亲王奕䜣暗中取得大学士瓜尔佳·桂良、兵部侍郎瓜尔佳·胜保和科尔沁区亲王僧格林沁等人的支持。10月26日，咸丰帝的梓宫从热河承德起运回京，慈禧故意让爱新觉罗·肃顺押后护送梓宫而行，自己和爱新觉罗·载淳先期到达北京，太后随即召见恭亲王奕䜣及其他大臣，罗列载垣、端华等人的罪状并解除他们的职务。初六日（11月8日）载垣、端华即自缢，肃顺则被斩首弃市。
咸丰十一年九月初一日（1861年10月4日），大学士桂良奉旨为同治帝的母后皇太后上徽号为“慈安太后”，圣母皇太后上徽号为“慈禧皇太后”。同年十月初九日（1861年11月11日），载淳于北京紫禁城太和殿即位，改明年为同治元年。十一月初一日（12月2日），慈禧和慈安两宫太后开始垂帘听政，为巩固自己的地位和权势，慈禧太后整肃吏治并诛杀位高权重的总督何桂清、都统瓜尔佳·胜保，之后又废除八位辅政大臣提议的“祺祥”年号，改元“同治”。咸丰帝在世时选定翰林院编修李鸿藻为爱新觉罗·载淳的师傅，同治帝即位后，两宫太后发布懿旨命李鸿藻、礼部尚书祁寯藻、大学士翁心存、工部尚书乌齐格里·倭仁担任同治帝的老师。
同治元年二月初三日（1862年3月3日），总理各国事务衙门由原来拟设的临时机构变为常设机关，成为同治及光绪朝重要的权力部门。同治四年六月（1865年8月），总税务司署由上海市迁至北京并成为总理各国事务衙门建筑遗存附属机关，综理全国关税行政与关员任免事务。同治九年（1870年），三口通商大臣改称北洋通商大臣并由直隶总督兼任，之后清廷将两江总督兼任南洋通商大臣设为定制，办理所属通商口岸的外交通商事务，并兼督海防、训练南洋海陆军、举办工矿交通等事业，与北洋大臣的地位和职权对等。
同治元年三月（1862年4月），太平军扶王陈得才、赖文光赖文光与捻军从武关进窥西安市，陕西省地区的回族军队趁机起义，次年正月回民军进逼西安，清军与回民起义军在陕甘地区交战十年时间，双方互有胜负，直到同治十二年正月（1873年2月），左宗棠之兄左锦棠督军擒斩回民将领马桂源、马本源等，致使回民军纷纷降附。同年九月，回军马文禄出肃州城投降，清军杀马文禄等回民军首领九人和回民七千人，至此陕甘回民军起义被镇压。此事发生的前一年，即同治十一年五月二十二日（1872年6月27日），贵州苗民起义军首领张秀眉、杨大六等在湖南长沙被处死，坚持十八年的贵州苗民起义最终被镇压。次年四月，清军在岑毓英的带领下平定云南省全省的回民起义。
咸丰十一年（1861）之后，冯桂芬、曾国藩、李鸿章、左宗棠等官员相继提出学习西方的坚船利炮和科学技术，在“中学为体，西学为用”的基本纲领开展洋务运动，并促使洋务派创办一系列军事工业。从同治四年（1865年）至同治九年（1870年），洋务派先后创办江南制造总局、金陵机器局、福州船政局、天津机器制造局等多个近代化军工局厂，招募西方专家指导制造先进的枪炮子弹，之后冯桂芬又上奏提出建立京师同文馆以学习西方的科学文化知识。从同治十一年（1872年）开始，随着洋务派对西方知识和洋务运动的实践逐渐加深，李鸿章、马建忠等人开始认识到富强是治理国家之本，清政府向西方学习的内容已从军事工业扩大到工矿、交通、通讯等社会经济领域，赞同民用企业采取官督商办的形式，发展资本主义工商业，其中洋务派创办的民用企业包括轮船招商局、开平矿务局、上海机器织布局、电报总局等。
当时同治帝觉察到太监安德海得意猖狂，他和朝中大臣对安德海的行径多有不满，同治七年十二月（1869年1月），山东巡抚丁宝桢进京陛见同治帝，同治帝密商于慈安太后并令丁宝桢俟机诛杀安德海，丁宝桢于次年八月安德海出京采办龙衣之际将其正法。同治十二年正月二十六日（1873年2月23日），慈禧停止垂帘听政，同治帝开始亲政，之后不久同治帝下令重修圆明园，以恭亲王奕䜣为首的王公大臣总共募集筹措四十万五千两，同治帝还亲驾视察圆明园重修的工地。
同治十三年十二月（1875年1月），同治帝驾崩，当月初五慈禧太后选择醇亲王奕譞之子载承继同治帝为子，并承继大统嗣位为帝，同年正月二十日（2月25日），载湉即皇帝位于太和殿，改元光绪，不久慈禧太后再次垂帘听政，并于光绪十年（1884年）将恭亲王奕䜣及其党羽逐出清廷中枢军机处。光绪十二年十月二十六日（1886年11月21日），爱新觉罗·世铎草拟《训政条款清单》上奏慈禧太后，请求慈禧太后设纱屏为障以升座训政，慈禧批准《训政条款清单》后成为清廷的法规，此事促使慈禧太后成为太上皇，而光绪成为傀儡皇帝。光绪十五年（1889年）光绪帝亲政之后不满于傀儡地位而试图革新。
清同治四年（1865年），中亚浩罕汗国统治者阿古柏随张格尔之子布素鲁克和卓入侵喀什，并占领南疆，两年后建立“哲德沙尔汗国”汗国并自称为汗。阿古柏受英国和沙俄殖民主义者各方面的积极支持，使得新疆地区逐渐沦为英国和沙俄的殖民地。光绪元年三月二十八日（1875年5月3日），诏左宗棠以钦差大臣督办新疆明朝军事，关外兵事、饷事并转运事宜均归左宗棠督办，之后奏请拟借洋款一千万两以解决西征军饷问题。光绪三年三月初一日（1877年4月14日），左宗棠挥军进攻南疆，从初六日（4月19日）至二十三日（5月6日）徐占彪、孙金彪和刘锦棠分别率军连克七克腾木、辟展、鲁克沁城、胜金台、哈拉和卓城、吐鲁番市满汉两城，吐鲁番被收复之后，阿古柏于四月初十日（5月22日）在库尔勒服毒自杀身亡。之后十一月十三日（12月17日），刘锦棠分三路攻克喀什噶尔，又接连收复和、叶尔羌、英吉沙尔，俘虏阿古柏的妻子儿女和大臣，新疆之乱自此平定。光绪七年二月十七日（1881年3月16日），曾纪泽与俄罗斯帝国签订《中俄改订条约》，收复伊犁哈萨克自治州但赔付俄罗斯九百万俄罗斯卢布，光绪十年十月初一日（1884年11月18日），清政府在新疆设立行省并以刘锦棠为甘肃新疆巡抚，仍以钦差大臣督办新疆事宜。
法国在十八世纪就在越南建立基地并意图向北侵略中国，同治十三年正月二十七日（1874年3月15日），法国强迫越南签订第二次《西贡条约》后，越南国王邀请刘永福的黑旗军协助抗法，同时还两次遣使来华并请求清政府出兵支援越南抗击法国。光绪九年十一月十二日（1883年12月11日），法国侵略军司令孤拔率军从河内出发，并进攻驻扎在山西省的中国军队，至此中法战争正式爆发。战争初期黑旗军由于人数较少而被迫撤出山西，米乐代替孤拔成为法国侵越军司令后相继攻克山西、北宁，后法军诱使清政府议和，李鸿章与法国海军中校福禄诺签订《中法会议简明条款》，限清军三个月后从越南撤军，但法军却于光绪十年闰五月初一（1884年6月23日）进攻中国谅山驻军，主动挑起事端且反诬中国违背承诺。
光绪十年六月十三日（1884年8月3日）派遣舰队攻占基隆市作为赔款的抵押，清廷的福建水师在马江之役中全军覆没。光绪十一年二月初九（1885年3月25日），清军在帮办广西壮族自治区军务冯子材的带领下取得镇南关大捷，中路唐景军也光复越南山西、太原市，法军在镇南关惨败的消息传到巴黎，朱尔·费里内阁在人民的反对下倒台，清政府取得中法战争的胜利。但清政府畏惧战争拖延而产生民变，于是向法国提出议和并不顾广大军民与大臣的反对，授权李鸿章在天津市与之签订《中法善后专条》《中法新约》等条约，使得法国通过《中法新约》占领越南并攫取中国的铁路修筑权。
“甲申”之变后日本在朝鲜的势力迅速膨胀，其侵略朝鲜与中国的野心也昭然若揭。光绪十三年（1887年），军国主义分子制订《征讨清国策》意图以五年为期准备发动战争，日本参谋部还派遣特务在朝鲜和中国搜集政治与军事情报并秘密绘制军用地形图。光绪二十年三月（1894年4月），朝鲜东学党成员发动起义占领全罗道首府全州，日本以帮助东学党作战为名出兵朝鲜，同时还怂恿清政府出兵朝鲜镇压起义使中国卷入战争，同年六月二十三日（7月25日），日本强迫朝鲜傀儡政府宣布与中国断绝关系，并给日军驱逐驻中国驻朝鲜军队的权力，日本就此蓄意挑起中日甲午战争。
光绪二十年六月二十三日（7月25日），日本联合舰队在朝鲜海湾的牙山口外击沉中国租用的英国运输船“高”号，清政府被迫于七月初一日（8月1日）对日宣战，之后日本陆军进攻驻守朝鲜牙山的清军，日军遭聂士成伏击死伤较多，但由于主帅叶志超不为后援而转胜为败，清军悉数撤往朝鲜平壤，在平壤之战中清军将领左宝贵阵亡，而驻军统帅叶志超指挥不力、率军出逃致使清军战败。同年八月十八日（9月17日），日本联合舰队在鸭绿江口附近的黄海大东沟与清政府的北洋舰队遭遇，北洋舰队“致远”“经远号装甲巡洋舰”等四舰沉没而被迫开进威海卫军港，日本联合舰队以沉没三舰的代价掌握制海权。之后日军渡过鸭绿江侵略辽东半岛，并在占领旅顺后进行大屠杀，随后北洋舰队在威海卫之战中全军覆没，日军最终攻占整个辽东半岛。
光绪二十一年二月二十四日（3月20日）清廷派遣李鸿章与日本全权代表伊藤博文、陆奥宗光在日本马关议和，最终于二十三日签订《马关条约》，清政府被迫割让辽东半岛、台湾全岛及所有附属各岛屿和澎湖列岛给日本，并赔偿日本军费库平银两亿两，同时增开沙市、重庆、苏州、杭州四处为通商口岸，清政府还被迫允许日本臣民在中国通商口岸设立工厂。光绪二十二年六月十一日（1896年7月31日），中日签订《通商行船条约》二十九款，确认日本在华享有领裁判权和片面最惠国待遇。
光绪二十一年三月（1895年4月），日本逼签《马关条约》的消息传来使得全国人民哗然，正在北京参加会试的康有为联合各省举人一千三百余人联名上书，提出“拒和、迁都、变法”的主张（史称公车上书），之后康有为又连续两次上书提倡变法并得到光绪帝的重视。光绪二十一年六月（1895年7月），以康有为为代表的维新派为扩大变法的影响在北京创办《中外纪闻》，后在上海成立强学分会并出版《强学报》和《时务报》以宣传西学鼓吹变法，维新运动的迅猛发展引发顽固派与洋务派的反对和论战。光绪二十四年正月初七日（1898年1月28日），康有为向光绪帝上书《应诏统筹全局折》（维新派变法的政治纲领）。
同年闰三月（1898年5月），康有为趁恭亲王奕䜣病亡之际通过翁同龢要求光绪帝立即变法，光绪帝决定于四月二十三日（6月11日）颁布“明定国是”诏书并实施维新措施，包括改革财政、裁汰冗员、取消重叠的行政机构、裁汰绿营、废除八股取士制度、创办京师大学堂等，之后又任命谭嗣同、刘光第、杨锐、林旭为军机章京参与推行变法。初五日（9月20日），光绪帝召见袁世凯，但当晚袁世凯回天津市向瓜尔佳·荣禄告密。次日慈禧先将光绪帝囚禁于中南海瀛台，宣布重新“训政”并下令逮捕维新派。谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁、杨深秀等六人被杀于北京菜市口（“戊戌六君子”），其他维新派人士和参与新政及倾向变法的官员被囚禁革职或放逐。除京师大学堂继续保留外，其余新政措施均被取消，戊戌变法宣告失败。
光绪二十六年（1900年），山东省赵三多等在山东冠县发动义和团起义，直鲁交界地区与直隶南部群起响应，同年三四月间（1900年四五月间），义和团组织几乎遍及直隶全省并控制直隶省会保定市，竖起“保清灭洋”（扶清灭洋）旗帜，之后义和团由保定向北和东发展并进入北京和天津。帝国主义列强惧怕义和团的势力，因此英、美、德、法四国公使限清政府两月内剿灭义和团并威胁要联合出兵，清政府命直隶总督喜塔腊·裕禄派兵镇压。义和团与清军展开激战并相继攻占涞水县、涿州市、丰台区等地，清军只能默许义和团合法存在而停止镇压。同年五月下旬以后，清政府逐渐开始招抚义和团，京郊的义和团进入北京，北京城内的居民和部分清军纷纷参加义和团，至六月初全城团民人数达十余万人。接着，东北地区、山西省、内蒙古自治区等地义和团也发展起来，义和团运动形成高潮，之后天津市义和团与清军在大沽口炮台遗址陷落后开始保卫天津。六月中旬，清政府急调李鸿章回任直隶总督兼北洋政府大臣，准备公开投降帝国主义，同时调四川提督宋庆为北洋帮办军务大臣以镇压义和团。光绪二十六年八月（1900年9月），慈禧携光绪帝出逃西安市，后发布上谕称义和团为肇祸之由，并命令各地清军予以剿杀，中外势力的联合导致义和团运动失败。
光绪二十六年五月十四日（1900年6月10日），英国海军中将西摩尔率领俄、英、美、日、德、法、意、奥等八国二千余人向北京进犯，开始联合起来直接屠杀义和团，德国公使克林德率德兵外出时打死义和团民后被中国士兵击毙，八国联军以此为借口向中国宣战，但联军的火车在廊坊遭到义和团与董福祥甘军的袭击，义和团与甘军及聂士成的武卫前军包围并袭击杨村车站，西摩尔率军败逃天津市。同年五月中旬，俄罗斯海军将领指挥由多国组成的海军攻击大沽口炮台遗址，虽然守军进行抵抗并击伤并击沉6艘敌舰，但大沽炮台最终被攻陷。之后董福祥、张德成、聂士成等与义和团在天津对抗八国联军，聂士成于八里台镇战斗中阵亡，直到8月14日，天津、北京相继被攻陷，慈禧和光绪帝逃离北京。
途中慈禧太后任命李鸿章为和谈代表并发布命令铲除义和团，联军在占领北京后攻占保定市、张家口市、秦皇岛市和山海关区以及部分东北地区，但法、德联军在攻击其他地区时受到清军的阻击，并遭受重大损失。1900年12月22日，清政府同意十一国的代表向其递交的和谈大纲并于次年签字，同时清政府接受处死的人名单和赔款总额的要求，德皇威廉二世召回德军统帅后八国联军从北京撤退。1901年9月7日，清政府代表与各国签订了《辛丑条约》，条约包含中国赔偿银两，外国在北京和铁路沿线驻军，以及禁止中国人民组织反抗的条款，该条约使清政府保住权力但加强了外国对中国的控制。
光绪二十九年（1903年）以后，清廷中的开明官员要求变更政体并实行立宪，日俄战争后以湖广总督张之洞、直隶总督袁世凯为代表的官员开始呼吁立宪，清政府接受袁世凯的建议于光绪三十二年十一月十一日（1906年12月7日）派遣山东省布政使尚其亨、户部侍郎戴鸿慈、顺天府丞李盛铎、湖南巡抚托忒克·端方、镇国公爱新觉罗·载泽等五人出京赴日本、欧美进行考察，回国之后清政府正式发布“预备立宪”的诏书。资产阶级改良派获悉后组织立宪团体，其中著名的是上海预备立宪公会、中华帝国宪政会、湖北宪政筹备会，但清政府在实施的过程中违背了资产阶级民主政治的精神，在军机大臣与各部尚书十三人中设置九位满族贵族（皇族内阁），这引起资产阶级立宪派的不满，他们多次联名上书请开国会，清政府在社会舆论的压力下于光绪三十四年八月（1908年9月）颁布《钦定宪法大纲》《议院法选举法要领》《逐年筹备宪政事宜清单》，明定以九年为立宪的预备期限，之后各省成立议局。
光绪三十四年十月二十日（1908年11月13日），隆裕太后下诏命醇亲王爱新觉罗·载沣之子（溥仪）在宫内教养并在上书房读书，同时封醇亲王载授为摄政王，次日光绪帝驾崩于瀛台涵元殿，溥仪被安排继承大统嗣位为帝，同年十月初九日（12月2日）溥仪登基为帝并改明年为宣统元年，之后继续实行预备立宪。宣统元年正月二十七日（1909年2月17日），清政府下诏各省举行谘议局选举并筹办各州县地方自治，同时设立自治研究所，之后规定府厅州县自治与城镇乡自治性质和内容相同，直到宣统三年七月（1911年9月）全国二十一个行省全部开展地方自治，宣统二年九月初二日（1910年10月4日），资政院召开第一次常会，标志着资政院正式成立。
随着十九世纪末民主革命思潮的兴起，光复会、华兴会、日知会等以资产阶级知识分子为主体的革命团体纷纷出现，光绪三十年（1904年）前后，上海市的爱国协会、江苏省的强国会、安徽的岳王会、云南省的誓死会以及在日本成立的共爱会等相继成立，为建立统一的全国性的革命政党奠定了基础。光绪三十一年七月二十日（1905年8月20日），中国同盟会在日本东京成立，会议决定将同盟会总部设在日本东京并选举孙中山为总理，之后同盟会机关报《民报》创刊以宣传资产阶级民主革命思想，其中孙中山在《民报》发刊词中将同盟会的十六字纲领阐发为民族、民权、民生三大主义（“三民主义”）。
萍浏醴起义前后，同盟会总部制定了指导各地武装起义的《革命方略》并准备在两广发动起义。从光绪三十三年四月（1907年5月）到光绪三十四年三月（1908年4月），孙中山领导的同盟会在华南沿海与沿边地区连续发动了饶平黄冈起义、惠州七女湖起义、钦州廉州防城起义、镇南关起义、钦州马笃山起义与云南河口起义等六次武装起义，但由于起义准备不够充分而失败。宣统三年（1911年4月8日），革命党召开会议决定在4月13日发动黄花岗起义，赵声被任命为总指挥，黄兴为副总指挥，分为十个方向进攻广州，后起义计划因故被迫延期到4月27日，而具体的进攻计划改为四个方向。4月27日，黄兴率领200人攻击总督府但未能俘获两广总督张鸣岐，他们焚烧总督署并与清军发生战斗，72名烈士在巷战中阵亡，后革命党将他们合葬于广州的黄花岗（史称“黄花岗起义”）。
1911年9月24日，文学社与共进会召开联合大会，商讨起义计划并决定9月24日起义，蒋翊武被推举为临时总司令，孙武为参谋长，之后确定起义后的军政府人员组成和起义的详细计划。湖北的革命党人进行了周密的准备。起义前夕孙武在制作炸弹时发生爆炸受伤，武汉当局开始搜捕革命党人。10月10日，武昌起义爆发，革命士兵攻击了总督府，湖广总督博尔济吉特·瑞澂逃离。武昌被收复，随后汉口和汉阳也被收复，次日经过武昌起义的革命士兵邀请湖北的议员和地方士绅在谘议局开会，推举黎元洪为湖北军政府都督。
清政府获悉武昌起义后派陆军大臣荫昌率北洋军队前往镇压，但荫昌指挥不力，清廷于宣统三年八月二十三日（1911年10月14日）任命袁世凯为湖广总督，令其统率北洋军队南下镇压革命，袁世凯与张绍曾等将领联合向清廷实行“兵谏”，清廷被迫发布“罪己诏”，解散清朝责任内阁并任命袁世凯为内阁总理大臣。1911年11月1日，袁世凯带领北洋军队攻陷汉口，中途停止进攻并前往北京组建责任内阁，他意图通过北洋军队来威胁南方革命党和清政府，同时国际列强为保护在华利益开始支持袁世凯。1911年11月26日，英国公使朱尔典与袁世凯商议后，建议湖北军政府南北停战，南北双方于同年12月1日达成停战协议，12月9日，袁世凯派遣唐绍仪与南方代表伍廷芳谈判并于当天正式签署停战协议。
1912年1月15日，孙中山向伍廷芳发电报，表示如果清帝退位并宣布共和，中华民国临时政府将支持袁世凯，次日袁世凯在得到南京临时政府的明确承诺后，与爱新觉罗·奕劻奕共同向隆裕太后提出了爱新觉罗·溥仪退位的建议，并寻求最后决策。1912年1月22日，孙中山提出五项条件并通知袁世凯，这五项条件包括清帝退位、袁世凯公开支持共和主义、孙中山在接到外交团通知后辞职、由参议院选举袁世凯为临时总统、以及袁世凯在成为临时总统后必须遵守参议院的宪法。1912年2月10日，袁世凯召集内阁大臣和王公讨论清帝退位的优待条件，两日后的2月12日，隆裕太后同意优待条件并发布三道诏书以宣布宣统帝退位，清朝268年的封建统治结束，中国两千多年的封建帝制宣告结束。
清朝定都北京后，通过打败南明、平三藩、收台湾、伐准噶尔汗国等一系列战争逐渐确定了新疆版图。后又与俄罗斯签署《尼布楚条约》确定了东段和中段边界后，其版图基本确立。到了爱新觉罗·颙琰年间，清朝的疆域已经辽阔，“东至库页岛，西至新疆的帕米尔高原，北接外兴安岭，南至广东琼州的崖山”，即东边达到库页岛和鄂霍次克海的领海，西边延伸到葱岭，北方至外兴安岭，南边则直到南沙群岛。这片土地不仅包含了广袤的陆地疆域，还包括了海洋疆域。
晚清时候，中国遭受列强入侵，英国通过《南京条约》《展拓香港界》，割占了香港1061.8平方千米土地。葡萄牙也占据了澳门。沙皇俄国通过战争、签署不平等条约如《瑷珲条约》《北京条约》等，先后割占中国153万多平方千米国土。日本自从明治维新之后，强行占领台湾岛。清朝晚期约有174万平方千米领土，约占原国土面积的16%被英法俄日等侵略者所占领。
清代中期在全国划分了十八个省区，包括直隶、山东省、山西省、河南省、江苏省、安徽（原与江苏为一体，后被分离出来建立独立省份）、江西省、湖北、湖南省（原与湖北同为湖广省，后被分离出来建立独立省份）、浙江、福建、陕西、甘肃、四川、广东、广西、云南和贵州。此外在东北地区、蒙古、新疆设立五个将军辖区，对这些地区实行军府制管辖，在西藏自治区设西藏办事大臣和达赖喇嘛辖区，在科布多设立参赞大臣辖区，在青海省设西宁市办事大臣辖区。在光绪十年（1884年），新疆成为一个省，次年台湾也成为一个省（原先隶属于福建省），光绪三十三年（1907年），东北地区又增设了沈阳市、吉林省、黑龙江省三个省，至此全国省份总数就增加到了22个，但其中不包括于1895年被割让给日本的台湾省。省下辖府，府下设县，另设有州、厅，其中直隶州、直隶厅与府平级，散州、散厅与县平级。
顺天府位于府级行政区中，也被称为“京府”，辖有京24州县，地位高于一般的府，除了大兴、宛平两个京县之外，其余的州县同时也属于直隶省。在东北盛京附近，府、州、县之上设有奉天府，其行政级别甚至超过京府。截至宣统年间，全国共有府219个、直隶州79个、直隶厅64个，散州141个、散厅83个、县1355个。
在明末清初的乱世中，中国大约有7000多万人被杀，许多地方人烟稀少。为了繁衍人口，清朝采取了减免赋税、召集流民复业和垦荒等措施。清朝康熙六十年（1721年），中国人口大约有1.5亿人。而到了乾隆三十一年，中国人口增加了9000万。随着生产力的提高，人口增长速度居高不下，到了乾隆五十五年（1790年），人口已经突破了3亿。截至爱新觉罗·旻宁十五年（1835年），清朝人口突破了4亿。到了清末，由于太平天国运动、八国联军侵华战争和义和团运动等原因，社会人口增长缓慢，到了1901年，人口尚不足4.5亿。
清朝有几次大的人口迁徙，其一就是向四川移民。明末清初战乱时间，清军在剿灭张献忠起义军的同时还肆意屠杀当地居民，导致顺治十八年（1661年），四川在籍人口5万多人。从康熙初年，统治者就开始陆续向四川移民，不过规模都比较小。康熙晚年至雍正年间，由于政府出资帮助及分田地原因，外地逃荒者和贫民开始大规模向四川移民，形成了移民潮，四川人口持续增加。后虽有清末乱世，人口也达到了4800多万。
清朝建立初期，由于战乱伤亡以及大量满族人虽清军入关等原因，东北人口约只有250万。因为清初战乱，中原经济崩溃，清朝统治者迫切需要恢复东北经济，于是顺治期间，清政府多次下诏鼓励内地百姓向东北移民。而随着中原经济和东北经济的恢复，并且为了避免人口过多导致东北社会不安定，康熙帝逐渐限制内地百姓移民东北。乾隆年间，该限制更加严格。而到了清朝末期，由于东北开发潜力巨大，且移民屡禁不止，也为了抵抗俄罗斯、日本对东北地区的侵略，清政府大量鼓励内地百姓移民东北。据清朝户政部门不完全统计，清末东北人口约有1850万。
康熙二十二年（1683年）清军攻占台湾，并将之划归为福建省管辖。一开始由于担心内地反清势力会在台湾聚集，于是禁止内地人迁往台湾。到了雍正、乾隆年间禁令时松时紧，偷偷前往台湾的人数也日渐增多。由于日本等国家觊觎台湾，为了保护台湾，清政府于同治年间开始鼓励内地居民前去台湾定居，到了光绪十三年（1887年），台湾人口已达320多万。
明末清初，一批在政治斗争中失败的明朝遗臣进行大规模海外移民，逃往越南、柬埔寨等地。康熙年间实行的迁界令的影响，加之沿海地带海盗的骚扰，时有居民逃往海外，谋求生存。广东省与福建省为主要迁出地，东南亚地区则是主要迁入地。欧洲列强侵略美洲、东南亚地区后，基于对当地的开发，需要大量廉价劳动力，中原地区迫于殖民者的压力，向外输出大量劳工，这也是中国大规模海外移民的重要原因。
内阁，清朝继承了明朝的内阁制度，内阁作为中枢机关，协同皇帝处理各类事务。在清朝入关之前，内三院已开始显现出内阁的形态，入关后，内三院被赋予内阁的职能。初始阶段，内阁兼任翰林院的职责，但经过多次调整，到了康熙九年（1670年），翰林院分离出去，从此内阁的名称和制度确立并固定下来。清朝内阁的职位设置包括：大学士，雍正年间增设了协办大学士。在大学士之下，有学士、侍读学士、侍读、典籍、中书等官员，他们分别负责处理各项具体事务。
内阁的主要和日常职责是协助皇帝处理奏章，即对政务的初步处理意见的撰写，这些初步意见供皇帝决策参考，这个过程被称为“票拟”。皇帝对这些初步处理意见进行审核批准后，会将意见发回批本处和内阁，并用红字将批准的意见写在奏章上，这称为“批红”，然后下发执行。此外，内阁还负责为皇帝拟写各类公文，如制、诏、诺、敕等，以及发布上谕。大学士的职责还包括参议国家大政，作为皇帝的顾问，组织修书，参与会试殿试的预审，并处理一些重大的典礼和祭祀等事务。
议政处，从努尔哈赤时期的人关前到乾隆朝，清政权维持了一个重要的行政机构——议政王大臣会议。尽管清朝在人关后按照明朝的模式建立了自己的国家机器，但这个满族的旧有议政机构依旧存在。从顺治七年（1650年）开始，为适应新统治建立和巩固的需求，这个机构在成员及职掌上都有了显著的扩大，成员数量在多的时候达到几十人。
根据议政的内容需要，议政王大臣会议有时还采用了与其他满汉大学士、九卿、翰、道官等官员合议的形式。议政王大臣会议处理的主要政务包括：讨论军务，案件、政治改革、涉密事件、整顿吏治等内容。随着军机处的设立，议政处的影响力逐渐下降。在乾隆皇帝中期之后，议政大臣的职位实际上已经无任何职权，直到乾隆五十六年（1791年）正式宣布废除。
军机处，于雍正七年（1729年）设立，起初只是作为处理机密军务的临时机构。然而，随着时间的推移，它的职责不断扩大，逐渐涵盖了军政大事，成为一个固定的中央机构。其影响力甚至超越了内阁，一直到清朝灭亡的前夕，它都是最重要的中央机构。军机处的成员主要包括军机大臣和军机章京，由满族和汉族官员担任。其主要工作内容包括：撰拟并发布皇帝的上谕、协助皇帝处理奏折（主要是在爱新觉罗·弘历以后的时期）、随时出席御前会议以提供政务参考意见、参与高级和重要官员的选拔并为皇帝提供候选人、奉命与相关官员商讨重大政策及处理重要案件，以及作为钦差身份督察政务。军机章京则主要负责撰拟文稿、记录以及注档册等事务性工作。
都察院，清代继承了明朝的制度，设置了都察院作为监察机构。其首席官员为左都御史，为一品官职，与六部的尚书地位相同。其次为左副都御史，为正三品官职。下设十五道监察御史（清末增至二十二道），除京畿道外，各道都以省名命名，如江南道、浙江道、山西道等。都察院的职能包括：审查京城各衙门的行政工作、参与刑事案件审理、奉皇帝之命，巡查某项政务或某机构的具体事件，如巡查漕运、盐务、驿站、灾情、贫困救济等。左都御史是九卿之一，参与九卿会议。建议和上奏是都察院官员的重要职责。
六部，部是负责全国文职官员的任免、考核以及升降调补等事务的机构。户部则主管财政收支、铸币、京城的仓储等事务。礼部负责的职责包括礼仪、接待藩国使臣、学校以及科举等事务。与礼部相关的低级机构包括乐部、太常寺、光禄寺、鸿胪寺和钦天监。兵部主管的是武职官员的任免、考核、武科举、全国绿营兵籍以及驿站事务。刑部则负责刑法和死刑案件，并需与都察院、大理寺会审。工部主要负责土木建筑、水利修建、器械制造，并处理一部分铸币和关税征收事务。六部主管官员为尚书。六部下设各司，负责某一具体或地方事务。例如，吏部的文选清吏司负责文职官员的选任，户部的云南司负责处理云南省向户部奏销的钱粮收支、铜厂矿课等。各司的主要官员是郎中、员外郎、主事，相对于堂官，被称为“司官”。
内务府，内务府是负责皇室及其相关事务的专门机构，它独立于政府行政系统。其主要职责包括内务府员工的组织管理、户籍、宫廷财务的收入和支出、皇家庄园、畜牧业、捕猎、仓库储藏、衣物和食品的制作与采购、祭祀活动、典礼活动、学校、警卫、刑罚、器物制造、零星工程以及皇家生活等等。内务府的重要部门包括广储司、会计司、都虞司、掌仪司、庆丰司、慎刑司、营造司、上驷院、武备院、奉宸苑。侍奉皇帝及其家属生活起居的宦官、官女，设置敬事房进行管理，也属于内务府的管辖范围。内务府的最高官员是总管大臣，其职位并无固定人数，由宗室王公或旗人官员担任或兼任。各机构的员工，除广储司的六库四郎中有两人由各部司员兼任外，其余人员均由宗人府的包衣中选任。
宗人府，宗人府是清代皇族事务的主要管理机构，其直接向皇帝负责。宗人府的最高领导是宗令，由皇帝亲自任命。在宗令之下设有左右宗正以及左右宗人，共四人，他们协助宗令处理各种具体事务。宗人府的职责不仅包括负责皇族的户籍管理、继承事宜、编写家谱，《玉牒》的录入、祖宗祭祀、教育、约束族人等一般性事务，更重要的职责还包括皇族的赡养、婚姻事宜、王公的分封、对王公的管制和惩处等等。
理藩院，理藩院是清朝中央政府设立的专门负责处理边疆少数民族事务的机构，同时也负责处理与俄罗斯、朗儿喀等国的交涉和通商等事务，但在威丰朝末期，与俄国的外交事务被划归到了总理各国事务衙门。理藩院与六部、都察院地位相当，规模也基本一致。其最高负责人是尚书，副职为左右侍郎和额外蒙古侍郎。理藩院下设有旗籍司、王会司、典属司、柔远司、徕远司、理刑司共六司。
理藩院的职责包括： 处理各少数民族事务，如封袭、朝觐、征税、划定游牧范围等。它们还负责制定少数民族地区的禁令，修订其法律如《蒙古律》《番律》《回律》《苗例》，审理该地区的刑名案件。另外，理藩院还派遣官员悼少数民族地区处理具体事务，并定期更换。理藩院还设有内馆、外馆，分别安置内札萨克、外札萨克年班来京朝贡的人员。由于管理少数民族事务需要精通其语言文字，因此，清廷在理藩院下设立了蒙古馆学、唐古特学、托忒学，以培养蒙文、藏文、托忒文的翻译人才。
总理各国事务衙门
通常被简称为“总理各国事务衙门建筑遗存”或“总署”，是威丰十一年（1861年）2月成立的对外事务机关。在第二次鸦片战争结束时，与西方各国的交涉事务急剧增加，清廷不得不设立专门机构来处理。随后，随着洋务运动的兴起和扩大，该机关也开始处理所有与此相关的“洋务”和传教事务。光绪二十七年（1901年）时，该机构更名为外务部，并排列在六部之前，成为中国的第一个近代意义上的外交机构。
总理衙门设有总理大臣和章京两种官员，其中章京负责公文和其他日常具体事务。最初设有三位总理大臣，后来增加到七或八人，最多时达到十几人。总理大臣始终以宗室亲王为领班，前为恭亲王奕诚，后为爱新觉罗·奕劻奕劻。总理各国事务衙门建筑遗存的职责根据所处理的国别和性质分为五股：英国股、法国股、俄罗斯股、美国股、海防股。当总理衙门更名为外务部后，设立了四个司：和会司、考工司、算司、庶务司，各司分管不同性质的对外事务及洋务。另设英、法、俄、德、日五处，分办与各国的外交事务。外务部还附设储才馆，以培养外交人才。
在清代，地方行政制度基本上继承了明朝的制度，其中省级为最高行政区划，下设府及州县两级，州县以下没有设置官员，而是采用保甲制、乡约、宗族等进行辅助治理。
在清代，总督则管辖一省、二省或三省，其品级通常高于巡抚。清朝初期，督抚的设置和管辖区域经常变动，到了乾隆中期，这种情况才开始稳定，全国共设有8位总督，分别是：直隶总督，管辖直隶一省；两江总督，管辖江苏省、安徽、江西省三省；闽浙总督，管辖福建省、浙江省二省，并在光绪十一年（1885年）后增加了台湾省的管辖；湖广总督，管辖湖南省、湖北二省；陕甘总督，管辖陕西省、甘肃省二省，并在光绪十年后增加了新疆省的管辖；四川省总督，管辖四川一省；两广总督，管辖广东省、广西壮族自治区两省；云贵总督，管辖云南省、贵州省二省。[90]光绪三十三年（1907年）4月20日，清廷下令裁撤原有的沈阳市、吉林市及黑龙江将军建制，分别改设为奉天、吉林和黑龙江巡抚；改盛京将军为东三省总督兼管三省将军事务，随时分驻三省。
另外，全国共设有18个巡抚省份，分别是：山东省、山西省、河南省、江苏省、安徽、江西省、福建省、浙江省、湖北、湖南省、广东、广西、云南、贵州、陕西省、甘肃省（自乾隆二十九年后取消设置，由陕甘总督兼理）、新疆（自光绪十年设置，兼理甘肃事务）、台湾（自光绪十一年建省设巡抚）。这些省份中，直隶和四川省等一省管辖的省份没有设立巡抚，而山东、山西、河南等省份则只设立了巡抚，没有总督的管辖。到了光绪三十三年（1907年），东北地区设立了沈阳市、吉林市、黑龙江省三个省，并在每个省都设置了巡抚。
总督和巡抚都负责管理辖区的军政、民政、财政，考核各级机构官员并奏请升迁调补，审理刑案、监临乡试，有的还兼理盐政、漕务、关税等事务。他们也指导和节制辖省的布政使、按察使、提督以及道员、知府、知州、知县等所有下属官员。每个省都设有布政使司和按察使司，简称布、按二司，其长官分别为布政使和按察使。布政使（也称承宣布政使、方伯）主管民政、财赋，并考察府州县官以报告给督抚。按察使（也称台或廉访）负责刑事，并兼办省内的驿递事务，乡试期间充任监考官，大计（地方官考核）时充任考察官。
省以下设置有道，道的主官为道员。道的设置非常复杂，大部分为分守道（简称守道）、分巡道（简称巡道），每道管辖一个或几个府或直隶州、直辖厅。道员是辅助布政使、按察使管理辖区事务带有监察色彩的行政官，还多兼理该地区某项重要事务，如兼驿传、水利、河务、关务、屯田、明朝军事等等。还有一些道并无下辖区划，而负责管理全省某项事务，如管理粮储事务的粮道，专管河务的河道，督理盐务的盐法道等。
府的长官为知府，总理府下所辖州县事务，下设佐武官同知、通判，分管赋税、治安、刑名、水利等事务。府的首领官有经历、知事、照磨等，分理公文卷宗方面的具体杂务。县的长官是知县，州的长官是知州，州县官为所谓的“亲民之官”，这是因为州县是基层行政单位，其长官与百姓直接打交道。州县官统理该州县的所有各类事务，政务繁重，包括属员考绩、造报户口清册、征收钱粮赋税、救济火荒、祭祀、教育考试、社会治安、驿传、刑案、水利及工程建设，以及宣谕教化等等。
清朝时期，官员的选拔主要依靠科举考试和学校教育，此外，还有捐纳、举荐、世爵世职制度以及吏员考取等多元化的途径。
科举考试是主要的选拔方式，经过一定教育的学子需经过官方举行的严格考试，合格者称为生员或诸生，俗称秀才。他们将在府、州、县学进一步学习，通过选拔后，合格者可参加每三年一次的省级乡试，乡试考中者称为举人，有资格参加次年在京城举行的会试。会试考中者称为贡士，贡士再通过殿试，赐予出身，成为进士。一旦考中举人或进士，就取得了为官的资格。
另外，科举考试还设有“制科”，这是针对某一方面人才的专项考试，例如博学鸿词科、孝廉方正科以及经济特科等。制科候选人由官员推荐，经过朝廷考试，考中者将被授予相应职务。
学校是另一种选拔官员的主要途径，主要包括国子监以及八旗的各类官学。国子监是全国的最高学府，学生分为贡生和监生两种，他们有不同的入学方式，完成学业并通过考试后，可以取得授官的资格。
捐纳是通过向政府支付一定金额或物资来换取官职或某种资格、职衔的方式。清朝的捐纳主要分为“现行常例”和“暂行事例”两种。举荐制度是清朝初期设立的一项措施，允许官员推荐地方才干之士以及山林隐士为官。雍正年间，地方长官可以推荐表现出色的师爷，朝廷经考察后可以任命他们为官。
世爵世职为官是一种世袭制度，获得公、候、伯、子、男以及轻车都尉、骑都尉、云骑尉、恩骑尉等爵位的人也可以被授予官职。这种入仕途径的大部分是旗人。
1901年1月，慈禧以光绪帝的名义在西安市行在颁布“预约变法”的上谕，宣布开始新政改革，改1860年设立的总理各国事务衙门建筑遗存为外务部，设置商部、学部、巡警部和练兵处、财政处五个中央机构，裁撤河东河道总督、漕运总督、总督同城的湖北、云南、广东三省巡抚以及粤海、淮安两关监督和江宁织造等地方机构，此外照博学鸿词科开经济特科，下令编检以上各官专心学习经济、政治等学科，庶吉士入京师大学堂、签分到省知县入课吏馆学习。
1906年9月1日，慈禧下谕宣布预备立宪并先行厘定官制，除军机处、内阁、外务部、吏部、学部保持原样外，财政处并入户部并改称度支部；练兵处、太仆寺并入兵部并改称陆军部；工部并入商部并改称农工商部；太常寺、光禄寺、鸿胪寺并入礼部；巡警部改设为民政部；刑部、理藩院、大理寺分别改称法部、理藩部、大理院，同时设置邮传部、税务处、资政院、审计院和暂时隶属于陆军部的海军处、军谘处。除外务部外各部不分满汉，设尚书1名和左右侍郎各1名，各部内部统一设置承政厅、参议厅两个办事机构。次年4月20日，清廷下令裁撤原有的盛京、吉林及黑龙江将军建制，分别改设为奉天、吉林和黑龙江巡抚；改盛京将军为东三省总督，兼管三省将军事务并随时分驻三省。
1908年11月，光绪帝和慈禧相继去世后溥仪继位，其父爱新觉罗·载沣担任摄政王并主持国政，载沣下令军机大臣仿照立宪国的副署制度行署名之制，督促各省成立谘议局并颁布法院编制法和地方自治章程，之后成立资政院并着手拟宪法。此外清廷还将内阁、军机处、会议政务处、宪政编查馆、吏部、中书科、稽察钦奉上谕事件处、批本处等衙门一律裁撤，改组礼部为典礼院、盐政处为盐政院、军谘处为军谘府，同时增设弼德院参议国务，改革官俸制度并优给行政费用，最重要的是清廷于1911年5月8日颁布《内阁官制暨内阁办事暂行章程》组建责任内阁，将其作为最高行政机构，并规定由国务大臣组成内阁，国务大臣由总理大臣1名、协理大臣1名或2名以及各部大臣担任，13名阁员中满、蒙贵族占9名，其中皇族5名，因此被称为“清朝责任内阁”。
清朝在地方社会中实施了保甲制度，该制度主要针对非满族的其它民族百姓。十户组成一牌，每个牌设立一名牌头，每十牌构成一甲，设立一名甲长，每十甲构成一保，设立一名保长。由于乡村的规模差异较大，因此，具体的组织方式因地制宜。对于较大的村庄，可以独立成为一个乡，每个乡设立一个保长，这也被称为乡保。对于散落的小村庄，可能会合并几个或十几个村庄成为一个乡，然后再按照自然村落划分牌和甲。甲长和牌头的职务也可能实行各户轮流充任的制度。保甲长的主要职责是约束乡民，查处和举报违法行为，如盗窃等。
朝的旗人社会由八旗体系管理，采用了旗（固山）、参领、佐领三级管理体系，这三个层级分别对应了省、府、州县的行政单位。旗人的身份归属取决于他们所在的旗，这个旗便是他们的旗籍，即他们的籍贯。旗人被称为某旗人，比如镶黄旗的满族，正蓝旗的蒙古族，正红旗的汉军人，这类似于民众被称为某省某县人的方式。
在清朝的八旗制度下，每色旗分为满洲旗、蒙古旗、汉军旗三旗，共计二十四旗。隶属皇帝上三旗的包衣奴仆独立编旗，被称为内务府包衣三旗。每个旗的最高行政官员是都统（在入关前被称为固山额真），其下的每个参领设有参领（即入关前的甲喇额真），作为中层组织的长官；参领下面的各佐领设有佐领（即入关前的牛录额真），作为基层组织的长官。包衣三旗没有都统，由内务府管理，下设参领，参领之下设有满洲佐领（有满洲、蒙古包衣）、旗鼓佐领（汉人包衣，或称包衣汉军）、朝鲜佐领、回子佐领，以及分管、管领（比佐领编制小，又名浑托和），佐领、管领的长官分别名佐领、管领。
入关后的八旗成为满族统治者维护其主体统治的主要军事支柱，因此他们加强了旗人的军事职能，使旗人脱离了生产，变为职业兵和后备旗兵，只靠旗地地租和兵饷为生。
在清代，蒙古族主要分布在大漠的南北、漠西的天山以北和育海地区。为了管理这些地区的蒙古各部，清政府实施了盟旗制度。在盟旗制度中，“旗”是指满族统治者根据他们的八旗编制方式而设立的蒙古族组织，其基本单位同样是佐领，按户数编制。在旗之上设立盟，盟的含义是会盟，清政府规定，每个盟下的各旗需要定期举行会盟，因此在每个盟设有盟长和副盟长，由清廷从各盟蒙古王公中挑选，负责召集该盟的会盟，监督并检查中央政策和法令在各旗的执行情况，并讨论政治、军事、司法等重大事项。
在清朝，伊犁将军被设立为新疆地区的最高军政长官，主要管辖天山南北的回族部落和少数的蒙古族（主要分布在天山以北）。在主要的维吾尔族地区，清廷则实施伯克制度。在乾隆皇帝统治期间，清平大小和卓之战被平定后，清廷在伊犁、鸟什、喀什噶尔、库车市、英吉沙尔、喀喇沙尔、阿克苏市、叶尔老、和圆、伊里齐等城市任命回族本族人为伯克官员，并改变了原来的世袭伯克制度为任命制，官位的级别根据中央官制定额缺和品级，从三品至七品不等。不同职权的伯克以不同的称号来区别，例如负责综合政务的伯克称为阿奇木伯克，而负责征收粮赋的官员被称为商伯克。
在清朝初期，西藏自治区地区受到额鲁特蒙古和和硕特部的控制，当地的政务由这两部汗和达赖喇嘛任命的藏族领主、酋长等官员管理。清廷通过册封和硕特部汗与历代达赖、班禅来体现其对西藏的统治。在康熙皇帝末年，清廷授予噶伦权力来管理政务。雍正皇帝时期，清廷封授藏族贵族为藏王，让他们总理西藏事务，并派驻藏大臣协助处理政务。到了乾隆皇帝的时期，由于清廷觉察到藏王擅权，于是废除了藏王制，建立了由驻藏大臣和达赖喇嘛共同任命官员、共同监督、管理西藏自治区行政的制度，这一制度从此被固定并延续下来。清廷规定，达赖喇嘛主持全藏的政令，班禅喇嘛主持后藏的寺院及其教民。行政制度和措施的制定则要在驻藏大臣的参与下完成。负责直接管理西藏地方行政的机构是驻藏大臣衙门，驻藏大臣的具体职权包括：制定行政法规，与达赖共同任命、调动、补充西藏的文武官员和僧官；监督财政收支，参与修改赋役政策；指挥中央驻藏军队，督导西藏地方军队，维护西藏的稳定；复审司法案件；处理外交事务；主持金瓶掣签，管理达赖、班禅等活佛的转世继承，以及处理藏内和西藏自治区与其他地区的宗教事务。
清朝在将首都设定为北京后，以原首都沈阳市（现沈阳）为陪都，此地被称为留都。这里设立了一名留守大臣，负责指挥八旗军队的驻守。自顺治十五年（1658年）起，模仿中央政府的体制，逐步在盛京设置了五个部门，包括户部、礼部、兵部、刑部和工部，任命了一批从侍郎以下的官员来管理盛京的各项事务。此外，盛京还设有内务府，负责处理与皇官礼仪、典籍收藏、陵寝祭祀以及皇家庄园等相关事务。在顺治十四年，仿照北京京府和顺天府的制度，盛京设立了奉天府，管理盛京及其周边的各州县。
沈阳市的驻守大臣在康熙帝元年（1662年）被更名为“镇守辽东等处将军”，并在乾隆十二年（1747年）确定为“镇守盛京等处将军”，即盛京将军。在吉林市地区，原设有宁古塔将军，于康熙十五年（1676年）迁驻吉林，乾隆二十二年（1757年）被改为吉林将军。黑龙江省地区，于康熙二十二年（1683年）在黑龙江城（现哈尔滨市）设立将军，经过两次迁移，康熙三十八年确定驻地为齐齐哈尔市，仍称为黑龙江将军。这三个将军不仅是驻防的军官，而且分别兼理了各自地区的民政、司法、财务以及边防事务，他们是东北地区的最高军政长官。到了光绪三十三年（1907年），东北地区设立了沈阳市、吉林市、黑龙江三个省，并在每个省都设置了巡抚。同时，盛京将军被改为东三省总督，兼管三省军事，其他两个将军的职务被撤销。
喀尔喀四部八十六旗，统称为外札萨克。自从雍正时用兵准噶尔汗国，便在乌里雅苏台筑城驻兵，以木头筑城，中间填土，高丈六尺，厚一丈，建在乌里雅苏台河北岸。光绪七年（1881年），收还伊犁哈萨克自治州，改订条约，准许俄国人在乌里雅苏台通商，等到商务兴旺，再设领事。定边县副将军治理乌里雅苏台。总统四部兵，内蒙古自治区各部兵统於各部札萨克，兼理札萨克图汗、赛音诺颜两部事。又设库伦办事大臣，库伦在土喇河上游西岸，有人口三万，喇嘛教徒甚多。
乾隆时，清统一准噶尔之战部，改霍城县为伊犁。乾隆二十五年（1760年），设办事大臣。乾隆二十七年（1762年），设伊犁将军，节制南北两路，以参赞大臣作为副手辅佐。最开始设两名，不久裁撤一名。乾隆二十九年（1764年），设锡伯营、索伦、察哈尔领队大臣各一名。乾隆三十年（1765年），设额鲁特领队大臣。乾隆三十四年（1769年），设惠宁城领队大臣。
清朝的法律体系基本继承自《明律》，经过多次修订和内容扩充，发展成了具有清朝特点的“律例”，即《大清律例》。该法典的内容可归纳为以下几个部分：名例律：主要规定各类犯罪的处罚，例如十恶罪（包括谋反、谋大逆、谋叛、谋恶逆、不道、大不敬、不孝、不睦、不义、内乱等）的严厉惩罚。八议：对于皇亲国戚、皇帝故交旧友、贤臣、功臣、能豆、高官显爵等八种人犯罪减刑、免刑的规定。
《大清律例》分为吏律（对官吏的渎职违法行为）、户律（包含田宅、婚姻、贸易、借货、交纳赋税、钱法、盐法、茶法以及官员在钱粮收文等方面的违法行为）、礼律（对各种违反礼仪制度之行为的惩处）、兵律（对违反军法及在宫卫、关津、邮驿等方面犯罪行为的惩处）、刑律（对盗窃、人命、斗殴、晋骂、犯奸等性质的案件以及官吏在断狱、捕亡等方面的违法、失职以及官员受赃、诈伪等行为的惩处）、工律（对在营造、河防等方面失职、犯罪行为的惩处）。
《大清律例》将五种刑罚（答、杖、徒、流、死）适用的罪行分列出来，每种刑罚又分等以定轻重。另外还有比引律即针对没有明确规定的罪行，根据类似的罪情进行比附判决的条文。除此之外还有律图，包含六赃图、五刑图、狱具图、丧服图以及各种赎罪例图等。
在清朝时期，财政收入的特点主要有三个方面：首先，实物征收大幅减少，除了漕粮，其他的赋税大部分已转为货币征收，而且主要以贵金属白银为主。其次，商业税收在总收入中的占比逐渐增大。在康熙朝平定三藩之乱后，商业税收大约占总收入的18%，到了乾隆中期，这一比例增至近25%，到了光绪中期已达到了大约50%，这改变了中国历代国家财政收入大部分来源于农业税、人头税或丁税的情况。第三，清朝时期的税收金额较大。与明代相比，例如明朝万历初年和崇祯初年，中央财政年收入约为1200-1400万两银子，而到了清朝的乾隆中期，这一数字已经增至4800万两，到了光绪十七年（1891年）更是增至8968万两。光绪三十四年（1908年）的岁入总额为2.348亿两，次年增至2.81亿两。
清朝的财政策略中包含了“永不加赋”和“赋税免”两个重要原则。所谓的“不加赋”是指政府对应征赋额的决定保持固定，即便在战争、河工等大项开支的情况下，也不会额外加征赋税。这主要体现在直接向百姓征收的地丁钱粮方面。另外，清朝也经常进行赋税的蠲免，这包括对遭受自然灾害如水灾、旱灾、蝗灾、霉病等地区的钱粮蠲免，战争期间的税收蠲免，以及皇帝出巡经过地区的地丁钱粮免征。据统计，康熙和乾隆两朝的赋税蠲免额度高达3.5亿多两银。
"推丁入亩"是清朝的一项财政政策，该政策将所有的丁银都纳入土地税中。从此，丁又税从赋役征收中被取消，转变为田税，没有土地的人口不再需要交纳丁又税。同时，地丁银转为田税，主要由经济条件较好的土地所有者支付，从而使得国家的赋税征收更加有保障。实施推丁入亩后，税收制度变得更加简化，无权无势的小土地所有者的税赋负担相对减少。
实行推丁入亩后，政府不再进行人口的编审，这削弱了政府对百姓的控制力度，劳动者获得了更多的人身自由，可以离开家乡去其他地方寻找生活来源。推丁入亩实行后，征收的赋税仍然按照原有的方式称之为“地丁钱粮”，但实际上，丁税已经变为田赋，所以有时也直接称为“田赋”。这种征收制度基本固定，只是对新开垦的荒地规定了课税的年限和征税额度。随着开垦荒地的不断增多，田赋的征收额也相应增加，由康熙朝末年的2990万两增至爱新觉罗·旻宁朝中期的3330多万两。
为了维持政府运转，清政府通过实行捐纳（即卖官）、苛捐杂税以及耗羡来增加收入。每当出现大规模的战争、河工、灾难等大项开支时，就会实行捐纳。例如，爱新觉罗·颙琰三年的川楚善后捐收入为3000余万，九年的修河决捐例连续收了三次，总收入达到2100万两。清朝共开了60多次捐。
在清代，漕运被视为宫廷、王公官员和京师八旗兵丁的主要粮食来源，因此，对漕粮的征收和运输给予了极高的重视。清代沿袭明代，设置漕运的负责官员漕运总督一职，掌督理漕务。漕粮的征收通常从秋季的10月开始，持续到次年的二三月份。清朝政府向江苏省、浙江省、安徽、江西省、湖南省、湖北、河南省、山东省这八个省份征收漕粮，定额为400万石，但在折合和截留用于其他用途的部分后，实际征收量通常在300多万石。每年，大量的漕粮通过大运河北运至通州区和北京。
漕粮主要以大米为主，其中被运到北京仓库的称为“正兑米”，供八旗兵丁食用；运到通州仓库的称为“改兑米”，作为王公百官的俸禄米；此外，漕粮中还有所谓的白粮，主要是从江苏省的苏州市、吴江区、常州和太仓市以及浙江省的嘉兴市、湖州市征收的米，分入京仓和通州仓，供应内务府和光禄寺，作为官廷用米和紫禁城兵丁、内监与王公官员的俸米等。漕粮中还包括豆和麦两种，豆类主要征收于山东省和河南省两省，作为京师官兵所养马、驼的饲料；麦类主要征收于河南，入京仓，供内务府官廷使用。
在清代，负责纳税的户籍不仅需要交纳规定的漕粮，还需要承担收漕、兑漕衙门的费用，运军的运费，以及在征收、兑换、运输和存储京通仓等环节中的损耗。这些费用分为两大类：漕耗（或简称耗）和漕费（或简称费），由纳漕户承担。从爱新觉罗·旻宁二十八年（1848年）开始，苏州市、松江区和太仓市的漕粮开始通过上海市租用货船海运至天津市。
咸丰初年以后，由于太平军占领了江苏省、安徽等地，南粮北运的方式中断。威丰五年（1855年）河南坝头乡黄河决口，改道入海，河运变得极为困难。从此，大部分漕粮逐渐转为海运。在这一时期，征收和运输漕粮的方式发生了一些变化，南方的一些地区的漕粮改为征收银两，同时，东北地区的地方官员鼓励商人将东北的米豆运到天津、通州区，以供京师使用。
耗羡本是地方官员在正额赋税之外的非法加征，用于私人使用。雍正二年（1724年）以后，这些非法的加征被纳入公款，作为正式的税收。这些额外的收入明确规定用于支付官员的工资和公务费用。到了咸丰朝，由于财政困难，清廷又实行了新的财政策略，即收取厘捐，这是对商人的货税抽取，用于国家的财政支出。虽然名义上这种税收来自富商，但实际上，由于对生活大宗商品如百货、食盐等的厘金抽收导致物价飞涨，厘金的收取最终还是落到了普通百姓身上。
清代的主要货币有两种：白银和铜钱（又称钱）。大宗交易通常使用白银，而零星交易则用铜钱。在清代的远程贸易、社会交流以及政府收支中，白银是主要的货币。银钱比价以银为标准，其价值是固定的，即"以银准钱"。清代的银两采用元明时期的锭形，根据其形状和重量，有元宝、中远、锞子、滴珠等类型，各地的形状各异。铸造银两有专门的行业或机构，称为银铺，也称为炉房或银炉，包括官方和私人两种。官银铺主要属于官府的税收机构或府库等附设设施。乾隆年间规定，各省解送中央的地丁元宝，需要凿印熔铸的年月，以便检查，如果质地不足，或者元宝的底面和上部的质地不一，除了将责任人治罪外，所解的银两会被运回，重新熔铸交给清政府。
清政府还规定对制造假银的人进行严厉的惩罚，如使用锡锞冒充银、将锡铅铁等用药水煮后冒充白银、在银锭中凿孔注入铜铅，以及将铜铅熔锭外面包银使用的人，将被判处徒流等刑罚。银的质地和重量是使用中的两个主要问题。官府发放的银两被称为“纹银”，其质地定为十成，又称为“足纹”。各地流通的各种名目的银锭，质地各异，交易时都以官府的纹银为标准折算。
由于洋银元流入日多，对中国金融影响越来越大，光绪十三年（1887年），两广总督张之洞奏请在广东省设铸币厂以机器制银元，获得批准。两年后，该省铸造的银元开始流通，所铸银币名为“光绪元宝”，背面铸有龙形图案，俗称龙洋，清政府下令可作为通用货币使用。此后，湖北、江西省、直来、浙江省、江苏省、安徽、沈阳市、吉林省，四川省等省也相继开局铸造。由于未规定统一规格，且各省以铸币而谋利，致使各地银元成色不一、式样不同，影响了银元在全国范围内的流通。光绪二十五年，规定各省银元统一由广东、湖北两省铸造，并于三十一年，在天津市设立造币总厂，铸造金、银、铜三种货币。
清代继续采用历代的传统制度，将铜钱的铸造和发行权完全置于官方的管控之下，在中央和各个省份设立了铸币局，这些局由政府规定钱的铸造样式、原材料成分、重量以及在流通市场上的价值，并统一铸造和发行，同时严厉禁止私人铸币。所谓的"钱法"，实际上就是管理货币的铸造、发行和流通的相关法规。
清代的金融业，由于商品经济的扩大以及外国在华金融资本的推动，比以往各个时期有了更为显著的发展，主要体现在钱庄、银号、山西票号的兴盛以及银行业的起步。钱庄和银号是以经营货币兑换和存款业务为主的金融机构。在上海和长江流域的地区，这类金融机构主要被称作钱庄，而在北方和华南地区，它们通常被称为银号。中日甲午战争后，外国银行开始在中国内部市场进行汇款和存款业务。中国的第一家银行是由外国资本设立的，1845年，英国在香港特别行政区和广州市设立了丽如银行，并在1847年后在上海等地设立了分行。中国的第一家自设银行——中国通商银行，于光绪二十三年（1897年）在上海设立，由盛宣怀主办。此后，各地的商办银行也逐渐设立，如光绪三十二年，上海市设立了信成商业储蓄银行。次年，为了适应浙江省自设铁路的股款筹集需求，浙江铁路公司在杭州市设立了浙江铁路兴业银行（后来更名为浙江兴业银行）。
康雍乾时期的清帝国，地域辽阔，国力强盛，邻边诸小国，纷纷遣使来朝，建立通好关系，定期朝贡，贸易通商。有些国家，尊清王朝为共主，清王朝把它们当做周边藩属，并负有在军事、政治等方面予以保护的义务，形成主属关系。这些国家称清帝为“大皇帝”，其国主称王，向清帝称臣，每代国王、王妃、世子（王储）都须经清王朝的册封，由清王朝颁给敕书、印信。“凡遇朝使册封至其国”，该国王、臣须对清帝敕书行三跪九叩头君臣之礼，每逢清王朝有重大庆典，周边诸国派遣使团，携贺表、贡物前来，与清廷臣僚一起，拜伏于金銮宝殿，山呼万岁。这就是以“天朝”天子自居的清帝所津津乐道的“万国来朝”的盛况。这些藩属国主要有朝鲜、琉球王国、越南（先称安南）、泰国（今泰国）、缅甸、南掌（即老挝）等国。总体上，清朝在第一次鸦片战争之前与外国的关系分为朝贡关系和通商关系，负责处理外交和通商事务的机构是礼部和理藩院，礼部大体上掌理同东部和南部国家的事务，理藩院则主要经办同北部和西部国家的事务，其中俄国是北方邻国，由理藩院掌管；清政府曾在东南沿海开放四各口岸，之后改为只准外商在广州市一处通商，并成立公行以专营对外贸易。外商遇有要求，须经公行转递，由广东省地方当局处理，偶有外国使节要求来华，也须经公行转递，并由两广总督奏报，交军机处和中央有关部门复核，听候清廷裁决。
第一次鸦片战争后，清朝闭关锁国的局面宣告结束，清朝原有的外交制度已无法适应当时形势。1842年中英《南京条约》签订之后，西方国家即向中国五口正式派驻领事，至1858年中英《天津条约》 规定中英两国有互派常驻使节驻京的权利。面对资本主义国家的强势进入以及中外交涉的日益频繁，清政府于1861年1月设立总理各国事务衙门建筑遗存，由此清政府在屈辱和无奈中拉开了中国外交近代化的帷幕，中外交涉逐步向规范化迈步。1875年8月28日，清廷派出中国第一任驻外公使郭嵩焘为中国“出使英国钦差大臣”，同年12月，清廷派陈兰彬为驻美兼西、秘公使，后逐年增加派驻国家，至清末公使派驻国达16个，派驻外国公使、副使64人。1876年9月总理衙门会同户部向清廷奏呈《出使章程》十二条并于次月施行，其中依照国际法外交惯例，将出使大臣分为头二三等，都是钦差的身份，分别以一、二、三、四品官员充任，任期为三年，但只是临时性的兼差并非实官。直到1901年，清政府改总理各国事务衙门建筑遗存为外务部，并对其进行一系列改革，至此清代外交机构已正式与国际惯例接轨。1907年外务部明确将外交官定为实官，且分为十六级，正式确立对驻外大使馆的人事任免权，且驻各国使馆每馆设二等、三等参赞各一人，二等、三等通译官各一人， 一等、二等书记官各一人，商务委员一人，共七人。
八旗兵，作为满族维持统治的主力军事力量，其中略超一半驻扎在京师，被称为禁旅八旗；剩下的略少一半驻扎在各地，被称为驻防八旗。禁旅八旗分为多种兵营。骁骑营由骑兵（又称马甲）组成，满洲、蒙古、汉军八旗共有24营，各旗都统为最高指挥官，汉军骁骑营还配备有枪营、炮营、藤牌营。骁骑营是八旗的主力部队。护军营是由满洲旗和蒙古旗中的精兵组成，总共有8个营，每个营设立一个护军统领，主要负责守卫紫禁城和皇帝出城时的护卫以及行官的保护。京城八旗的步兵（又称步甲）组成步军营，其统领官为步军统领，又称九门提督。步军统领同时指挥驻京的绿营兵——巡捕五营（包括骑兵和步兵）。这两部分军队负责京师的卫成和治安，其中八旗步军防守内城，巡捕五营防守外城和京郊。
步军统领的办公地点是步军统领衙门，该衙门除了负责京城的守卫、监督内城的九门和外城的七门、夜间巡逻等任务外，还负责京城的保甲编查、罪犯缉捕、民刑案件审理等任务。上述各营都有各自的统领武官，互不统属，也没有集中的将领统辖。驻防八旗部署在全国各重要地方。畿辅驻防在北京南部各县、北部山海关区至张家口市一线的重要地点，以及热河、围场满族蒙古族自治县等地。
绿营兵，相较于八旗兵，主要由汉族人士组成，其成员大多来自于世代从军的家庭。在待遇方面，绿营兵的兵饷通常低于八旗兵。绿营兵的驻扎地遍及全国各省，其驻军据点遍布各地，超过了八旗兵的驻防地点，尤其是在中原、长江以南到沿海，以及西南广大地区。绿营兵的组织结构包括标、协、营、哨、司等级别，其中营是主要的组织单位。在营上，可以设立标或协，也可以独立成营。标的分配则归属于各省的总督、巡抚、提督和总兵。
在清代，边疆的各个少数民族都被强力纳入中央的统治之中，组织和审查他们的壮年男子，形成军队，平时驻守当地，战时被征召。内蒙古地区六盟内的札萨克，以及西套的阿拉善盟和额济纳旗外的札萨克，他们的蒙古兵队都由各自的札萨克王公直接指挥。位于漠北的喀尔喀蒙古和青海蒙古都受到了严格的控制。这些地区的哈萨克王公和盟长都无权调动军队，由驻守乌里雅苏台的定边左副将军、科布多参赞大臣或西宁办事大臣直接指挥。
驻扎在西藏自治区地区的军队分为由内地调来的士兵和西藏本地的士兵两种。在雍正年间，设立了驻藏大臣，并调派了2000名川、陕军兵驻守前、后藏。随着局势稳定，这些驻军被逐步撤回。然而，在乾隆十五年（1750年）后，因为尼泊尔人试图侵犯西藏，再次派遣军队驻扎，由游击、都指挥使司、守备等军官指挥。到乾隆五十七年（1792年），确定了西藏军队的编制，共设额兵3000名，前后藏各设1000名，定日县、江孜县两重镇各设500名。藏兵在当地挑选。管理藏兵的藏族武官分为戴、如琫、甲琫、定琫等级。前藏的藏兵由游击统领，后藏以及定日、江孜的藏兵由都司统领。游击、都司会同戴琫、如琫等定期进行训练，驻藏大臣定期进行检查。
在太平军从广西壮族自治区进犯湖南省时，清政府曾经敕令督抚和在地官员筹建义勇，以保卫各地和协助正规军作战。湘军以营为基本单位，由营长指挥，分为哨和队两级，队是由使用各类兵器的士兵组成，而哨由若干队构成，形成了一个综合兵器的战斗单位。每个营还有炮兵以及类似于重兵、工兵的长夫，每一个勇营都能够成为独立应对各种战斗的野战部队。在营之上，有统领和统帅，统领辖多个营，多个统领归统帅管理。湘军的组成方式与绿营的世袭兵制不同，而是从当地民众中招募。
咸丰十一年（1861年），李鸿章在曾国藩的积极支持下，在自己的家乡淮南、合肥市等地招募了团练武装，曾国藩按照湘军的勇营编制，将其改建为一支独立的军队，被称为淮勇，后来进一步发展，历史上称其为淮军。淮军在招募和组建方式上与湘军相同。淮军调入江浙与太平军作战，同时使用了洋枪和洋炮进行武装。
清朝水师营位于沿海、内河和湖泊附近，主要由绿营兵组成，而一些战略要地的水师则由旗兵组建。从19世纪60年代开始，洋务派创建的福州马尾船政局和江南制造总局开始仿造西洋战船，以增强沿海防务。同治九年（1870年）8月，福建省率先建立了舰队。9月，曾国藩获准设立江南轮船操练局，并组建了江南新式舰队。
由于同治十三年日本侵略台湾的事件，海防形势严峻，清政府计划建立现代化的水师，于次年任命李鸿章和沈葆桢分别督办北洋政府和南洋水师事务。北洋和南洋水师的兵舰不仅通过福州船政局和江南制造总局订造，还从德国和英国等地购进，到光绪十年（1884年），两洋水师初具现代化舰队的规模。北洋水师负责防卫山东省、直隶、沈阳市三省的沿海海域，而南洋水师负责防卫江苏省、浙江省的沿海海域。同时，福建省和广东省的旧式水师也配备了一定数量的兵舰。
清政府为加强海防，在光绪十一年设立了海军衙门。此后，北洋水师迅速发展，至光绪十四年正式建成北洋海军，并在旅顺、威海卫修建军港，作为北洋海军的两个主要基地。宣统元年（1909年），清政府成立海军事务处，将南北洋的各舰改编为巡洋舰队和长江舰队。
1894年（光绪二十年），日军攻占大连和旅顺，清廷随即命令广西按察使胡燏棻在天津小站主持新式陆军的训练，并于次年组建了由步兵营、炮兵营、骑兵营和工兵营组成的“定武军”，以西法为训练方式。同年十二月，袁世凯接手并进行扩编，聘请德国人作为教练，按照德国陆军的营制和训练方法进行训练，更名为“新建陆军”。同时，两江总督张之洞也选拔官兵，编练新式陆军，名为“自强军”，并聘请德国军官作为教练。
为了加强直隶地区的防务，大学士瓜尔佳·荣禄将直隶地区的军队整编为“武卫军”，袁世凯的新建陆军被编为武卫右军，士兵人数扩大到万人。在义和团运动期间，袁世凯受命率军赴山东省防御，又收编了山东的防、练军组成武卫右军先锋队。为了加强中央对各地军权的集权，于1903年（光绪二十九年）设立练兵处，旨在将各省新练新军置于中央的直接控制之下。袁世凯利用其当时直隶总督、北洋政府大臣、会办练兵大臣的职权，在原来武卫右军、武卫右军先锋队之外，扩大编练，最终形成北洋六镇。1910年（宣统二年），清廷先后将六镇新军收归陆军部直接统辖，但军队实权仍在袁世凯手中。
清初政府招抚流民屯垦，对招来的流民百姓给以荒地垦种并借以牛种助资，或是地方政府把招垦之事交给本地有身家的绅衿富户，由他们分领任务并将土地借给垦殖的户口，除了大规模招民垦荒外，清政府还让一部分兵丁屯田垦荒。除此之外，地方政府将本地无主荒地分给垦户开垦种植，同时明确无主荒地的种植产权。康熙年间，除继续执行开垦无主荒地者得产权外，还放宽有主荒地开垦后产权归属问题的规定，同时重新制定开垦土地的奖惩办法。经过顺、康两朝将近80年的开垦，内地原有的荒地已基本得到复垦，国家财政收入有较大增加。雍正年间继续执行康熙年间的土地开垦政策，为增强督垦的力度而恢复了早年的官吏议叙制度，对劝垦州县官及督垦的督抚大吏都准令议叙，同时更加强调维护垦荒者利益，放宽旱地开科年限后促进了山区的开发，但在限年开垦的紧迫驱使下出现谎报和瞒报现象。乾隆即位之后纠正前朝土地开垦谎报的风气，同时鼓励人民开垦田边地角零星 荒地、山地，沿海沙田、荒岛，围湖造田等，大力推行边疆开垦计划。虽然垦殖面积逐渐增加，但同时对自然环境产生了破坏性的反作用，从嘉庆帝开始清政府加强对土地和自然环境的保护。
明末清初时期由于中国正处于小冰河时期，气候异常下降，导致全国性的饥荒和瘟疫爆发，再加上明末农民大起义和战争的影响致使人口出现大滑坡，直到17世纪50年代中前叶（顺治中期），全国人口最多不超过一亿。康熙中期之后，由于国内大规模的军事斗争结束，社会环境安定，清政府开始着力恢复社会生产并休养生息，直到“康乾盛世”结束之前，中国的人口已超过三亿，人口年平均增长率进至12.75%。道光十四年（1834年）之后中国开始迈入“四万万同胞”的大国行列。
清代的人口约有94%左右居住在农村，而主要从事农业的人口大约占据总人口的90%，并且主要是汉族和以农耕为主的民族。在非农业人口中，工匠手工业者占有相当的分量，他们中有的居住城镇设作坊经营，也有的成批受雇于人，布于乡间农村的手艺人，多从事与人们日常生活关系密切的劳作，此类工匠手工业者加起来接近百万人，而海船和内河船的船运人员相加也在百万人以上，除此之外包括开行设铺的坐贾和肩挑背负的游走商人在内，商人的数量也超过百万，取得秀才资格或贡监出身以上的地主乡绅阶层人口将近千万。
清代自乾隆年间开始，人口急速增加，人多地少的矛盾日趋突出，促使双季稻种植区域的不断扩大，但由于双季稻和三季稻对气候、水利、地力和人力成本的要求较高，一般都在人多地少的精耕地区，而四川成都平原和江浙地区的太湖平原不适宜种植，反而实行稻麦、稻豆连作；而在广东省、江西省、闽东南地区、浙江温州、台州市以及宁波市、绍兴市等府、安徽桐城、庐江县等县，云南省、贵州省的某些河坝地种植双季稻，在广东、福建省等少数地方也种植三季稻。北方旱作农业区，主要以种植豆麦为主，另外还有黍、稷、高粱之类，直到清代中叶外来引进的玉米产量增长，一般在河南省、河北省、山东省等地都是两年三熟，而陕南的汉中盆地属水稻作物区，其河谷多实行稻麦两熟。
十八世纪中到十九世纪初（乾隆中期到爱新觉罗·颙琰、爱新觉罗·旻宁年间），大批农民进入山区垦殖荒地，适合山地种植的玉米得以大规模推广，并且成为这些地区最重要的粮食品种，诸如在云南省、贵州省、广西壮族自治区等多山地区，还有皖南的徽州、宁国市和池州等府；最早多渠道引种番薯的为东南沿海地区， 清初雷、廉、琼等府以及广西某些地方种植番薯则是由广西茂名县（高州府）传播而来，进而传播到云南、广东省、福建省、浙江省，到乾隆晚期止，全国除甘肃省及边疆地区外，各省都已受种番薯。直到1840年，清朝全国平均粮食亩产238.7市斤，粮食总产274509 百万市斤，人均粮食占有量为653市斤，南方稻作区比北方旱作区的产量较好。
清代商业性的农产品范围广泛，种类繁多，主要是棉花、蚕桑、烟草、茶叶、糖蒿、大豆、花生等经济和油料作物。清代人口大量增加推动棉花种植的发展，除高寒地区和阴湿多雨地区不宜种植棉花之外全国都有种植，棉花种植主要还是农民的自给性生产，全国的重要的商品棉产区包括长江三角洲棉区、山东棉区、河南棉区、直隶棉区、湖北棉区；清代前期为适应国内外市场的需要，浙江省、江苏省、四川省、广东省等宜于蚕桑的地区仍有发展，江南种桑养蚕主要集中于杭州府、嘉兴府、湖州府平原，和苏州府沿太湖一带地区；烟草自海外最初传入漳州市，到清代由于嗜烟的人增多，烟草种植遂在全国迅速推广，直隶、山东省、江西省、湖广、福建等省的产量居全国前列，使得烟草成为居棉花之后的第二大经济作物；清代前期茶叶种植也有很大发展，遍及秦岭、淮河以南各省，尤以闽、皖、浙、湘诸省为最盛，北方除河南省南部、陕西南部产茶外，其他地区的气候均不适宜种茶。
清代的官手工业在明朝的基础上继续趋向衰落，经营范围进一步减少，官营手工业中的盐、铁、有色金属矿等已完全放开民营，满足皇室和政府需求的官营织造业等部门的规模也逐渐萎缩，生产关系也发生根本变化，清顺治二年（1645年）明令废除匠籍制度后，官营工业采用雇募制并计工给值，常年工匠约2000人左右，相较于明朝时期的15000人减少了四五倍。以官营织造业为例，清政府先后重建江宁、苏州市、杭州市三个织造局，承担全部皇室、官府所需丝织品的生产，生产组织方式改为委派民间乡绅富户充当机户并由他们买丝募匠织造。
清代前期棉花种植与棉纺织技术已在全国大部分地区普及，清政府提倡兴纺织之利，地方官员在一些棉纺织业不太发达的地区出资雇募工匠，向当地农民传授纺织技术。清前期，江苏省、浙江省的吴江区、太仓市、苏州、常州、江宁区、嘉兴市等府州仍是最主要的棉纺织区，同时棉纺织业向北方推进，发展起几个新的棉纺织集中区，松江、太仓的棉纺织业最为发达，而苏州府是棉纺织业与棉布加工业集中区，此外江北淮、扬二府的沿海沿江州县也存在棉纺织业，之后随着地区开发好航道的开辟，两湖、云贵等内陆省份的棉纺织业也得到发展，以至于爱新觉罗·旻宁二十年（1840年），全国棉布产量将近6亿匹，市场的棉布流通量占比52%。清前期丝织业进一步集中到江苏省、浙江省、广东省、四川地区，清代丝织品的国内市场有所扩大，每年上市的丝织品商品量在4.9万担，价值在1455万两，丝织生产向城镇集中的趋势加快，丝织生产专业化发展，社会分工进一步扩大。乾隆之后山东省的柞蚕业逐渐向各地推广传播，贵州省、陕西省、湖北、湖南省、安徽、河南省、河北省、云南省、辽宁等地的丝织业相继发展，且普遍实行自由雇佣劳动，直到清代后期商人资本逐渐支配丝织业生产，包买商“帐房”控制丝织生产的全过程。
清前期的农产品加工业种类众多，产品产量增加且商品量扩大，茶、酒、油等在市场流通中占有重要地位。清代由于实行茶引制度并减少官府控制，致使民间植茶业与茶叶加工业发展，制茶技艺显著提高，浙江省、安徽、福建省、湖南、江西省、云南、广东省、广西壮族自治区等省都成为重要的茶叶产区；江苏省、浙江是清前期榨油业最为发达的地区，内陆的湖南省、湖北、四川省、江西、贵州省等省的榨油业也随着经济发展而进步，大豆、芝麻、棉花等产油原料则来源于北方省份，除此之外清代桐柏县树木的推广种植和桐柏油业的发展促使榨油业发展；北方酿酒业以直隶、河南省、山东省、陕西省、山西省五省为盛，但从清朝康熙年间政府采取禁酒政策以限制民间大量造酒，不禁止酒店民户的零星酿酒，酿酒的来源主要是高粱、大小麦、玉米等粮食作物。
清前期的冶炼业一般指金、银、锡、铅、铜等有色金属矿，以及煤、铁等矿的开采、冶炼、锻铸，清政府一方面开放矿禁，一方面又对开矿从报采到征税实行严格管理。清初的政权尚未稳固，鉴于明代的矿税和流民聚集矿区闹事之害，基本上对矿山采取封禁政策；顺治和康熙年间曾开山东临朐和招远市、山西应州、陕西临潼、山东莱阳银矿和古北口、喜峰口等地的铁矿，而只准许云南省开采铜矿，清初的禁矿政策阻碍了民间矿业的正常发展。自雍正末年到乾隆初年，由于政权已经稳定和社会经济发展，对矿产品需求增大，又有各地方官多言矿利，矿业政策开始陆续全面放宽，除金银等矿不许开采外，雍正十三年（1735年）开放广东省、湖南省铁矿开采。到乾隆时期，各地的铜、铁、铅、锡、煤、金、银、硫等矿都相继得到合法开采。自清初直到第一次鸦片战争前，各地相继报开各种矿厂共1109厂，其间又先后停开800余厂，爱新觉罗·旻宁十八年在采厂数为279厂。
受西方资本主义影响，洋务派兴办近代企业，包括军事工业与民用工业。主要有曾国藩在1861年创办的安庆内军械所，李鸿章在1865年建立的金陵机器局、江南制造总局，1872年李鸿章创办的轮船招商局，1890年张之洞创办的汉阳铁厂等。在西方资本主义与洋务运动的双重影响之下，一些民族资本主义近代工业也开始出现，主要集中在船舶修造业、机器制造业、缫丝业、棉纺织业、火柴业以及印刷业等产业，多属轻工业，代表有上海发昌机器厂、继昌隆缫丝厂等，这些民族资本主义近代工业发展艰难，在发展过程中受到封建官府与外国企业的打压，发展速度缓慢，倒闭停产者甚多。
中日甲午战争后，清政府为维护统治，加大了对军工企业的投入，洋务企业得到清政府增拨经费，企业得以扩大，同时，官办民用企业也有所发展。民族资本主义企业在这一时期的发展也较为显著，开设数量和规模都增长明显，产业仍以轻工业为主。
明中叶以后农村集市大规模发展，经过明末清初的战乱天灾后，华北平原等地的农村集市遭到严重破坏。康熙中叶开始，全国范围内的军事行动已经结束，集市随着社会经济复苏而逐渐恢复，全国大多数的州城、县城都设有集市，有些地区还有新的发展，比如华北平原的集市以每旬开市两次最为普遍，清代每旬开市三次、四次的集市有增长趋势，乾嘉年间在川西平原甚至出现每旬开市四次、五次的场市。另外集市的种类也很繁多，包括满足小农一般性需求为主的集市（小生产者之间的小规模交易场所）、保证小农生产性需求为主的集市（牲畜、农具、肥料、树种等）、以某种特产商颉集散为主的集市（粮食市、棉花市、丝绸市、烟草市、庙会）等。清代集市的管理也逐渐进步，主要表现在牙行（买卖双方的中介人）的管理上，清廷规定牙行在评估物价和主持交易之外，还承担为官府征收商税的职责，比如雍正帝下令各州县的集市限制牙行的数额，户部将各州县颁发牙帖的权力收归布政司，以此杜绝地方官吏与牙行勾结，同时安排地方乡绅设立义集规范集市管理。
清代市镇主要的类型有地方供需型市镇（主要为周围地区的乡村居民提供生活生产的必需用品，同时聚集本地产品向外转输）、产品产销型市镇（以本地手工业产品的生产和销售为主体，兼有其他日用消费品，比如生产瓷器著名的江西景德镇）、商业转运型市镇（位于交通枢纽地区的商品转运地，比如河南开封府朱仙镇、药材集散地江西樟树镇）、综合型市镇（既有发达的手工业，又有繁华的商业，清代前期四大名镇之一的佛山镇）、军事型市镇（清代前期兴起的军事性质的市镇）。虽然这些市镇的功能不同，但具备一些共同的特征，比如内部具有坊巷街市和各种经济活动的设施，四周有城墙，市镇的手工业、商业繁盛，商铺林立和商品种类繁多，市镇上一般都是经常性市集，市镇的人口数量增加，人员成份发生变化，其中非农业人口占较大比重。市镇除军事镇外并不一定设置行政机构或派员常驻，而由所属府、州、县衙进行管理。
清代随着社会环境的稳定与经济的发展，地方的商业组织逐渐兴盛，比如闽粤商人是清代从事对外贸易的主要力量、徽州商人经营盐、茶、木并活动于长江中下游以及京师等少数北方大城市、山西省晋商主要经营茶业、盐、布生意并在全国各地都有活跃、康熙中叶后进一步活跃并经营药店和钱庄的宁波商人等。而清代的商业组织主要是外地商人组织的地方性会馆，会馆一般都具有祭祀神灵、兴办义举团结同乡或同行、集议经商事务、提供住宿贮货等经商便利、与牙行斗争等功能，另外清代显著的现象是在顺治年间出现商人公所，多数是行业性组织，也同样具有祭祀、团结商人和促进商业经营的功能。
清代，随着华北平原、长江中上游诸省经济的发展，以及东北地区、台湾、新疆等边疆地区的开发，各区域之间经济联系加强，商品流通规模扩大，作为流通枢纽的商业城市，其分布也与全国性经济布局的变化相一致，呈现出多元的发展格局。与此同时，随着海运的发展，沿海贸易以其运输量大、费用低廉的优势后来居上，形成一个南至闽粤，北抵辽东的绵亘万里的海运线；另一方面，随着长江中上游湖广、四川省等省的经济发展，长江流域的通行也由明代仅限于中下游地区扩展至全线贯通，沿海、沿江商业城市迅速崛起。清代的商业城市主要是随着商品流通而兴起的，其最主要的经济功能就是在流通中的枢纽作用。作为流通枢纽，这些商业城市的经济构成以中转批发业、金融业，以及为商品流通服务的运输、旅馆、餐饮等业最为发达。
清代的商业城市可分为三种类型：聚集型、辐射型和中转性。聚集型商业城市代表为北京，政治中心型城市，因人口大量聚集而带动商品流通，形成商业城市。辐射型商业城市代表为苏州市、杭州市、南京、佛山市和景德镇等，通过城市生产的特色产品，吸引各地商人前往购买，同时带来外地特产，形成商品流通的商业城市。中转型商业城市代表为临清市、淮安市、天津市、上海市和重庆市等，这类城市多位于水路、陆路的交叉口，利用地理位置的便利进行商品交易，进而形成商业城市，这类城市是清代前期发展最为显著也最有意义的一类城市。
明朝晚期至清朝早期是中国古代思想活动相当活跃的一段时期。明朝的君权高度集中，从中期开始，皇帝大多无政事能力，朝政黑暗腐败，土地兼并问题严重。明朝末期的三饷加派使得阶级矛盾激化，最终导致了明王朝的覆灭。而那时的主导思想流派理学，则空谈性理，不讲神治世界。这一系列因素极大地触动了明朝末期的士大夫，他们提出了一系列主张，形成了进步的思想潮流。这种思潮在清朝初期得到了进一步的发展。黄宗羲、顾炎武、王夫之、唐甄、傅山、顏元等是这个思潮的代表人物。
顾炎武、颜元等人反对理学的空谈性理和不讲事功的观念，提倡经世致用。他们专注于研究经世之学，致力于解决现实社会问题。顾炎武提出了“天下兴亡，匹夫有责”的口号，呼吁人们关注社会实际，拯救国家。他的治学方式朴实严谨，学识渊博，尤其在音韵学和地理学方面有突出的贡献。他研究古音是为了帮助学生理解经文，理解经文又是为了修身及处理社会事务；他的地理学注重实地考察，取材于关乎国家和人民生计的内容。颜元的治学观念不仅强调实用，也强调实践，其经世之学更广泛地涉及到社会问题。他提出了富强安天下的具体主张，针对明朝末期土地集中、贫富悬殊导致的阶级冲突和税收问题，提出了“均田”的设想。同期的知名学者李顾也有类似的思想和主张。
黄宗羲的“工商皆本”观点在当时具有一定的进步性。他反对将工商业统称为“末业”，而主张将那些对民生有利，对国家富强有益的工商业，与农业一样，视为本业，应得到保护、鼓励和发展。这种观点在唐甄的思想中也有所体现。
《周易外传》《张子正蒙注》《尚书引义》《读四书大全说》的作者王夫之延续了东汉王充、北魏张载等人的唯物主义，将物质化的“气”视为宇宙万物的本体，并进一步运用自然科学知识论证“气不生灭”的物质不灭理论。王夫之批评了程朱理学的理先于气的观点，反对其超越物质的客观唯心主义，同时也反对佛学和心学的主观唯心主义。他进一步阐述了物质“气”的运动性，其运动的绝对性和静止的相对性，以及事物在运动中的不断发展变化，指出事物的发展变化源于内部矛盾，这种观点汇集了古代朴素的辩证法思想，使中国哲学史上矛盾对立统一的思想向前推进了一大步。在认识论上，王夫之阐述并强调了“知不离行”的观点。
清朝建立后，理学被继续设定为正统的统治思想，皇帝对其进行了积极的推广。康熙皇帝曾命令大学士李光地等人精选明修《性理大全》的精髓，形成了《性理精义》。此外，康熙皇帝还集结了朱熹的论著和语录，编撰成《朱子全书》，并亲自作序。康熙五十一年（1712年），康熙皇帝“以朱子昌明圣学，升十哲”，使朱熹在孔子庙中位列董仲舒、二程等“先圣”“先贤”之上，相比明朝进一步提升了朱熹及其学说的地位。所有级别的学校的教育以及科举考试的主要内容都是四书五经，以及程朱理学家对这些经典的解释。
由明朝转入清朝的学者们，因对明朝空洞不实用的学术风气的不满，积极推崇实用学问，在经学、历史学、地理学等领域取得了显著的成就。他们的学术目标是为了经世致用，采用考实的方法，以考据寻求实用，形成了清初具有独特特色的考据学。顾炎武是清朝著名的考据学大家，为了探求经学的本意，他从考古音开始寻求经学的真理，这方面的成果集合为《音学五书》。黄宗羲在研究经学、史学、天文历算、音律方面做了很多考证工作。他的学生万斯同继承了他的精神，深入研究“三礼”，纠正了后世对礼经解释的许多错误。另一位考据大家是阎若璩，他在考据学上的最大贡献，是证实了东晋梅赜所献的《伪古文尚书》是伪造的。阎若花了三十年的功力，从这部书的各个方面进行推敲考证，写成了《尚书古文疏证》八卷，列出其中的矛盾和错误128条，证实了其为伪造。
考据学在乾嘉时期达到了高峰，并形成了两个流派：吴派和皖派。他们主要研究经学，同时也涉及其他学科。在经学方面，他们为了恢复古代经书的原貌和经义，竭力搜集汉代诸儒的注经和解经著述，研究古音和训，以探究经文的原义，因此又被称为汉学。他们的学术风气朴实严谨，反对空洞无物的讨论，因此又被称为朴学。吴派的代表人物包括惠栋、江声、余萧客、江藩、王鸣盛、钱大昕等人。皖派始于安徽的江永，由他的弟子、同乡戴震成立，后继者包括任大格、孔广森、凌廷堪、段玉裁以及王念孙、王引之父子等人。
金石学是一门专门对铜器铭文和石刻文字进行收集、整理、鉴定和解释的学科。该学科起源于宋代，元、明两代从事这项工作的人数较少。然而，到了清代，由于考据学，特别是古文字学、音韵学、训诂学的发展，促进了金石学的繁荣，创作的著作相当丰富。在清初，顾炎武广泛搜集铭文，并以此辅助经史的研究，编有《金石文字记》等作品。到了乾嘉时期，该学派学术成就显著，王昶花费数十年的时间搜访，编成了160卷的《金石萃编》，这是当时收录金石文最多的作品。除此之外，毕沅等人编有《关中金石志》《山左金石志》以及钱大昕的《潜研堂金石文字跋尾》，这些作品利用金石文字验证经史，有许多新颖见解。之后，阮元的《积古斋钟鼎彝器款识》和吴式芬的《据古录金文》等，也达到了一定的学术水平。清朝末期，吴大激的《说文古补则》利用金石文字符来补充并修正《说文解字》。而官方则编有乾隆年间敕修的《西清古鉴》及其他几部续编。
甲骨文的发现可以追溯到清朝末期。在河南安阳小屯村出土的甲骨，最初只被作为药材使用。清朝光绪二十五年（1899年），王懿认识到甲骨上文字的价值，并出资大量收购，共收集了数千片。王懿去世后，其子将家中藏有的古物出售，其中一大部分被刘鹗购得。刘鹗继续收购甲骨，累计获得5000多片，并进行了拓印。在1904年，他出版了甲骨文的第一部专著《铁云藏龟》，收录了1058片甲骨拓印。对甲骨文进行最初研究的是孙诒让，他对甲骨文进行了解析和分类，并于1905年撰写了《契文举例》。这本书是第一部专门解释甲骨文的著作，尽管所用的资料有限，论断也并不完全精确，但它在甲骨文研究中起到了开创性的作用。继刘鹗之后，罗振玉在甲骨的收集工作中也付出了巨大的努力。他首先明确了甲骨的出土地点是安阳，并考证出这些是商朝的遗物，因此他开始不遗余力地收集甲骨，共得到数万片，并进行了研究。
经学在汉代形成了今文经学和古文经学两大派别，这两个派别在对经书的解释和治经的风格上存在显著的差异。魏晋时期之后，古文经学逐渐垄断了主导地位，而今文经学在长期中被边缘化。然而，直到清朝乾隆年间，今文经学才开始受到学者们的重视。在清代，以古文经学为基础的考据学在爱新觉罗·颙琰时期后由盛转衰，而随着经世思想的兴起，今文经学又再度复苏，成为新兴的学派，并在随后的思想界产生了一定的影响。清代的今文经学主要围绕《公羊传》进行研究，因此也被称为公羊学派，该派别从乾隆年间的庄存与开始，一直到嘉道时期的刘逢禄，形成了具有影响力的学派，即常州学派。
常州学派主张排斥古文经说，阐述东汉何休的公羊学的"三世"说——描述由乱世、小康世到大同世的历史变革理论，以及孔子"受命改制"的理论。他们的解释适应了当时的经世讨论的思潮。他们的学说被龚自珍和魏源继承，二人关注时事，强调经世致用之学，将羊春秋说与现实社会政治结合，提出了“变古愈尽，便民愈甚”、“更法”等主张，对后来这个学派的发展产生了深远影响。光绪年间，康有为借鉴公羊学派强调变革和历史进化的学说，撰写了《孔子改制考》等著作，以此为基础，倡导变法图强。他的著作《新学伪经考》批评东汉以来的经学大部分出自刘歆伪造，批判古文经学派坚持旧制，用以反对阻挠变法的封建保守派。然而，戊戌变法失败后，今文经学也迅速走向衰败。
《明史》是清朝顺治二年（1645年）开始的一个大型编纂项目，由康熙、雍正和乾隆三朝历经数十年完成。这部历史记载包含332卷，内容广泛，集合了当时许多知名学者的著述。在清朝初年，有许多私人学者也编写了明史，包括查继佐的纪传体《罪惟录》（97卷）、傅惟麟的《明书》（171卷）、编年体有谈迁的《国榷》（108卷）、夏燮的《明通鉴》（100卷）和陈鹤的《明纪》（60卷）等。
此外，还有许多其它朝代的历史学著作，其中包括康熙年间徐乾学邀请万斯同和自若璩等人编纂的《资治通鉴后编》（184卷），以及乾隆朝毕沅主修的《续资治通鉴》（220卷）。另外，还有魏源的《元史新编》，以及其他朝代的历史著作，如郭伦的《晋记》，谢启昆的《西魏书》等。
在史学研究方面，清人有两部古史研究的名作，一是马骕的《绎史》, 一是崔述的《考信录》。《绎史》广泛搜集了太古、三代、春秋、战国、秦几个阶段的有关资料，整理成纪事本末体, 加上自己的论断，并附加图表、志作补充。《考信录》则是通过考证史事，指出战国秦汉之书所述以前的许多史事的不可信。其他重要的研究著作还包括王夫之的《读通鉴论》和赵翼的《二十二史札记》等。
流传到清朝的二十四部纪传体正史中，有些史书的体例并不完全，主要缺失的部分为志和表。清代学者进行了大量的补充工作。例如史学家万斯同通过参考各类历史著作和书籍，对《后汉书》到《金史》等16部历史书籍进行了补充。同时，清代的钱大昭、钱大昕、侯康、顾怀三、洪充吉等人，也分别补充了《后汉书》的《公卿表》和《艺文志》，《三国志》的《疆域志》、《职官表》和《艺文志》等。
清朝史学家注重整理古籍。除了辑录出一些已经无全本的历史书籍的部分内容，清代学者还从《永乐大典》等书籍中辑出了已经失传的薛居正的《旧五代史》，以及未曾刊印而绝世的《未会要辑稿》。这些著作，尽管并非全面，但是仍然是研究宋代典制的重要史籍。南梁李煮所著的编年体北朝史《续资治通鉴长编》980卷，宋元以后流传甚少，清朝后存世的520卷本，就是从《永乐大典》中辑出的。
清朝史学家重考据，最著名的莫过于钱大昕的《二十二史考异》。该书对除《旧五代史》和《明史》以外的二十二部正史中的错误、矛盾，以及典制、地理沿革等进行了精审的考订。王鸣盛的《十七史商榷》则对诸史书进行了考校补正，订正了许多错误，并对地方、职官、典制进行了详细解析。此外，还有钱大昭的《汉书辩疑》、王先谦的《汉书补注》、惠栋的《后汉书补注》等，都是对前代史书的批判性考订，或者解释补遗。
清代对本朝历史的编纂工作以其丰富的种类、广阔的内容和大量的数量而显著。这些历史著作主要包括各朝皇帝的言行记录和当政时的史事编纂，例如起居注、实录、圣训和谕旨等。
起居注是一种逐日记录皇帝日常活动的册籍。清朝在康熙十年（1671年）设立了专门的起居注馆，负责详细记录皇帝的日常活动。实录则是每位皇帝在位期间政务活动和事件的编年体大事记，其内容范围相当广泛。实录基本上是当朝皇帝为上一代皇帝编写的，每位皇帝对应一部实录。清朝特设实录馆，由皇帝任命的高级官员主持，广泛地使用各类档案和其他资料作为编写素材。实录的撰写者多为翰林院的官员。
圣训是专门辑录皇帝训谕的著作。每位皇帝都有一部圣训，按照内容性质将皇帝在位时的行政训谕分为若干类，每一类又按照时间进行编排。清代所撰的圣训从《太祖高皇帝圣训》到爱新觉罗·载淳的《穆宗毅皇帝圣训》共有10种。谕旨的编撰以雍正皇帝的谕旨最为丰富，如《上谕内阁》《朱批谕旨》《上谕八旗》《上谕旗务议复》和《谕行旗务奏议》等。
另外，清朝官方修撰的史书还有《八旗通志》《钦定皇朝通典》《皇朝通志》《皇朝文献通考》《户部则列》《礼部则列》《赋役全书》等。
清代私人对本朝史的编纂主要体现在以下几个方面：首先，是人物传记。例如，李元度的《国朝先正事略》（60卷），这部作品对清朝在封建伦理方面被赞誉为“先正”的人物进行了传记式的描述。该书涵盖了同治以前的1108个人物，分为名豪、名儒、经学、文苑、遗逸、循良、孝义等七类。其次，是纪事本末体的史书，主要记录清朝的重大事件，大部分内容关于战事和武功，如赵翼的《皇朝武功纪盛》、李之芳的《平定耿逆记》、方显的《平苗纪路》等。另外，也包括编年体的本朝史。例如，蒋良其、王先谦、潘颐福等都曾编写过《东华录》，他们所编的《东华录》主要基于《清实录》的内容。而朱寿朋所编的《光绪朝东华录》则是他自己收集材料并撰写的，这部作品完成于光绪朝的《实录》之前。
清代被视为地方志编纂的黄金时期。据《中国地方志联合目录》统计，其所收录的民国以前的地方志有8200余种，而清人所编纂的地方志数量超过5680种，占比达到70%。清代的地方志种类丰富多样，包括全国性的“一统志”、全省的“通志”，以及各级行政区域如府志、州志、厅志、县志、乡士志、里镇志等。此外，还包括山川、寺庙、名胜等专门领域的专志。
清朝，随着地方志的编纂工作繁荣发展，边疆史地学也逐渐兴盛。乾隆年间，西北、蒙古及西藏自治区地区已经全部纳入清廷的统治之下，为了加深对这些地区的了解，以便更好地管理，乾隆二十六年（1761年）便出版了由官方编纂的《西域图志》，乾隆朝后期还修编了《卫藏图识》等一系列的边疆地方志，这些作品一直到清朝末期仍在不断增补，构成了清代边疆史地学的一个重要组成部分。
另外，民间也兴起了边疆史地学，例如康熙年间杨宾的《柳边纪略》、雍正年间李凤彩的《藏纪概》等。此后，还有一些学者开始深入研究西北边疆史地与蒙古地区历史，尤其是被流戍到西北新疆的一些官员，他们在新疆创作出了一系列重要的著作，如祁韵士的《皇朝藩部要略》、徐松的《新疆识略》、洪亮吉的《天山客话》等。
在第一次鸦片战争后，经世学派开始致力于撰写世界史地作品，以提高国人对世界的认识，并推动中国走向西方强国的道路。其中，魏源基于林则徐主持翻译的《四洲志》以及其他的历史、地理和科技资料，编撰了50卷的《海国图志》。咸丰初年，他将这部作品扩编至100卷，这是清人自行编写的最全面的世界史地图书。同时，徐继备的《瀛寰志略》（10卷）也详细记述了世界五大洲各国的地理、历史、人文、风土民情、宗教、政治及科技文化状况。这两部作品是第一次鸦片战争后清人世界史地学研究兴起的代表作。另外，国别史地书籍也相继问世，如王韬的《法国志略》（24卷）、黄遵宪的《日本国志》（40卷）、沈敦和的《英法俄德四国志略》（4卷）等。
章学诚和梁启超是清朝两位史学理论家。章学诚在乾嘉时期编纂过多部史书和方志，他在《文史通义》一书中阐述了“六经皆史”的观点，主张将儒家经典作为历史资料进行研究，以纠正过分重视经典而轻视历史的倾向。章学诚反对史学研究中的盲目崇古、空洞谈论和形式主义，强调史学研究应侧重于探讨义理、阐明观点，以实现其经世致用的目的。
梁启超在光绪二十七年和二十八年分别发表了《中国史叙论》和《新史学》等文章，详细介绍了西方资产阶级的新史观、史学成就以及新的编纂方法，明确提出了“史学革命”的口号，批判了封建主义史学的落后性和弊端，并提倡采用西方先进的近代观点和方法来编写历史。梁启超指出，历史是进化且有规律的，这种规律被他称为“人群进化”的“公理公例”。他呼吁历史学家探索这一规律，让人们认识并遵循它，从而为自身带来福祉。他同时也强调了历史学在国民教育、推动民族和国家文明进步方面的社会功能，认为史学家应该肩负起这一社会责任。
清代，无论是政府机构还是私人都积极进行图书的收集、整理和编辑，使得图书编撰工作达到了一个全盛的状态。主要的编撰形式包括类书、丛书的编纂以及文集、文编的编辑。
类书是一种从多本图书中挑选出资料，然后按照类别进行编纂的著作。清代类书的种类极为丰富，仅在《清史稿艺文志及补编》的收录目录中就有146种。其中，《古今图书集成》是清代类书的代表作品。这部大型类书是在康熙帝后期由官方主导编纂，陈梦雷是主要的编纂者，到雍正年间完成，共计一万卷。
除了《古今图书集成》之外，清代还有一些其他较为知名的官方编纂的类书，如《游鉴类编》《佩文阐府》和《子史精华》，这些书都是在康熙时期编撰的。此外，清代的私人也积极参与了类书的编纂工作，而他们编纂的类书多偏重于特定的主题。例如，梁章钜的《称谓录》专门收录了古今的称谓，按照亲属、职官、职业等分类编纂。王初桐的《衣冠禄位》则是按照分类辑录了妇女生活的各个方面的资料。
丛书是一种汇集多种完整著作（也有部分著作只截取部分）的图书形式。丛书编纂清代较为兴盛。据《中国丛书综录》（1959年由中华书局出版）统计，自明朝末期至中华民国所辑丛书共有2797种，其中大部分属于清代的。
《四库全书》是清代以及中国古代编纂的最大一部丛书。乾隆三十八年（1773年），清朝政府开设四库全书馆，广泛征集全国的图书，聘请众多著名学者参与编纂，至乾隆四十七年正月完成，并后来复制了六部，共计七部。并在北京、沈阳市（现沈阳）、承德市、镇江市、扬州市、杭州市设立文津阁进行收藏。以文津阁所藏为例，《四库全书》收录了从先秦至清乾隆朝的图书共3503种，79337卷。私人编纂的丛书有：曹溶辑、陶越增订的《学海类编》、张潮等人辑的《昭代丛书》、鲍廷博辑的《知不足斋丛书》、卢文弨辑的《抱经堂丛书》、李调元辑的《西海》等。
此外，除了以上汇集各种书籍的丛书外，还有一些丛书专门汇集了某一方面或某些人的著作。例如，经学方面的丛书有《通志堂经解》和《五经四子书》等；历史学方面有《元史》《九通》《纪事本末汇刻》和《资治通鉴汇刻》；诗词方面有侯文如辑的《十名家词》；医学方面有王琦辑的《医林指月》和陈修园的《陈修园医书五十种》；天文历算、乐律方面有《律历渊源》、梅文鼎的《梅勿庵先生历算全书》以及《中西算学丛书初编》等。
文集是集结某个人或某些人的单篇文章或诗作的书籍，因此也可以被称为诗文集。在清代，文集的数量大大超过了之前的时代，大约有1万种之多。文集的作者涵盖了广泛的社会群体，包括学者、官员、王公贵族，甚至皇帝。有的文集是作者本人编纂并汇刻出版的，也有的则由作者的弟子、家属、族人或下属收集整理并出版。
经世文编是汇集官僚士人就时政议题撰写的文章和奏疏的出版物，其编辑目标在于经世致用，以期为国家和社会的治理带来益处。自爱新觉罗·旻宁年间以后，经世致用的学风日益兴起，这类编著的出版不断增多。在道光初年，江苏布政使邀请魏源编辑的《皇朝经世文编》中，选取了清朝人士关于国计民生的奏议和文论2200多篇，共计120卷，分为学术、治体、吏政、户政、礼政、兵政、刑政、工政等八大类，每一类下又分为60多个小类。到了光绪年间，又有几种续编的《皇朝经世文编》问世，其体例继承了魏源的编排方式，由盛康、葛士濬、饶玉成等人主编。此外，还有陈忠倚的《皇朝经世文三编》、何良栋的《皇朝经世文四编》、求是斋的《皇朝经世文五编》、麦仲华的《皇朝经世文新编》以及甘韩的《皇朝经世文新编续编》和《皇朝经世文新编时务续编》、润甫的《皇朝经世文统编》、以及于宝轩的《皇朝经世文编》等十余种。这个时期的经世文编增加了洋务相关的篇章，反映了当时编辑这类书籍的经世目标。
清代小说较为繁荣。康雍乾时期的代表性作品包括《聊斋志异》《中国古典小说最经典：儒林外史》和《红楼梦》。这些小说它们以社会现实生活为基础，并适当艺术拔高，具有一定艺术特点。乾隆末至光绪中期，小说创作的数量维持在相当高的水平，主要有三种形式和内容：一是著名小说的续作，尤以《红楼梦》的续作最多，另外还有像《水浒》的《荡寇志》等。二是所谓的"狭邪小说"，以青楼女子和王孙公子的妓生活为主题。三是侠义公案小说，例如《施公案》《三侠五义》等。
戊戌变法后至宣统朝，是中国古代小说繁盛的时期，仅在光绪二十八年至宣统三年（1902-1911年）这十年间，就出版了500余部。这一时期的小说主要是揭露和指责现实的作品，被文学史称为“谴责小说”。代表作有李伯元的《官场现形记》、吴趼人的《二十年目睹之怪现状》等。在这一时期，小说在内容和题材上有明显的开拓，除了上述的作品外，还有描绘妇女解放的《黄绣球》《女子权》《中国女豪杰》；宣传立宪运动的《新中国未来记》《未来世界》《光之魂》；讽刺清廷立宪的《立宪万岁》；宣传鼓动革命的《自由结婚》《狮子吼》《卢梭魂》；描绘受压迫的华工生活的《苦社会》《黄金世界》；反迷信活动的《扫迷帖》《当头棒》；描绘振兴民族工业的《市声》和批判买办的《发财秘诀》等等。
清代诗词的特点是诗人和词人众多，流派多样，风格各异。清初的诗坛主流是“遗民诗”，一些反清或者不愿效忠清朝的士人通过诗歌表达了对明朝灭亡的痛苦。清初诗坛在艺术上有影响力的人物包括“江左三大家”：钱谦益、吴伟业、龚鼎孳。康雍乾时期，王士祯、厉鹗等人是诗作大家。王士禛的诗作提倡“神韵”，在艺术上具有新特色，产生了深远影响，形成了康雍时期著名的"神韵派"。乾隆时期，袁枚、赵翼等人的诗作重视创新，反对模仿，提倡写出“性灵”，他们是"灵性派"的代表，其作品从形式到内容都有新颖之处。
在词作方面，顺康时期的陈维崧较为有名，其词作豪迈奔放，是"阳羡派"词的领袖。同时兴起的还有以朱彝尊等浙江人为首的“浙派”。康照朝的满族词人纳兰性德的词作感情真挚，是清代著名词作大家。乾嘉时期，以江苏常州人张惠言为代表的“常州派”，强调词作的含义和社会意义，影响也很大。
戊戌变法之后，维新派、革命派知识分子或具有进步思想的诗人、词人，用诗词表达变法图强、反帝反封建，创作了许多具有政治性的作品。黄遵宪是著名诗人之一，诗作多达1000余首，主要内容是反映帝国主义对中国的侵略以及爱国官兵民众的英勇斗争，批判投降派，提倡变法维新。梁启超提出了“诗界革命”的号召，并尊称黄遵宪为诗界革命的旗手。这一时期，古体诗词仍然非常流行，尤其是古体词在创新和发展方面有所作为。由于需要反映现实内容和宣传普及，晚清的诗作开始呈现出通俗化的趋势，从此开始了古体诗向白话诗的转变。
清代散文的主要流派是桐城派。桐城派的创始人是康熙帝时代的安徽桐城人方苞，其主要继承者为刘大櫆和姚鼐，他们也均为桐城人。桐城派的作文理念是重视“义法”，主张用文言文来表达明确的道理，要有实际含义，反对空洞无物的文辞。他们主张文章的形式和技巧应为这一宗旨服务，主张文风简洁明快，反对堆砌词藻，提倡淡雅而洗炼的风格。桐城派的影响力在文坛上极为巨大，一直持续到清末。到了晚清时期，在散文创作上也出现了通俗化的趋势。梁启超并不欣赏桐城派的古文，他的文章力求通俗易懂，行文流畅，对于白话文的产生产生了深远的影响。稍后的革命派知识分子，如邹容、陈天华、秋瑾等，也都开始使用白话文写作宣传革命的文章。
清朝的顺治、康熙年间，戏曲界崭露头角的戏曲理论家李渔，撰写了以自身多年的戏曲创作和演出经验为基础的《闲情偶寄》。这本书全面而系统地探讨了剧本创作的各个方面，包括选材、主题表现、构思、布局、人物情节、特殊语言要求、曲调安排，以及演出方面的排练、表演以及戏曲音乐配合等，提出了一系列富有创见性的见解。在同一时期，孔尚任的《桃花扇》和洪升的《长生殿》成为了戏剧界的代表作。
康熙中叶以后的社会稳定和集镇经济的繁荣，各地的地方戏得以获得发展。北京和扬州市是戏班云集的著名城市，其中北京的戏种包括南昆、北弋、东柳和西梆等四大腔调。南昆主要指昆曲，流行于上层社会，被称为“雅部”。相比之下，其他腔调被称为“花部”，流行于下层民间。由于花部的语言通俗、表演生动活泼、充满生活气息，深受基层民众喜爱，因此得到了迅速的发展。
乾隆五十五年（1790年），以演徽调为主的徽班三庆班被邀请从扬州进京为太后庆寿，此后，四喜班、春台班、和春班等徽班也相继进京。这四大徽班在京城长期演出，吸收昆曲、京腔京白的精髓，不断丰富自身。爱新觉罗·旻宁十年（1830年），汉调（又称楚调）戏班入京，徽班进一步吸收了汉调的腔调和表演艺术，最终在道光二十几年形成了京剧这一新的剧种。京剧的声腔曲调优美，唱念词句通俗，角色丰富，武打精悍，具有完整的表演体系和独特的艺术风格。京剧形成后，成为北京戏曲舞台上的主要剧种。同光年间出现了一批优秀的名演员，即“同光十三绝”（其中两位为昆曲演员），标志着京剧的进一步成熟。
清代书法可分为两个阶段：爱新觉罗·颙琰至爱新觉罗·旻宁年间和道光以后。在嘉庆至道光年间，这个阶段被称为“章学期”，书法学习者通常延续宋元明的传统，主张法书章法，以继承为主要任务。这个时期出现了一些知名的书法家，如刘塘、梁同书、王文治、翁方纲等。不过，像郑板桥、金农这样创新并形成独特风格的书法家并不多。由于科举考试重视书法的规范，士人习书追求“乌、方、光”的“馆阁体”，这种拘泥于形式的书法使得当时的书法风格趋于单调，这种状况对书法的发展产生了消极影响。
爱新觉罗·旻宁年间以后，“碑学”开始兴起，崇尚碑刻，并且也倾向于学习篆、隶书体，尤其是北朝魏的碑刻书法，这种风气大为流行。因此，书法风格有了一次显著的变化，书法出现了新的面貌，这个时期被后人称为"碑学期"。在碑学期间，推崇魏碑学的书法家多有杰出贡献，包括邓石如、伊秉绶、包世臣、何绍基、吴照载、赵之谦、吴昌硕、郑文焯、康有为等人。
清初的绘画领域中，有许多著名画家，其中最为人所知的包括“四王”和“四高僧”，他们以山水花鸟画为主。“四王”包括王时敏、王鉴、王翚和王原祁，他们的作品以精妙的笔墨技巧和高深的艺术修为著称。“四高僧”包括宏仁、髡残、朱耷、石涛，他们的作品则展示了独特的风格，特别是朱耷和石涛，这两位明朝皇族的后代在创新上有较大成就。朱耷的画不受成法约束，笔法简练且深含意境，他的画作寓意深沉。他的画作多署名为“八大山人”。石涛，又称朱若极，法号原济，又有“苦瓜和尚”之称，他的作品构图变化多端，笔意纵横流动，洒脱而生动。
雍正和乾隆时期，扬州市地区涌现出一批著名画家，包括汪士慎、黄慎、金农、高翔、李鱓、郑板桥、李方膺、罗聘等。他们继承并发扬了明朝后期和清朝初期的写意画，形成了扬州画派，开创了中国艺术的新格局。这些画家不拘泥于传统，致力于创新，他们的作品以自然为师，将写意与写实结合，以写意为主，强调情感表达，将画、诗、书融为一体，写神与写形结合，注重表现个性，笔法洒脱。他们大胆的创新和别致的画技，以及揭示社会黑暗现象的画意，被当时人士称为“扬州八怪”。清朝末期，任伯年也是一位比较有名的画家。他巧妙地将勾勒、点簇、泼墨等绘画技法融合运用，画面形象生动，色彩鲜艳，深受江南地区的欢迎。
西洋画，在乾隆年间以前，西方耶稣会士来华，他们带来了西方的绘画技法。在雍正和乾隆时期，供奉于皇宫的耶稣会士，如郎世宁、艾启蒙、王致诚等，他们都擅长西方画技，与在如意馆供职的中国画师互相影响。郎世宁的作品融入了很多中国画的元素。与此同时，中国画师通过吸收西方画法，创造出了具有独特写真特色的新面派，其中最为知名的有焦秉贞、门应兆、冷枚、唐岱等。
版画，版画在清代民间广受欢迎，其中最为人所知的是天津市的杨柳青镇版画和苏州市的桃花坞版画。这两个地方主要是大量印制年画，同时也生产灯画、单轴画和挂图等，不仅在国内销售良好，同时也远销海外。杨柳青版画的主题多为戏曲情节、历史故事、仕女娃娃、丰收喜庆等，构图丰满，色彩鲜艳，寓含着富贵吉祥的含义，能够营造出喜庆的气氛，因此广受民众喜爱，流传甚广。桃花坞版画在取材内容上与杨柳青年画相似，但更富有社会生活的气息。在艺术风格上，从清朝中叶开始，受到了西方铜版画的影响，一些作品表现出了色彩明暗衬托的艺术效果。该地年画在雍正和乾隆年间最为兴盛。此外，山东潍县、广东佛山、四川绵竹等地也有版画的制作。
清代，篆刻艺术达到了鼎盛时期。18世纪金石学的繁荣，以及铜器、碑版、玺印的收集和传播，共同推动了篆刻艺术的高潮。包括周亮工的《印人传》和陈介祺的《中国印谱全书·十钟山房印举》在内的印学书籍的出版，也促进了篆刻艺术的进步。清朝初期，有名的篆刻艺术流派主要有“徽派建筑”和“浙派”。徽派代表人物有程邃，他擅长使用冲刀，作品雄浑而凝重。在雍正和乾隆时期，浙江省的艺术家丁敬创立了“浙派”。他提倡篆刻艺术既要有“古意美”，也要有“新意美”，并对文字进行了简化和隶化，形成了艺术创新。他的艺术风格在清代广受欢迎，学习他的技艺的人众多，其中包括蒋仁、黄易、奚冈、陈豫钟、陈鸿寿、钱松、赵之琛，这些艺术家后来被称为“西冷八家”。
清代医学出现了许多知名的医生和众多学派，同时医学著述和医籍的编集也大量增加，官方也主导编纂了许多具有总结性的综合医学书籍。在这期间，徐灵胎的《徐灵胎医学全书》、陈修园的《南雅堂医书全集》、黄元御的《伤寒悬解》以及王清任的《医林改错》等个人医学著作全集和专著的成就突出。《医宗金鉴》（90卷）是乾隆初期，官方组织精通医学者编纂的重要医籍，广泛引用了公私医学著作中实用内容，系统论述各类疾病的诊断、治疗和方剂，还配有插图和歌诀。编纂完成后，该书被定为太医院的教科书。另外，康熙朝编纂的《古今图书集成》从清代及之前的120余种医学文献中选取材料，按照诊治科目和相关论述分类编辑，形成了520卷的《医部汇考》。这是中国古代规模最大的分类医学资料汇编，后来，《古今图书集成•医部全录》被单独刊印，也被称为《医部全录》。
明代李时珍的巨著《本草纲目》为清代药物的应用和研究提供了丰富的资料和经验。基于此，清代人对药物学的重视进一步增强，并进行了大量的研究，做了许多增补和修订工作，产生了一批具有价值的药物学著作，其中最具影响力的两部是《本草纲目拾遗》和《植物名实图考》。《本草纲目拾遗》是赵学敏于嘉庆八年（1803年）完成的10卷著作，记录了900多种药物，其中200多种是《本草纲目》未收录或描述不详的。该书还收录了许多民间特效药，以及一些来自外国的药物知识，如治疗疟疾的金鸡纳属等。
另一部重要著作是吴其潜的《植物名实图考》。吴其潜是嘉道时期的人物，曾任多省督抚，热衷于各地植物的研究和收集。他常常请教底层百姓，并参考了800多种文献，最终完成了这部38卷的著作。该书详细描述了每种植物的形态、性味和功用，纠正了很多以往的错误，使许多植物的名实相符，对中草药的利用具有重要的参考价值。该书比《本草纲目》多收录了500多种植物，尤其是对云贵地区的植物增录最多。
温病在中国传统医学中是指由外感引起的一类病症。明朝崇祯末年，北方瘟疫盛行，传统的伤寒医疗方法多数无效。在明清之交，医学家吴有性通过实践和深入研究，纠正了前人对温病病因认识上的误区。吴有性提出，温病的发生是由于人体通过口鼻感染了一种名为“戾气”的病原体。他还进一步阐述，这种戾气是看不见、闻不到的传染病病原体，这种新的对传染病病因的认识，让医学界摆脱了长达千年的“火邪致病”的观念。他还阐述了戾气在不同情况下传染的病症及其治疗原则，奠定了温病学成为一门专科学问的基础。他的《瘟疫论》是他的主要著作，系统阐述了他的温疫学说。
康熙和乾隆时期，温病学说得到了大发展，逐渐形成了温病学派。该学派的著名代表人物是江苏吴县的叶天士。叶桂是技艺精湛、经验丰富的著名临床医学家。他根据长期的临床经验，总结了温疫病从呼吸道感染、侵入人体内部的发病原因，以及病症发展的阶段性特征，并确定了辨别和治疗的方法，使温病学说形成了系统的理论，对此类病的诊断和治疗有重要的指导作用。他的学术观点在《温热论治》中得到了充分的体现。同时期的薛雪、乾嘉时期的吴瑭和嘉道时期的王士雄都是精于诊治瘟症的医学家。他他们四人被誉为清代四大温病学家。
牛痘接种技术在嘉庆十年（1805年）被引入中国，最初在澳门和广州市地区进行传播。痘医邱熹在这些地方设立接种处，并培训徒弟，为牛痘术的传播作出了重要贡献。到了道光年间，牛痘接种技术逐渐在北京、湖南省、湖北、江苏省、江西省、安徽、河南省等省份传开。
自第一次鸦片战争后，教会力量的深入带动了教会医院的设立。根据不完全统计，从1842年至1900年，外国教会在中国建立的医院数量达到了107家，覆盖了各个省份。教会医院还承担了西医人才的培养工作，例如，美国传教士医生嘉约翰在广州博济医院服务的近半个世纪里，培养出了150名西医。此外，外国医生、传教士以及中国人也积极翻译西医著作。比如，嘉约翰翻译了34部，英国传教士傅兰雅则翻译了《西药大成》《内科理论》等十几部。第一次鸦片战争后，中国学生也开始频繁赴外国学医。最早的医学留学生是爱新觉罗·旻宁三十年（1850年）赴英国专攻医学的广州市青年黄宽，他在获得博士学位后，于咸丰七年（1857年）回国，在广州开设了诊所，并讲授西医学。到了光绪末年，赴海外学医的人数大幅增加，不仅清政府派遣，也有很多青年自费前往英国、美国、日本等国留学学医。教会医院的大量设立与西医人才的培养、西医学著作的翻译以及中国人的出国留学，使得西医在中国得到了广泛的传播。
清朝初期，传教士汤若望参与了历书的修订，并将所有的仪器贡献给了清朝。他还曾为清朝准确预测过一次日食的出现。擅长天文历算的汤若望受到了特别的尊重，被任命为负责观测天文现象和编修历书的机构——钦天监的长官监正。汤若望根据明朝末期修订的历法成果，编制了新的历法提交给清廷，清廷将其以《时宪历》的名字颁布至全国。由于《时宪历》比元明两朝沿用的《大统历》更为精确，因此西洋新法成为了清朝修订历法的准则。在康熙初期，另一位传教士南怀仁主持设计制造了包括天体仪在内的多种大型仪器，并安装在北京观象台。
在这个时期，传教士还介绍了尼古拉·哥白尼的日心说和地动说。这些西方天文学的先进成就在近代被不少中国学者接受，并向国人进行了介绍和宣传。数学家李善兰在威丰九年(1859年)与英国人伟烈亚力合译了英国天文学家威廉·赫歇尔的《天文学细要》，译书名为《谈天》，详细叙述了太阳系的结构、运动以及恒星的一些知识。他在该书的序中还以天体力学的知识向人们解释了地球等行星围绕太阳运行的道理。《谈天》的出版，是近代天文学第一次系统地传入中国。在《诸天讲》一书中，康有为也对尼古拉·哥白尼以及牛顿的学说进行了介绍。而在光绪二十三年(1897年)，王韬撰写了《西学因说》，在该书中他利用最新的天文学成果，对日心说的稳固性进行了阐述。
耶稣会在向中国传播基督教的同时，翻译了诸多西方数学作品，将三角学、解析几何、对数、代数等数学知识引入中国。在康熙时期编写的《数理精蕴》一书中，对当时传入中国的西方数学知识进行了系统的总结和介绍。中国的数学家们吸收了西方的成果，结合自身的数学知识进行深入的研究，取得了不少创新成果。例如薛凤祚、王锡闸、梅文鼎等，都是当时精通中西数学的学者，他们创作了一系列有价值的数学著作。薛凤的《比例对数表》、王锡闸的《晓庵新法》、梅文鼎的《几何通解》等，都是他们的重要作品。
在康熙帝中期，来华的耶稣会士杜德美引入了用解析法求圆周率的三个公式，明安图经过三十余年的深入研究，不仅独立论证了这三个公式，还创造了一系列新的公式，他的《割圆密率捷法》是他的研究成果的结晶。近代数学家李善兰翻译了大量西方数学著作，引入了微积分知识。另一位数学家华蘅芳，他在江南制造总局的翻译馆任职，自行翻译以及与英国人傅兰雅合译了许多西方数学著作，较重要的包括《微积分源》、关于对数造表法的《合数术》和关于概率论的《决疑数学》等。
康熙帝四十七年（1708年），康熙皇帝指派耶稣会士白晋、杜德美、雷孝思等人领导中国的测绘团队，使用西方测绘法进行全国各地的测绘工作。这个项目历时11年，最终制成各个分省的地图以及全国总图，被命名为《皇舆全览图》（又名《皇與全图》）。这部地图采用了经纬度测绘法以及梯形投影，比起以前各朝的地图制作方法有了显著的进步。在这次测量过程中，中国学者何国宗、何国栋、明安图等人掌握了西方的测绘法。在乾隆时期，他们被派往新疆进行测量。后来，传教士们利用他们的测量成果对康熙《皇與全图》进行了补充，并修正了其中的一些错误，从而产生了新的全国性地图，即《乾隆皇與全图》。
自明朝末年开始，西方的钟表持续进入中国。在康熙和乾隆的统治时期，政府拥有许多精美的自鸣钟，内务府的造办处以及圆明园内还设有专门负责制造和修理钟表的工坊，其中既有西洋教士也有中国的钟表匠负责修造。到了雍正和乾隆的时代，一般的贵族官员和商贾家庭也开始使用自鸣钟和时钟。乾隆时期，内廷的各级臣官都配备了带表，以确保准确把握上朝的时间。民间的钟表修造业也开始兴盛，广州市和苏州市是最早开展这项业务的地方，因此广州和苏州制造的钟表分别被称为“广钟”和“苏钟”。徐光启的后代徐朝俊在其著作《高厚蒙求》中，详细解释了各种类型的钟表以及零部件的制造过程。
西方的光学知识传入中国后，引发了中国科学家好奇心，他们进行深入的研究光学。在爱新觉罗·颙琰和爱新觉罗·旻宁的时期，科学家郑复光著有一本名为《镜镜詅痴》的书籍，其中详尽阐述了光学理论，并介绍了望远镜、眼镜、显微镜等十几种光学仪器的原理和结构。他在道光年间还自制了一台望远镜，用于观察天文现象。
在洋务运动之后，由于大量翻译的西方科技书籍以及不断购买的现代化机械和引进的生产技术，器物制造的水平比以前有了显著的提升。江南制造总局的机械学校，福州船政局的马尾船政学堂，天津市的电报学堂等机构培养了大量掌握先进科技知识和制造技术的专业人才。同时，中国还向国外派出了许多留学生，让他们在西方学院学习军事、船政、算术、制造等各种学科，以期“使西人擅长之技中国皆能谙习”。从那时开始，中国已经有能力自行制造轮船、巡洋舰、钢船，以及洋式的枪炮等物品。
康熙帝十五年（1676年），黄河、淮河同时涨水，黄河倒灌洪泽湖，淮扬七州县被淹，清口以下河道被淤，漕运严重受阻，安徽巡抚靳辅担任河道总督并奉命治理河道，他在治河方略上继承明代潘季驯“坚筑堤防”“束水攻沙”的思想，增建洪泽湖大堤上的水坝，扩大宣泄淮河洪峰的能力，在以水冲沙的同时辅以人工挑浚，提出“寓浚于筑”的思想，让水流自行冲刷海口积沙；雍正三年（1725年），雍正帝指派怡亲王爱新觉罗·胤祥主持治理海河流域，同时着重兴办水利营田以分散用水，又成立营田局推进种植水稻工作。灌溉工程方面，清代康、雍、乾三朝时期的宁夏回族自治区引黄灌溉工程发展迅速，比如规模较大的有康熙四十七年（1708年）建成的大清渠、雍正四年至七年（1726年-1729年）建成的惠农渠和昌润渠等，还有陕甘青地区修建的广惠渠和龙洞渠，其中陕西井灌成就比较突出，青海和甘肃两省采用引黄灌溉的工程。
海塘工程方面，清代海塘工程已成为国家重点的水利工程之一，清前期康、雍、乾三朝浙西海塘已基本完善，几乎全部改建为石塘，而清代江苏海塘因潮灾的影响不如钱塘江沿岸严重，因而除部分石塘工外，仍然保留相当一部分土塘。城市水利方面，乾隆年间对北京城内的西湖（昆明湖、瓮山泊的另一称呼）进行大规模扩建，该工程成为能引、能蓄、能排的综合水利枢纽，具有向航运、城市用水、灌溉、园林等部门供水的综合效益。但清后期（爱新觉罗·颙琰至咸丰）的水利事业日趋衰落，河政日益腐败，河道日趋梗阻，黄河等河流经常决口，而后期的农田水利以新疆和内蒙的成绩显著，珠江以及其他边远地区的灌溉工程建设也发展不错。
清末邮传部制定西北的铁路路线是由洛潼西安出兰州市以至伊犁，光绪三十一年（1905年），清廷批准西北地区着手修筑西潼、同蒲铁路，但由于资金问题的制约至清朝灭亡也未能成功，直到宣统三年（1911年）正月，邮传部重申修筑兰州到迪化铁路的政策；东北地区的铁路包括外资控制的南满、东清，又有中国控制的京奉，还有议定的新、锦齐、吉长、热河等铁路；华北铁路主要有正太、汴洛二路，汴洛铁路在光绪三十四年（1908年）底通车；北方地区的京张铁路自光绪三十一年（1905年）开始兴筑，宣统元年（1909年）八月告成，由著名工程师詹天佑主持修建，途径北京丰台区，经延庆八达岭、居庸关、沙城镇、宣化区等地至张家口市，全长约357里，此外还有张绥、张库、张恰等铁路；四川铁路包括川汉与川藏两路；广西铁路主要是桂林市至全州县、由梧州市至南宁市、由南宁至龙州县三段铁路；云南铁路包括滇桂、滇蜀、腾越和滇缅铁路；东南地区的主要包括开徐海清铁路、胶济铁路、萍潭铁路、粤汉铁路、广九铁路等。
世袭性特权贵族，清朝社会的贵族等级分为皇族和异姓贵族两部分。皇族位于社会阶层的顶端，享有诸多特权，例如经济特权，每个已经成年的男性皇族成员，只要他的名字在皇家的家谱《玉牒》上，就可以每月或每季度领取一份日常生活的“养赠钱粮”。法律特权，清朝法律延续历代的日制，有“八议”的规定，其中，“议亲”指的就是皇亲国戚，全体皇族成员都因此享有法律特权。如果皇族、觉罗与旗人、民人发生刑事案件，触犯法律而应判刑，可以进行折刑或减刑。对于触犯了皇族的普通人，刑罚则会加重，以此来维护他们尊贵的身份。
异姓贵族中，地位最高的是蒙古、回部、藏区的王公，他们的爵位等同于皇族的宗室王公。他们每年根据爵等领取银、缎匹等物，但数量较皇族宗室王公少，因为他们在自己的领地或农庄中另有大量收入。政治上，蒙古王公拥有领地和部民，具有镇主身份。有的还任札萨克或盟长，有管理旗务的权力，兼具领主与国家职官的双重身份。
官僚阶级，是国家机构中的行政权力执行者。这些官员根据级别被分为九品十八级，以及“末入流”级别，位于九品之下。在政治地位和特权方面，文官在某种程度上高于武官一至两个品级，这表明了清代的"文重武轻"的原则。按品级，官员有固定的薪资。但在清代，官员还有十分丰厚的“养廉银”。在清朝的“八议”制度中，规定三品及以上的官员在审讯时不能受到考问，只能根据证据确定罪行。
高级官员还享有荫子为官的特权文官如果在京城任四品以上职位，地方官员任三品以上职位，武官任二品以上职位，都可以将一名儿子送入官僚体系，一旦他们达到合格年龄，就可以接受官职考核并被任命为官员。官员退休后回到家乡，他们的身份地位和经济待遇仍然会得到一定保障。例如，一些退休官员以“原品休致”的身份退休，在退休后仍可领取半额或全额的薪金。
绅衿，绅衿指的是两类人群：退职居乡的官员和取得各种功名但尚未入仕的士人，这这些士人包括举人、贡生、生员、监生，以及等待空缺期间的进士。绅衿在涉及公诉案件的时候，他们在法庭上无需向官员屈尊，可以免去一些形式上的屈辱。在推行丁入亩政策之前，他们也享有免征丁银的特权。在清代，由于州县官员数量有限，因此，贯彻官府法令政策、征收赋税、解决乡民纠纷、维持治安、建立地方学校等事务，以及教育和文化宣传等，主要依赖绅衿。其中一些人原本就担任乡约、乡董，或者是大族的族长。因此，绅衿在地方上拥有一定的权力和影响力。
平人阶层代表了社会中没有官僚、绅士身份，同时又非贱民的普通社会成员，他们在法律上被称为"凡人"。这意味着他们在涉及刑事案件时，受到的审判并不会受到社会身份高低的影响，只根据案件的实际情况来判罪，不存在因身份等级而产生的刑罚加重或减轻问题。该阶层包括一般的旗人和主要由汉族构成的普通百姓。一般旗人的主要职业是兵役，而普通百姓则按照职业和身份被划分为以下几类：非身份性地主、自耕农、个体户、短期雇员、商人、手工业者、自由职业者等。
贱民等级所包括的成员种类广泛，主要可分为以下几类。首先是奴婢，这包括汉人的家奴以及旗下家奴，也就是旗下的家奴。尽管贱民的社会地位相对较低，但在经济层面上，他们并非都处于贫穷状况。在隶役和长随的人群中，也有一部分人拥有一定的财富。
聚族而居的传统具有悠久的历史，这也是清代人们的通行居住习惯，这种习俗广泛分布在内地各省，特别是在中原、江南、湖广以及东南各省更为常见。到了嘉道时期，强大的宗族和大姓在山东省西部、江南地区，以及闽广之间的聚居情况尤为显著，族群数量多则达到数万家，少也有数百家。宗族制度主要包括祠堂与族权、族田和纂修家谱等要素。祠堂是族人祭祀祖先、集会议事、行使族权以及发布族规族训进行教育的场所。族田是宗族的公有经济，它的收益用于建设祠堂、祭祀活动、开办族学、救济以及奖励族人和编修族谱，它是宗族日常活动的主要经济来源。纂修族谱则以文字形式记录了族人的生活状况、各分支的血缘关系、居住地等信息，以便族人了解宗族的基本状况。
白莲教，起源于元代，但在明初以后被官方严格禁止，由此催生了各种不同名目的分支流派。在清代，白莲教发展至鼎盛，遍布全国各省，据官方压制记录，被标记为“某某教”的分支就有60多个，其中以长江流域以北的地区数量最多。影响力较大的包括：罗教、在理教、八卦教、先天道、清茶门教、弘阳教、收元教，以及大乘教、大理教、无为教、老官斋教、圆顿教、青莲教等。在这些教派中，有的是同一教派系统的分支，有的则是同一教门但为了传播方便而改名，还有的则吸取其他教门内容而自成新教派。总的来说，这些教派交错错综，形式多样。秘密宗教的信徒主要是社会底层贫穷的人群，包括农民、手工业者、水手、脚夫、自由职业者、小商贩、盐民、城市贫民、矿工、店员、流浪者等。
清代中期以后，特别是清末，帮会组织异常活跃并且分布广泛，主要集中在南方，海外华人社区中也存在此类组织。帮会主要包括洪门、哥老会、青红帮等系统，并且存在许多分支组织。秘密社团的成员构成非常复杂，除了农民和工商业者，失业的流民、乞丐、胥吏、盗贼、地痞流氓、迷信的职业人士等都是其重要组成部分，甚至有些绅士也参与其中。帮会是以互助和谋求共同利益为目标的社会组织，其成员间深信义气，互称兄弟，相互照应。帮会组织通过垄断某些行业，贩运私盐、鸦片等来支援成员的生活，甚至还包括家宅盗窃、旅行者掠夺、绑架勒索、欺诈骗取等活动。
会馆是一种由某一地区的居民在外地建立的设施，其主要目的是为来自同一地区的移居、旅行或临时驻扎的人提供一个交流、联络乡情以及处理事务的便利场所。会馆的兴起始于明代，但在清代达到了鼎盛。有些会馆是由两个省份或一个省份的居民共同建立的，如佛山市的山陕会馆由山西省和陕西省两省的人共同建立。会馆主要设在北京这样的首都以及各个省的省会城市。其中一个重要的功能是为科举考试的同乡人提供食宿。此外，会馆还有多种用途，以北京为例，地方官员到京述职，官员在京候补官缺，士子应选，以及旅游观光、避暑、过往途经、赴京告状等，都可以在本乡会馆找到临时的住所。
行业公所是一个基于行业关系组成的组织，通常由本地居民或本地居民与外地居民联合建立，其主要目标是为行业相关事务提供服务。公所的名称通常以其所代表的行业命名，例如茶叶公所、袭业公所、花商公所等。有些公所也被称为“某某公馆”。建立公所的行业主要包括手工业（例如制造和加工等）、工商业、商业以及服务业。公所是由同一行业的人通过捐款建立的，包括作坊主、商人、工商业者，有些公所甚至是由工匠建立的。行业公所通常也会供奉神灵，所供奉的神灵是该行业的行业神，例如木匠业供奉鲁班，茶业供奉陆羽，米业供奉先农、后稷。供奉关帝、财神、妈祖的公所也很常见。公所的主要功能是保护本行业人的利益，协调同行业人之间的关系，因此会有行规，如规定关于收徒年限、产品价格、牌号（商标）使用、银钱比价等。
中日甲午战争后，部分以拯救国家危机、振兴中华为目标的进步思想者开始组织政治组织，这些改良派和革命派两大类。改良派的主要组织包括强学会、保国会、南学会、保皇会，以及清末立宪运动中各地出现的宪政会。而革命派则包括兴中会、华兴会、光复会、科学补习所、日知会、同盟会等。这些政治组织致力于聚集志同道合的人才，建立组织队伍，通过出版刊物、组织讲座等方式来宣传自己的理念。一些组织如同盟会甚至拟定了自己的章程和纲领，显示出近代政党的特性。
在士人的引导下，也出现了一些民众团体，如不缠足会、共爱会、戒奢会、保路同志会等。这些士人政治团体宣扬西方资本主义学说和政治制度，并组织开展改良或革命的政治活动，对于启发民众思想进步、社会政治变革产生了重大影响。在晚清时期，爱国情绪高涨，多次举行大规模活动，这与政治团体的宣传活动有一定的关系。特别是革命派团体，还多次发动武装起义。
在清代，婚姻依然遵循家长包办制，遵从“父母之命，媒妁之言”的传统缔结方式。法律也对此进行了规定，指出婚姻应由祖父母或父母主持，若祖父母和父母均不存在，则由其他亲属主持。总的来说，法律禁止了子女自由选择配偶。在清代，人们非常看重门当户对的原则，因此，望族大姓、学者世家、官僚绅士家庭之间的联姻非常普遍。清代是强调妇女贞节观念的时期，一生一世的忠诚被视为美德，而寡妇再婚则常常被人轻视。许多妇女为了去世的丈夫守节，甚至有的女子为订婚而未婚的已故未婚夫守节，终身不嫁。这种男尊女卑的观念，以及夫为妻纲、妇女守节等纲常伦理，将妇女置于了男性之下的社会地位。
在清代，男女订婚的过程中，双方会交换“生辰八字”，这是指出生的年、月、日、时的天干地支，然后找专人进行命理相配，只有在命相合适的情况下，双方才会进一步进行定婚和结婚。定婚和结婚的日期也要选择吉利的日子。这种习俗普遍存在于所有社会阶层，包括皇家和普通百姓。在皇家，负责为皇子和公主进行八字相配和选择吉日的机构是钦天监。
清朝有人去世后，通常进行49天的祭祀。人们会请僧侣或道士主持佛事和道场，以期超度亡魂，引导他们进入仙界。人们在安葬死者时，也会选择吉日和吉时。墓地的选择通常取决于风水根据孝道，清代规定，父母去世后，子女应该在家里守丧三年（实际为27个月），期间不得结婚，不能任公职，不参加科举考试，也不能举办宴会娱乐，这被称为丁忧或丁艰。如果在职的官员父母去世，则他们需要辞去职务并回家守丧，这被称为守制，期满后复职称为“起复”。如果朝廷特别留任的人，则称为“夺情”。
在社会生活中，年度节庆是一项特殊的内容。由于清朝地域广阔、民族众多，风土人情各异，一年之中的节庆活动连绵不断。
立春，作为二十四节气的开始，被俗称为“打春”。在这个节日里，人们庆祝大地的复苏，预祝新年五谷丰登。地方政府会举行迎春仪式，一些地方还会邀请贫民、贱民等穿戏装随同庆祝。北方的习俗中还包括互赠种子以及食用春饼、萝卜，即所谓的“咬春”。
清明节是扫墓、祭祖的节日。人们会为家族的坟墓加新土，烧纸钱供奉先人。在北方，清明时节草木萌发、空气清新，人们通常有郊游踏青的习俗。
端午节，也被称为端阳节，吃粽子、赛龙舟是普遍的习俗。亲朋之间常常以粽子和时鲜果品相互赠送。许多地方还有插艾叶、风香袋、赠送雄黄等习俗，象征驱赶夏日瘟疫。
中秋节，以团圆为主题，因此也被称为团圆节。人们普遍食用月饼，互赠月饼。秋季是丰收的季节，亲朋之间也常以果品相赠。在这一天，已嫁的女性会回娘家，晚上，家人围坐一起赏月，象征着家人和月亮都是圆满的。
重阳节，人们普遍有登高的习俗，寓意“百事皆高”。登高也引申为“糕”字，所以重阳节也有吃糕、送糕的习俗。一些地方还会在这一天邀请女儿回娘家，因此重阳节也被称为女儿节。
冬至是一个相对重要的节日。在天文学上，冬至是冬季的极点，古人认为从这一天开始，阳气将开始上升。因此，朝廷会在这一天举行郊天大典，百官向皇帝祝贺。有些地方的冬至庆祝活动类似于过年，有“冬至大如年”的说法，人们会相互拜访，称为“拜冬”。
年节是一年中最重要的节日，实际上包括了除夕、元旦以及此后的几天，甚至十多天的庆祝活动。从腊月下旬开始，人们就开始准备年货。年节期间，全国同庆，官府也会放假。除夕前一天，亲朋相互拜访，称为“别岁”。除夕当天，人们忙于贴春联、门神、挂钱、祭祖祀神。家人互相拜年，称为“辞岁”或“辞年”。出门在外的人会在这一天赶回家，过一个团圈年。除夕夜，全家人欢庆辞旧迎新。全国城乡，万家灯火，鞭炮齐鸣，通宵达旦。元旦及其后几天的主要活动是拜年。起床后，全家人会先祭祀祖先、神祇，然后给长辈拜年，之后再去邻居、亲家拜年，互祝新年幸福。回访亲友，互相款待，称为吃年酒或吃年茶。城乡各地，还会在年节期间举行各种娱乐活动，如踩高跷、舞狮、社火、戏曲、杂技等等。年节庆祝活动通常会延续到正月十五的元宵节，这时街市会张灯结彩，百姓会出来赏灯，也称为闹元宵。
除了以上的主要节日，还有一些其他的节日，如正月二十五的填仓节、二月二的龙抬头节、六月六的天贶节、七月七的七夕、七月十五的中元节、十月一日的寒衣节，腊八节的腊八节，以及关帝庙、药王庙等庙会。在少数民族中，还有蒙古族的那达慕大会，维吾尔族、回族的开斋节、古尔邦节，藏族的晒佛节和雪顿节、驱鬼节等等。
在清朝，社会救济措施以多种形式存在，包括官方措施、民间自主发起的活动、官方倡导的民间救助、以及官民共同参与的项目。其中，民间捐赠驱动的社会救济在清朝期间有显著的发展。
由官方负责管理，位于各级府、州、县城。贮存的粮食量大，多的可以达到数万石，少的也有数千石。在乾隆十三年（1748年），各省的常平仓贮粮量定为约3370万石。在一般的饥荒年份，常平仓会以稍低的价格售粮，称为平。在灾荒严重时，会开仓救济，将粮食碾成米，开设粥厂以救济饥民。
这是民间组织的仓库，通常设在各个乡村。社仓通常由本乡的地方绅士发起，向各家户征集仓粮。义仓设在市镇或乡村，多由富户捐粮或捐田，以田租填充仓库。社仓和义仓的粮食用于借贷或在大灾荒时进行救济、提供粥食，救助对象主要是本地的乡亲，具有自救的特色。
主要接纳无家可归的流民、贫困人口以及饿倒在街头的人。这些设施的设置并不普遍，主要在流民较多的城镇。
清朝时期，遗弃婴儿的现象非常严重，官府多次发布禁令，并命令设立育婴堂以收养遗弃的婴儿。育婴堂的设置非常普遍，尤其在江苏省，以松江府为例，从康熙至清朝末期共设有20多所育婴堂，平均每个县有三四所。大部分育婴堂都建于爱新觉罗·旻宁年间，主要由地方绅士捐建。此外，有些地方还设有养幼堂，收养四五岁至十二三岁的贫困儿童。
这些机构主要收养孤寡、贫困、残疾以及无依无靠的老人。清朝皇帝多次发出诏令，要求地方查访孤寡、贫困、疾病的老人，并设立善堂进行收养。各级府、州、县城都有这样的机构。由于需要救助的人数众多，通常都有定额，并根据困难程度分级。一些人会住在院、堂内，一些人则按月或季度发放救助物品。
主要负责处理葬埋事宜。善堂的名目繁多，如松江府的同善堂、同仁堂、义葬局、助葬局、积善堂，赛阳府的同隐堂等，它们负责提供棺材、收殓遗体等工作。北京还有名为“带子会”的机构，会员都是手工业者，他们定期交钱，由该会在其去世后处理丧事。
专门收养贞节妇女的善堂，也有恤局、全节堂、清节堂、保书局、崇节堂等名称。这些机构通常也有定额，一些妇女住在堂内，一些则在外，定期发放生活费用。
在清代，学校的分类可以归为官学、书院、义学和私学。官学主要目的是选拔官员及培养各种专业人才，包括府、州、县学、国子监、八旗及内务府官学，以及多种与洋务相关的学堂。
书院在清代达到了发展的顶峰，它们不仅在内地省会、府、州、县普及建立，而且在边远地区如甘肃省的镇番县、贵州省的普安直隶厅、印江土家族苗族自治县和内蒙古地区地区的归绥县等也有建设。书院通常为应试的学生提供科举教育。由于书院的数量远超过官学，并且在教育方面贡献更大，因此在清代教育中起着重要作用。也有少数书院主要以学术讲座或编纂书籍为主要活动，例如阮元在浙江省和两广任职时创办的诂经精舍（位于杭州市）、学海堂（位于广州市），以及张之洞在武昌设立的经心书院。
清代广泛建立的还有社学和义学。社学是由官方提倡的乡村学校，但其建立并不普遍。义学，也称为义塾，通常由乡绅、地主捐资建立，地方官府也会提供部分经费。在清代，义学的建立相当普遍，各个地区普遍设有一些义学。义学实行普及教育，主要是为贫困家庭的孩子或少数民族地区的学生提供教育。
私学在清代也非常普遍。私学大致可以分为两类：一类是由一个家庭或几个家庭出资聘请教书先生来教授子弟的学塾；另一类是由教书先生自己开办，招收学生，并从学生那里收取学费。
第一次鸦片战争后，在中国各省城镇，外国教会曾建立了大量的学校。到19世纪末，这些教会学校的数量超过了2000所，学生总数约为6万人。中国最早的女子学校也是由一位女性教士创办的。在1901年，即清朝的光绪二十七年之后，教会在中国的一些大城市建立了大学，包括位于苏州市的东吴大学，上海市的震旦大学、圣约翰大学、沪江大学，南京的金陵大学，以及成都市的华西协和大学。教会学校的课程并非只有神学，还包括外语、中文、理化、生物、史地、经济、医学和教育学等；由清政府官方建立的大学有光绪二十四年（1898年）创办的京师大学堂（北京大学前身）、宣统元年（1909年）由外务部、学部会同设立的游美学务处和游美肄业馆，之后改为清华大学（清华大学前身），以及光绪三十二年（1906年10月）创办的中国第一所官办法律学堂——京师法律学堂。
在光绪中期之后，中国的维新派和革命派人士也开始创办了一些融合中西教育理念的学校，其中包括女子学堂。比如康有为在广州市创办的万木草堂，黄游宪等人在湖南省设立的时务学堂，张元济在北京设立的通艺学堂，经元善在上海创办的经正女学，以及蔡元培等人在上海设立的爱国女校和爱国学社。徐锡麟和陶成章在绍兴市设立的大通师范学堂也是这些学校的代表之一。清政府在光绪二十七年（1901年）后开始实行近代教学体制，将各地官学及书院改为小学堂、中学堂、高等学堂，并在中等、高等教育中增加了外语、政法、理化生物及农、工、医等学科，同时设立了师范学校和农、工、商、医等各类实业技术学校。另外，清政府还规定了女子入学的某些章程，并在光绪三十二年（1906年）宣布废除科举考试。尽管如此，儒家经学仍是各级新式学校教学的重要内容，而城乡私学也依然存在。
在清代，佛教主要分为两个系统：汉族地区的佛教和藏传佛教。藏传佛教，又被称为喇嘛教，主要在西藏自治区、青海省和各蒙古地区传播。清代的藏传佛教非常发达，不仅在藏族地区盛行，而且在大漠南北及青海的蒙古各部也广为流传。在藏族和蒙古族中，喇嘛僧占有很大的比例。甚至未出家的世俗贵族和一般民众也普遍信奉佛教，各级佛教领导人在社会上有着较高的地位。这些佛教地区经常举行大型的佛教活动，特别是在藏族地区，佛教活动是他们日常生活中的重要组成部分。另外，由于清朝皇帝的倾向和推动，藏传佛教也在京城、承德市以及山西省的五台山等地广为传播。
在汉族地区，佛教兴盛期从南北朝到唐朝，但在清代和明代，佛教处于衰落阶段。然而，由于有前代的基础，清代的许多古寺仍然存在，并有新的寺庙建成，因此，寺庙的数量非常庞大。据1667年（康熙六年）的统计，全国的寺观数量近八万所。为了避免佛教的过度扩张，清朝采取了一些控制和管理措施，如禁止擅自建造寺庙和佛像，实行借官制度，禁止寺庙收留来源不明的人，不允许将犯人剃度为僧，违反者会受到惩罚。清代汉地佛教有十多个教派，其中禅宗思想和净土宗的影响最广。
在清代，道教也遭遇了衰落期。相较于佛教，道教的信徒数量和影响范围都较小。据1667年（康熙六年）的统计，全国的道士只有二万余人。道教在社会中的地位也较低，被士大夫们称为"道流卑职"。从乾隆时期开始，由于朝廷的贬抑，其地位进一步下降。清初沿明旧制，太常寺的乐官通常由道士和僧人担任，但爱新觉罗·弘历认为他们的音乐是“异乐”，不适合朝廷，于是选择儒士充当乐官。江西龙虎山的上清宫是道教的中心，其道长一直以来是世袭的正一真人，地位较高。清初，朝廷曾封道长为光禄大夫，正一品街。乾隆十二年（1747年）被降为正五品，后来又被提升为正三品。乾隆初期，朝廷停止了道长派遣法员到各省开坛传度和选拔道士的权力。爱新觉罗·颙琰年间，朝廷以“正一真人属于宗教，原本不应与朝臣同列”为由，停止了道长进京朝觐的权限。在民众中，信奉道教的人也并不多。
清代初期以来，基督教在中国的传播主要由耶稣会、多明我会、方济各会和俄国东正教会负责，其中耶稣会的活动最为积极。康熙帝末年开始禁教后，仍有少数教士在暗中传播基督教。据统计，到第一次鸦片战争爆发前夜，天主教在中国本部的十三个省份都有活动，欧洲籍传教士有65人，天主教徒大约有三十万人。虽然俄罗斯东正教未被禁止，但教徒数量极少。
在鸦片战争后，清政府被迫废除禁教令，欧美各国的传教士陆续来到中国，在各省城镇乡村广泛建立教堂，发展教徒。到19世纪末期，传教士多达3000多人，建立教区40个，中国的教徒数量超过80万人。然而，信教者的目的并不统一，相当一部分人并不是因为信仰而加入教会，而是为了得到教会力量的保护。据记载，有抢劫犯、命案犯、负债逃避者、害怕被人控告的人等各种人士入教，甚至有父亲将子女送入教会以逃避法律的追究。一旦入教，他们就把教士当作护身符，妄图欺压乡亲，仇恨的情绪也通过教会得到发泄，往往制造谣言诬陷他人。
在清代，官方和民间信仰的神灵体系极其复杂。朝廷定期祭祀的神祇包括天神、地神、日神、月神、太岁、社稷、先农、风神、云神、雷神、丽神、五岳五镇的神祇、长白山神、四海神、四渎（黄河、长江、淮河、济水）的神祇、医神、文昌神、关帝、城隍、真武大帝、炮神、火神、黑龙坛的龙神等。此外，朝廷还设有太庙、奉先殿等处，供奉清朝皇帝祖先的牌位。清朝皇帝还常常举行萨满教的堂子祭祀和宫中的跳神活动。各地方有专门祭祀的神祇，例如运河神、宁漕神、盐池神、通洛神、妈祖、青海水神、镇海龙王神等。
在官方宫廷和皇家建筑方面，清代的官殿和陵墓展示了华丽精致的特点。紫禁城以其辉煌瑰丽和装饰精美而闻名，是清代官殿的代表作品。同时，清东陵和清西陵也是清代陵墓建筑的典型代表。此外，清代还出现了融合多种建造形式的大型园林和建筑群。在康熙、雍正和乾隆三位皇帝的盛世时期，建造了著名的“三山五园”、避暑山庄和普佑寺。
在南方，园林建造在清代也取得了显著的发展，特别是在乾隆和爱新觉罗·颙琰时期以及光绪年间。其中，扬州市和苏州市是园林建造的重要中心。扬州著名的园林包括个园、何园（又名寄啸山庄）、小盘谷、双槐园和扬州瘦西湖风景区的园林群。而苏州则以拙政园、留园、狮子林、沧浪亭、网师园、环秀山庄、怡园、耦园、拥翠山庄和畅园等园林而闻名。
中国报刊的流行首先是由外国传教士发起的。1815年，即嘉庆二十年，英国传教士马礼逊在马六甲创办了第一份针对华人的近代报刊《察世俗每月统记传》。1822年，澳门创办的《蜜蜂华报》成为我国境内第一份外文报纸。国内的第一份中文近代报刊由传教士郭士立于1833年在广州市创办，名为《东西洋考每月统记传》。到了爱新觉罗·旻宁二十二年（1842年），类似这样的报刊约有17种，其中包括6种中文和11种外文的。
维新变法运动兴起后，中国近代报刊的兴办出现了第一次高潮。1895年，康有为和梁启超在北京创办了第一个宣传变法维新的报刊《万国公报》（后改名为《中外纪闻》）。这一报刊被下令停办后，维新派的各种学会组织开始在南方掀起办报活动。从1895年到1898年，维新派直接或间接创办的报刊达到70余家，绝大部分分布在南方的在第一次鸦片战争后期。
此外，这一时期还见证了中国第一份由妇女主办的报刊——《女学报》的创刊，该报刊由康有为的女儿康同薇和梁启超的妻子李仙于光绪二十四年(1898年)在上海创办。然而，戊戌政变后，维新派的许多报纸被迫停刊，一些维新派人士逃亡海外继续办报。清朝亡国前，他们在日本、美洲、南洋、香港和澳门等地共创办了30多种报刊。清政府实行预备立宪后，不得不允许民间办报，并于光绪三十西年(1908年)发布《大清报律》，规定办报必须向有关机关登记并获得同意，并强调禁止刊载诋毁朝廷、扰乱政体的言论。
皇帝服饰包括饰物、冠裳、甲胄等。皇帝冠制分为朝冠、吉服冠、行冠、雨冠等，分别都有冬夏两种，冬冠用熏貂（黄黑色）皮制成，夏冠用玉草或藤丝、竹丝为质；皇帝的朝服分为冬夏两种，均为上衣连下裳之制式、檐服（祭圜丘、祈谷、祈雨时的专用服饰，服为石青色，上绣五爪正面金团龙四团，两肩及前后各一 团。左肩绣日，右肩绣月，前后篆文寿字并相间以五色云纹）；皇帝的袍（领前后各绣正龙各一条，左、右及交襟处绣行龙各一条，袖端绣正龙各一条）。
文武官员包括文武一品至九品官员以及未入流的品官，清代官员服饰的品级等差，主要视其冠上的顶子、花翎、清朝官员服饰上所绣的禽鸟和兽类以及杂色纹样的补子的不同。从文武一品至九品，官员冠上的顶子分别是红宝石、珊瑚、蓝宝石、青金石、水晶、砗磲、素金、文镂花金顶；官府绣饰分别是鹤、锦鸡、孔雀、雁、白鹇、鹭鸟、鸂鶒、松鼠鸡、练雀（文官）/麒麟、狮、豹、虎、熊、彪、犀牛、鹌鹑、海马（武官）。
顺治初年，清政府诏定官民服饰之制，并命男子皆“削发垂辫"。一般清朝的男子服饰包括马褂（长袖、短袖、宽袖、窄袖，对襟、大襟、琵琶襟）、短衫与袄（民间常人所穿）、衬衫（一般多穿在礼服内，又称里衣）、腰带（满族官员多喜佩用黄带子，满清宗室多用红带子，一般百姓穿白色或浅色腰带）、毡帽与暖帽（民间多为农民及市贩劳动者）、风帽（民间又称为“风兜”，以紫、深蓝、深青色为多）、皮帽（民间称之为“拉虎帽”，脑后分开而系以二带）、狗头帽（多为民间孩童所戴）、男裤与套裤（有单、夹、棉、皮等）、鞋靴与袜（有薄底、厚底之分，有草鞋、芦花鞋、棕鞋、钉鞋、冰鞋、拖鞋等，按清初规制；靴为文武各官及士庶所穿，一般土民是不能穿用的，但至清末宣统年间，绅士、富商及学界人物也喜秋冬季穿用；袜在清代民间，有长统与短统、纱织与布缝制之别）。
满族一般民人妇女在日常的着装方而，皆以“连裳”为常服（穿不分衣裳的长袍），平日身着开衩长袍，其袖则为形如马蹄之马蹄袖，致敬礼时必放下，此外喜欢在长袍上加罩一件短或长至腰的坎肩，后则加短小而绣花的坎肩（马甲、背心，对襟、一字襟、琵琶襟、大襟及斜直下襟式）；满族八旗妇女中，其命妇的服饰还有披肩、礼服、补服；由于满族习俗妇女崇尚“天足”，因此她们所穿的鞋鞋底极高（高至一至二寸间，后有增高至四五寸，鞋底上宽下圆，有“马蹄底鞋”与“平底鞋”等式样）。
明清之际民间汉族妇女的上衣袖管较前代窄小，只在衣襟及袖端部分施有镶绣，一般南方中层社会妇女的服饰，则领子高约寸许有一二领扣（金银扣）；到康雍时期，中层阶级妇女除穿便服之外，领下多外罩柳叶式小云肩；乾隆时，妇女服饰又多仿苏州市妇女服饰式样，女衫以二尺八寸为氏，袖广尺二寸；爱新觉罗·颙琰年间，妇女衣饰镶滚渐多，口袖 门也放大；至咸、同时期，京师（北京）妇女服饰镶滚之风更盛，一道又一道地加镶而号称“十八镖"；光绪年间普通妇女效仿上海妇女服饰，其袖口、衣襟仍有相同的镶滚但出手逐渐减短，而上衣较长直至膝下，有的罩以长背 心，也有短袍窄袖。
有清一代汉族妇女的服饰一般包括坎肩口（又名背心、半臂口，露双臂与乳房于外）、裙子（分为朝裙与普通裙子两种，朝裙是作为礼服使用，普通裙子穿着时均系在上衣之内，墨花裙、凤尾裙、鱼鳞百褶裙、西洋印花布裙等）、云肩（日常服饰，以髻低至肩，用绒丝仿云肩式而编结为较小的云肩）、围巾（冬季民妇多以棉、毛或紫貂、狐皮所制围巾，围于颈脖用以防寒）、金气通（民妇首饰之一，戴于头上）、红丝球（妇女头上饰物之一，簪于髻左）、板指、金指甲与戒指、手笼（又称为“臂笼”）、手套（有护手背而护十指和露十指两种）、套裤（旗人妇女及江苏镇江以北地区多着，上口尖，下口平）、腰带（大多束之于上衣内，因下身不束裙子，故腰带垂于衣下而露出裤外）、抹胸（一种是“肚兜”，另一种是束于外系于腰腹间的抹胸肚）、鞋（花鞋、拖鞋、木屐、弓鞋、睡鞋、方头鞋、画糜、高底、假趾套等）。
满族妇女喜梳“二把头”“一字头”“如意头”等发型（头顶后左右横梳二平髻，一若横二角于后，恰似一如意横在顶 后，故又称“如意头”）；清初与中后期的满族一般妇女辫发于额前，中分向后，缠头如汉装包头之制，而加饰其上。汉族一般民人妇女的发型与饰物在清朝也经历复杂的变化，明末清初的民妇发髻沿袭明制，南方江浙妇女喜将发髻在头顶上作螺旋式（牡丹头、荷花头、钵盂头），清中期苏州市兴起元宝头（鬓发如翼两张而髻叠发高盘），爱新觉罗·颙琰、咸丰时，高髻渐趋长髻，江南流行拖在后面的长髻，光绪时妇女以圆髻团结于脑后，用细线网结。
清朝地域不同，餐制也不相同。南方一般每天吃三餐，北方一般是两餐。其中有钱人家，在午后会进食一些糕饼点心，甚至一天吃四餐的。
在皇宫中，皇帝、皇后和妃娘们的日常膳食环节被严格地规划和管理，他们对于食物和烹饪技术的要求都非常高。皇帝的进餐被称为“传膳”“进膳”或“用膳”，进餐的地点并不固定，而是取决于皇帝当时所在的位置，这些地点可能是他的寝官、行官或其他常常活动的地方。皇帝每天有两次主餐，分别在早晨和午后。早餐通常在早晨六七点钟之后；而午餐则在正午到下午两点之间。此外，皇帝每天晚上六点左右还会享用一次被称为“晚点”的小吃。
根据历史文献记载，皇宫中的筵席有满汉两种类型。满席分为六等，而汉席则分为一等、二等、三等以及上席、中席五类。皇宫中的大宴遵循严格的规则，包括宴桌的类型、形状，桌面的布置，点心、果盒、群膳、冷膳、热膳等的数量，以及所使用的餐具的形状和命名，都有具体的规定和区别。
清朝官僚士大夫饮食，最为典型的就是山东孔府，因为其不仅是文官之首，还要结交地方官员，迎来送往，因此饮食方面十分考究。"孔府菜"的制作技巧和口感特色既承载了山东省“鲁菜”的传统风格，作为其“主体”和基础，同时又广泛采纳了清代江南和内地的烹饪技术，实现了多元化的融合。由于这个原因，孔府每年需要多次向皇帝和皇室进贡孔府菜。
在清代，“孔府菜”的品类丰富多样，如肴菜就有一百七十余种（包括珍品类三十九种，鸡鸭类四十三种、鱼虾类二十七种、肉类十九种、甜菜类二十种、其他类二十二种），宴席种类也多达十种（包括燕菜席、鱼翅席、海参席等，这还不包括主食的花色品种），而且形成了完整的体系，拥有一套严谨且科学的制作和配菜方法。
“燕菜席”是孔府宴中最高规格的一种筵席，主要用于接待皇帝的“圣驾”以及随行的“祭孔”的高级官员。另一种高级筵席“鱼翅席”也具有不同的规格，包括四大件、三大件、二大件三种规格，各有特色，主要用于宴请皇帝指派的祭孔大臣，或用于“衍圣公”子女的婚嫁筵宾之席。
清朝地域辽阔，各地饮食也不尽相同。苏州人喜爱吃脂肪品，并且追求精美。在五味中，苏州人最爱甜。而浙江人在吃饭时极爱饮酒。另外，福建省广东人，不仅爱吃海鲜，还喜欢喝汤，并且也喜爱吃生鲜食材，不用煮太熟。湖北湖南以及四川人极爱辣椒，无辣不欢。而河南人的主食常有小米、小麦、高粱、红薯、粟等。佐餐的有葱、蒜、韭菜等，调料多用盐、醋。大米、鱼、肉、油等食物平常人很难吃到。
清朝不同民族之间，饮食也不太相同。比如满族以面食为主，满族传统糕点以其酸、黏、酥、凉的特点著称，种类繁多，被后世誉为“满点汉菜”，显示了满族在糕点制作技术上的精湛。满族人民在关内定居后，其传统火锅和火锅菜在全国各地广受欢迎。此外，满族人也特别偏爱卤味、酱制、腌制的肉类食品以及风味小吃“酸奶子”。
蒙古族人民，尤其是从事畜牧业的，以牛羊肉和乳制品（例如白酸油、黄油、奶饼、奶豆腐、奶酪等）为主食，谷物和蔬菜作为辅助食品。而从事农业的蒙古族人，则以谷物和蔬菜为主食，肉类作为辅助食品。在饮料方面，他们偏爱酿造的奶酒和奶茶，其中的奶茶是用盐、牛奶和茶叶共同煮制而成。在庆典或宴请贵宾的场合，他们常会举行“整羊席”。
维吾尔族人主要以牛羊肉为主要肉食来源，《西域闻见录》记载，他们的宴会总是以多杀牲畜以示尊重，驼、马、牛都是上等佳肴。日常主食以麦面、黄米、小米为主，其次是喜米。面食以锅盔（也就是馕）最为知名，而在米食中，新疆抓饭则最为出名。在饮料方面，他们最喜欢的是马奶酒。